François Bozizé schortte de grondwet op en benoemde een nieuwe regering bestaande uit de meerderheid van de oppositiepartijen. De benoeming van Abel Goumba als vice-president versterkte het imago van de nieuwe regering van Bozizé. Bozizé vormde een brede Nationale Overgangsraad om een nieuwe grondwet te schrijven en verklaarde voornemens te zijn af te treden en zich kandidaat te stellen zodra de nieuwe grondwet was aangenomen.
De Bush-oorlog in de Centraal-Afrikaanse Republiek begon in 2004 toen anti-Bozizé-groepen de wapens opnamen tegen zijn regering. In mei 2005 won Bozizé de presidentsverkiezingen waarbij Patassé werd uitgesloten, en de strijd tussen de regering en de rebellen ging in 2006 door. . Hoewel de eerste publieke details van de overeenkomst gericht waren op logistiek en inlichtingen, omvatte de Franse steun uiteindelijk aanvallen door Mirage-vliegtuigen op rebellenposities.
De Syrte-overeenkomst, ondertekend in februari, en de Birao-vredesovereenkomst, ondertekend in april 2007, riepen op tot stopzetting van de vijandelijkheden, de inkwartiering van FDPC-strijders en hun integratie met FACA, de vrijlating van politieke gevangenen, de integratie van de FDPC in de regering , een amnestie voor de UFDR, erkenning als politieke partij en de integratie van haar strijders in het nationale leger. Verschillende organisaties vochten door, maar anderen tekenden het pact of soortgelijke akkoorden met de regering (bijv. UFR op 15 december 2008). De CPJP, de enige belangrijke organisatie die destijds geen overeenkomst tekende, handhaafde haar activiteiten en ondertekende op 25 augustus 2012 een vredesakkoord met de regering.
Bozizé werd in 2011 herkozen in een verkiezing die grotendeels als vervalst werd beschouwd.
Séléka, een alliantie van rebellenorganisaties, greep in november 2012 de controle over steden in de noordelijke en centrale regio's van het land. Deze partijen onderhandelden uiteindelijk in januari 2013 over een vredesakkoord met de regering van Bozizé, inclusief een regering die de macht deelt, maar de overeenkomst ging niet door. en de rebellen namen in maart 2013 de controle over de hoofdstad over en dwongen Bozizé het land te ontvluchten.
Michel Djotodia werd tot president gekozen en in mei 2013 verzocht premier Nicolas Tiangaye om een VN-vredesmissie van de VN-Veiligheidsraad, en op 31 mei werd voormalig president Bozizé aangeklaagd voor misdaden tegen de menselijkheid en het aanzetten tot genocide.
In juni-augustus 2013 verbeterde de veiligheidssituatie niet en waren er berichten over meer dan 200,000 ontheemden, mensenrechtenschendingen en nieuw geweld tussen aanhangers van Séléka en Bozizé.
De Franse president François Hollande heeft er bij de Veiligheidsraad van de Verenigde Naties en de Afrikaanse Unie op aangedrongen om meer inspanningen te leveren om het land te stabiliseren. De regering van Séléka zou gebroken zijn. Djotodia heeft Seleka in september 2013 formeel ontbonden, maar veel rebellen weigerden te ontwapenen en dwaalden verder af van het overheidsgezag.
Het geweld verslechterde tegen het einde van het jaar, wat leidde tot internationale bezorgdheid over 'genocide', en de gevechten waren meestal het resultaat van vergeldingsaanvallen op burgers door Seleka's voornamelijk islamitische soldaten en christelijke milities die bekend staan als 'anti-balaka'.
Michael Djotodia en zijn premier, Nicolas Tiengaye, namen op 11 januari 2014 ontslag als onderdeel van een akkoord dat werd bereikt tijdens een regionale conferentie in het naburige Tsjaad. De Nationale Overgangsraad koos Catherine Samba-Panza als tijdelijke president en ze trad op 23 januari aan. Ze werd de eerste vrouwelijke president van Centraal-Afrika. Marie-Nolle Koyara werd de eerste vrouwelijke minister van Defensie sinds de onafhankelijkheid in januari 2015.
Op 18 februari 2014 verzocht de secretaris-generaal van de Verenigde Naties, Ban Ki-moon, de VN-Veiligheidsraad om snel 3,000 soldaten naar het land te sturen om te vechten tegen wat hij omschreef als het opzettelijk aanvallen en massaal afslachten van onschuldige mensen. De secretaris-generaal presenteerde een zespuntenstrategie, waaronder de inzet van 3,000 vredessoldaten als aanvulling op de 6,000 soldaten van de Afrikaanse Unie en 2,000 Franse troepen die momenteel in het land zijn.
Na Congolese bemiddelingspogingen ondertekenden Séléka en anti-balaka-functionarissen op 23 juli 2014 een staakt-het-vuren in Brazzaville.
Op 14 december 2015 riep de rebellencommandant van Séléka de Republiek Logone onafhankelijk uit.