In 1472 wordt de Portugese navigator Fernando Pó gecrediteerd als de eerste Europeaan die het eiland Bioko vond terwijl hij op zoek was naar een route naar India. Het kreeg van hem de naam Formosa ("Mooi"), maar het kreeg al snel de naam van zijn Europese ontdekker. In 1474 veroverde Portugal de eilanden Fernando Pó en Annobón.
Het Verdrag van El Pardo, ondertekend in 1778 door koningin Maria I van Portugal en koning Karel III van Spanje, gaf Spanje Bioko, de omliggende eilanden, en handelsrechten in de Bocht van Biafra tussen de rivieren Niger en Ogoue. Als gevolg hiervan probeerde Spanje toegang te krijgen tot een slavenvoorraad die eigendom was van Britse kooplieden. Tussen 1778 en 1810 had de onderkoninkrijk Ro de la Plata, met het hoofdkantoor in Buenos Aires, de leiding over Equatoriaal-Guinea.
Het Verenigd Koninkrijk handhaafde van 1827 tot 1843 een basis op Bioko om de slavenhandel te bestrijden, die na een overeenkomst met Spanje in 1843 naar Sierra Leone werd verplaatst. Na het herstel van het Spaanse gezag in 1844 kreeg de regio de naam "Territorios Espaoles del Golfo". de Guinea.” Spanje was er niet in geslaagd het uitgestrekte gebied in de Bocht van Biafra waarop het verdragsrechten had, te bezetten, terwijl de Fransen bezig waren hun bezetting uit te breiden ten koste van de claim van Spanje. Na het Verdrag van Parijs in 1900 bleef Spanje achter met de continentale enclave Rio Muni, een schamele 26,000 km2 van de 300,000 km2 die zich oostwaarts uitstrekte tot de Ubangi-rivier die de Spanjaarden oorspronkelijk hadden opgeëist. De plantages van Fernando Po waren rond de eeuwwisseling voornamelijk in handen van een zwarte Creoolse aristocratie, later bekend als Fernandinos. Tijdens de Britse controle over het eiland in het begin van de negentiende eeuw, vestigden ze 2,000 Sierra Leoneanen en bevrijdden ze slaven, en een kleine stroom immigratie uit West-Afrika en West-Indië hield aan nadat de Britten vertrokken. Cubanen, Filippino's en Spanjaarden van verschillende kleuren die werden gedeporteerd voor politieke of andere misdrijven, evenals enkele geholpen kolonisten, werden aan deze kern van kolonisten toegevoegd.
In de vorm van voortvluchtige slaven en potentiële planters was er ook een stroompje immigratie van de naburige Portugese eilanden. Hoewel een paar Fernandino's katholiek waren en Spaans spraken, was aan de vooravond van de Eerste Wereldoorlog ongeveer negen tiende van de bevolking protestant en sprak Engels, en pidgin Engels was de lingua franca van het eiland. Terwijl de werving van arbeidskrachten aan de Bovenwindse kust doorging, waren de Sierra Leoneërs bijzonder goed gepositioneerd als planters, omdat ze daar familie- en andere banden hadden en gemakkelijk het arbeidsaanbod konden organiseren.
Een nieuwe generatie Spaanse immigranten begon de Fernandinos in het begin van de twintigste eeuw in de verdediging te schieten. In 1904-1905 waren de Spanjaarden gunstig voor nieuwe landwetten, en als gevolg van deze veranderingen kwamen de meeste grotere planters vervolgens naar de eilanden. De Liberiaanse arbeidsovereenkomst van 1914 bevoordeelde rijke individuen met gemakkelijke toegang tot de overheid, en de overdracht van het arbeidsaanbod van Liberia naar Rio Muni verergerde dit voordeel. In 1940 werd aangenomen dat slechts 20% van de cacaoproductie van de kolonie afkomstig was uit Afrikaans land, waarbij Fernandinos bijna alles in handen had.
