Aan het bewind van Mobutu kwam halverwege de jaren negentig duidelijk een einde. De internationale wereld, niet langer gedomineerd door de politiek van de Koude Oorlog, keerde zich tegen hem. Ondertussen was de economie van Zaïre in wanorde (en is tot op de dag van vandaag weinig verbeterd). De centrale regering had een beperkte greep op de natie en veel verzetsorganisaties ontstonden in Oost-Zaïre, ver van Kinshasa.
Het Kivu-gebied wordt lange tijd geteisterd door etnische spanningen tussen verschillende 'inheemse' stammen en Tutsi's die eind 1800 door Belgen uit Rwanda werden geïmporteerd. Sinds de onafhankelijkheid zijn er een aantal kleine oorlogen geweest die hebben geleid tot duizenden doden. Toen in 1994 echter de Rwandese genocide plaatsvond, vluchtten ongeveer 1.5 miljoen etnische Tutsi- en Hutu-vluchtelingen naar Oost-Zaïre. De militante Hutu's, de voornaamste daders van de genocide, begonnen zich te richten op Tutsi-vluchtelingen en de Congolese Tutsi-gemeenschap (de Banyamulenge), en richtten ook milities op om Rwanda aan te vallen in de hoop de controle terug te krijgen. Mobutu slaagde er niet alleen niet in het bloedvergieten een halt toe te roepen, maar hij steunde ook de Hutu's bij hun invasie in Rwanda. Het Zaïrese parlement beval alle personen van Rwandese of Burundese afkomst om in 1995 terug te keren naar hun thuisland. Ondertussen begon de door Tutsi geleide Rwandese regering in Zaïre met het opleiden en ondersteunen van Tutsi-milities.
De gevechten braken uit in augustus 1996, toen Tutsi's in de provincies Kivu een opstand ontketenden met als doel de controle over Noord- en Zuid-Kivu terug te krijgen en te vechten tegen Hutu-milities die hen nog steeds aanvielen. De opstand kreeg snel lokale steun en een groot aantal Zaïrese oppositieorganisaties, die uiteindelijk fuseerden tot de Alliantie van Democratische Krachten voor de Bevrijding van Congo (AFDL) met als doel Mobutu af te zetten. Tegen het einde van het jaar hadden de rebellen de controle over een aanzienlijk deel van Oost-Zaïre, dat Rwanda en Oeganda beschermde tegen Hutu-aanvallen, dankzij de hulp van Rwanda en Oeganda. Het Zaïrese leger was zwak en toen Angola begin 1997 soldaten inzet, kregen de rebellen vertrouwen en konden ze de rest van het land overnemen en Mobutu afzetten. In mei hadden de rebellen Lubumbashi ingenomen en waren dicht bij Kinshasa. Mobutu vluchtte en AFDL-leider Laurent-Desire Kabila marcheerde Kinshasa binnen nadat de vredesonderhandelingen tussen de twee facties waren mislukt. In 1998 doopte Kabila de natie om tot de Democratische Republiek Congo en probeerde de orde te herstellen door buitenlandse soldaten te verdrijven.
In augustus 1998 kwamen Tutsi-troepen in Goma in opstand en een nieuwe rebellenorganisatie ontstond om de controle over het grootste deel van het oosten van de DRC over te nemen. Kabila riep de hulp in van Hutu-milities om de nieuwe opstandelingen neer te slaan. Rwanda zag dit als een aanval op het Tutsi-volk en stuurde soldaten de grens over om hen te verdedigen. Tegen het einde van de maand hadden de rebellen de controle over het grootste deel van Oost-DRC overgenomen, evenals een kleine regio in de buurt van Kinshasa, waaronder de Inga-dam, waardoor ze de stroom naar de hoofdstad konden afsluiten. Toen het erop leek dat de regering en hoofdstad van Kabila, Kinshasa, in handen van de rebellen zouden vallen, beloofden Angola, Namibië en Zimbabwe hem te steunen, en soldaten uit Zimbabwe arriveerden net op tijd om de stad te verdedigen tegen een rebellenaanval; Tsjaad, Libië en Soedan hebben allemaal troepen ingezet om Kabila te helpen. Terwijl een patstelling opdoemde, stemden de andere landen die in de DRC vochten in januari 1999 in met een wapenstilstand, maar de gevechten gingen door aangezien de rebellen geen ondertekenaars waren.
In 1999 splitsten de rebellen zich op in vele groepen op basis van etniciteit of pro-Oeganda/pro-Rwanda sentiment. In juli ondertekenden de zes strijdende landen (DRC, Angola, Namibië, Zimbabwe, Rwanda en Oeganda) en één rebellengroep een vredespact waarin ze beloofden te stoppen met vechten en alle rebellenorganisaties op te sporen en te ontwapenen, met name die welke banden hebben met de Rwandese genocide van 1994. Terwijl pro-Rwanda en pro-Oeganda groepen zich tegen elkaar keerden, bleven de gevechten voortduren, en de Verenigde Naties keurden begin 2000 een vredesoperatie (MONUC) goed.
President Laurent Kabila werd in januari 2001 doodgeschoten door een lijfwacht. Joseph Kabila, zijn zoon, nam zijn positie in. Naast het vechten tegen de DRC en buitenlandse troepen, splitsten de rebellen zich op in kleinere groepen en bevochten ze hun andere. Veel rebellen verdienden geld met het smokkelen van diamanten en andere 'conflictmineralen' (zoals koper, zink en coltan) uit de gebieden die ze controleerden, waarbij ze soms onder gevaarlijke omstandigheden dwang- en kinderarbeid gebruikten. In 2002 sloot de DRC vredesakkoorden met Rwanda en Oeganda. De belangrijkste groepen ondertekenden in december 2002 de Global and All-Inclusive Agreement om de oorlog te beëindigen. De deal creëerde een overgangsregering van de Democratische Republiek Congo die de natie zou herenigen, rebellengroepen zou integreren en ontwapenen en verkiezingen zou houden voor een nieuwe grondwet en wetgevers in 2005, terwijl Joseph Kabila president bleef. De VN-vredesmacht groeide aanzienlijk in omvang, met als missie het ontwapenen van rebellen, van wie velen zelfs na 2003 hun eigen milities in stand hielden. De provincies Noord- en Zuid-Kivu, Ituri en Noord-Katanga zijn nog steeds in conflict.
De Eerste Congo-oorlog kostte het leven aan tussen de 250,000 en 800,000 mensen. De Tweede Congo-oorlog resulteerde in ongeveer 350,000 gewelddadige dodelijke slachtoffers (1998-2001) en 2.7-5.4 miljoen "excessieve sterfgevallen" onder vluchtelingen als gevolg van honger en ziekte (1998-2008), waardoor het 's werelds ergste conflict sinds de Tweede Wereldoorlog eindigde .