Naypyidaw terbahagi kepada beberapa zon. Bandar ini masih kekurangan banyak kemudahan yang dijangkakan dalam bandar utama.
ZON KEDIAMAN
Pangsapuri ditugaskan mengikut kedudukan dan status perkahwinan di daerah kediaman, yang dirancang dengan baik. Kini terdapat 1,200 bangunan pangsapuri empat tingkat di bandar ini. Bumbung bangunan pangsapuri diberi kod warna mengikut pekerjaan penyewanya; bangunan berbumbung biru menempatkan kakitangan Kementerian Kesihatan, manakala bangunan berbumbung hijau menempatkan kakitangan Kementerian Pertanian. Terdapat kira-kira 50 rumah agam di mana pegawai kerajaan berpangkat tinggi tinggal. Walau bagaimanapun, ramai penduduk bandar ini tinggal di kawasan setinggan.
ZON TENTERA
Komander tentera berpangkat tinggi dan pegawai penting lain tinggal di kompleks dengan terowong dan kubu yang ditutup kepada orang ramai, 11 kilometer (6.8 batu) dari kakitangan kerajaan biasa. Pangkalan tentera juga terletak di bandar, yang hanya boleh diakses oleh orang awam dan individu lain yang diberi kuasa dengan kebenaran bertulis. Jalan-jalan di dalam zon tentera mempunyai lapan lorong untuk membolehkan pesawat kecil mendarat.
ZON KEMENTERIAN
Zon Kementerian di bandar menempatkan pejabat kementerian kerajaan Burma. Penampilan semua bangunan kementerian adalah sama. Kompleks parlimen 31 bangunan dan kediaman presiden 100 bilik juga terletak di sana. Bangunan dewan bandar raya, yang mempunyai banyak ciri reka bentuk Stalinis tetapi bumbung gaya Burma, juga terletak di zon ini.
ZON HOTEL
Di pinggir bandar yang curam, zon Hotel mempunyai beberapa hotel gaya vila. Pada masa ini, terdapat dua belas hotel di dalam atau sekitar Naypyidaw. Lapan daripada mereka berada di Zon Hotel Naypyidaw, manakala dua lagi di Jalan Yangon-Mandalay di Laeway (Lewe). Sebagai persediaan untuk Sidang Kemuncak ASEAN ke-25 di Naypyitaw pada November 2014, empat puluh vila dibina berhampiran Pusat Konvensyen Myanmar. Kerajaan memulakan pembinaan vila pada 2010. Disebabkan kekurangan wang, projek itu akhirnya diletakkan untuk membida pelabur sektor swasta untuk disiapkan. Butiran proses perolehan tidak diketahui, tetapi 10 syarikat telah dipilih untuk terlibat dalam aktiviti itu, termasuk perniagaan yang dikawal oleh individu perniagaan penting yang mempunyai hubungan kukuh dengan kerajaan.
Pesaing dan penonton Sukan Asia Tenggara 2013 yang diadakan di Naypyidaw, ditempatkan di 348 hotel dan 442 rumah penginapan.