De grootste belemmering voor economische groei was een aanhoudend tekort aan arbeidskrachten. De inheemse Bubi-bevolking van Bioko, die het binnenland van het eiland is binnengedrongen en verwoest door alcoholisme, geslachtsziekte, pokken en slaapziekte, weigerde te werken op plantages. Het werken op hun eigen kleine cacaoplantages bood hen een grote mate van zelfstandigheid. Bovendien werden de Bubi vanaf het einde van de 1800e eeuw beschermd tegen de eisen van planters door de Spaanse Claretian-missionarissen, die machtig waren in de kolonie en uiteindelijk de Bubi organiseerden in mini-missie-theocratieën zoals de beroemde Paraguayaanse jezuïetenreducties. Twee kleine opstanden in 1898 en 1910, beide tegen de inlijving van dwangarbeid voor de plantages, hadden tot gevolg dat de Bubi in 1917 werden ontwapend en volledig afhankelijk werden van de missionarissen.
Tussen 1926 en 1959 werden Bioko en Rio Muni opgenomen in de Spaanse kolonie Guinee. De beroepsbevolking bestond voornamelijk uit contractarbeiders van immigranten uit Liberia, Nigeria en Kameroen, en de economie was gericht op enorme cacao- en koffieplantages en houtconcessies. Tussen 1914 en 1930 werden naar schatting 10,000 Liberianen naar Fernando Po gestuurd als onderdeel van een arbeidsverdrag dat eindigde in 1930. Na de stopzetting van de Liberiaanse invoer verhuisden de cacaoboeren van Fernando Po naar Rio Muni. Het was geen toeval dat er in de jaren twintig pogingen werden ondernomen om het Fang-volk te onderwerpen, net toen Liberia zijn rekrutering begon te verminderen. Tegen 1920 had de koloniale garde garnizoenen in de enclave gevestigd en in 1926 was de kolonie 'gepacificeerd' verklaard.
Rio Muni had een kleine bevolking, geschat op ongeveer 100,000 in de jaren dertig, en de grens met Kameroen of Gabon oversteken was eenvoudig. Bovendien hadden de bosbouwbedrijven steeds meer arbeidskrachten nodig en zorgde de uitbreiding van de koffieproductie voor een nieuwe manier om belastingen te betalen. Als gevolg hiervan bleven de arbeidstekorten van Fernando Po voortduren. De Fransen lieten slechts korte tijd rekrutering in Kameroen toe, en Igbo smokkelde kano's uit Calabar, Nigeria, en werd de belangrijkste bron van arbeidskrachten. Na de Tweede Wereldoorlog zorgde het ervoor dat Fernando Po een van Afrika's meest productieve landbouwregio's werd.
Politiek gezien kan de naoorlogse koloniale geschiedenis worden onderverdeeld in drie verschillende fasen: tot 1959, toen de status werd verhoogd van 'koloniaal' naar 'provinciaal', een bladzijde uit de benadering van het Portugese rijk; tussen 1960 en 1968, toen Madrid probeerde een gedeeltelijke dekolonisatie uit te voeren, waarvan men hoopte het gebied te behouden als een integraal onderdeel van het Spaanse systeem; en na 1968, toen Madrid probeerde een volledige dekolonisatie uit te voeren, waarvan men hoopte het gebied als integraal onderdeel te behouden. De eerste van deze fasen was niet veel meer dan een voortzetting van eerder beleid, dat sterk leek op dat van Portugal en Frankrijk, vooral de bevolking verdelen in een overgrote meerderheid die wordt geregeerd als 'autochtonen' of niet-staatsburgers, en een kleine minderheid (samen met blanken) die wordt toegelaten tot de burgerlijke status als emancipados, waarbij assimilatie met de grootstedelijke cultuur de enige toestemming is.
Het begin van het nationalisme ontstond tijdens deze 'provinciale' periode, maar alleen onder kleine gemeenschappen die in Kameroen en Gabon beschutting hadden gezocht tegen de vaderlijke hand van de Caudillo. De Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) en de Idea Popular de Guinea Ecuatorial werden opgericht (IPGE). Hun druk was licht, maar niet in heel West-Afrika als geheel. De regio kreeg enige autonomie en bestuurlijke vooruitgang door een "gematigde" organisatie, de Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, nadat een resolutie op 9 augustus 1963 werd geratificeerd door een referendum op 15 december 1963. (MUNGE). Dit bleek een zwak wapen te zijn en Madrid bezweek voor de stromingen van het nationalisme in het licht van de toenemende vraag van de VN om hervormingen.
