Perlembagaan Malta mengisytiharkan Katolik sebagai agama rasmi, walaupun terdapat perlindungan yang ditetapkan untuk kebebasan beragama.
Roman Katolik adalah agama yang paling banyak diamalkan di Malta. Perlembagaan Malta mentakrifkan Katolik sebagai agama rasmi, yang juga diwakili dalam banyak aspek budaya Malta.
Di Malta, Gozo dan Comino, terdapat sekitar 360 gereja, atau satu untuk setiap 1,000 penduduk. Gereja paroki (Bahasa Malta: "il-parroa" atau "il-knisja parrokkjali") ialah pusat seni bina dan geografi setiap bandar dan dusun Malta, serta sumber kebanggaan sivik. Kebanggaan perbandaran ini dipamerkan di pesta kampung tempatan, yang meraikan santo penaung setiap paroki dengan pancaragam, perarakan keagamaan, Misa khas, piroteknik (terutamanya petards), dan perayaan lain.
Malta ialah Takhta Apostolik; Kisah Para Rasul bercakap tentang St. Paul yang karam di pulau "Melite," yang dikenal pasti oleh banyak sarjana Alkitab sebagai Malta, dalam perjalanannya dari Yerusalem ke Rom untuk diadili, suatu peristiwa yang berlaku kira-kira 60 AD. St. Paul menghabiskan tiga bulan di pulau itu dalam perjalanannya ke Rom, seperti yang diceritakan dalam Kisah Para Rasul, menyembuhkan orang yang sakit, termasuk bapa Publius, "orang utama pulau itu." Kisah ini dikaitkan dengan beberapa tradisi yang berbeza. Kapal karam itu dipercayai berlaku di kawasan yang kini dikenali sebagai Teluk St Paul. Saint Publius, seorang wali Malta, dikatakan telah dijadikan uskup pertama Malta, dan sebuah gua di Rabat, yang kini dikenali sebagai “Gua St Paul” (dan di sekitar yang terdapat bukti pengebumian dan upacara Kristian dari abad ke-3 Masihi. telah ditemui), adalah salah satu tempat penyembahan Kristian terawal di pulau itu.
Katakombe di bawah lokasi berbeza di seluruh Malta, terutamanya Katakombe St Paul dan Katakombe St Agatha berhampiran Rabat, tepat di seberang tembok Mdina, memberikan bukti lanjut tentang aktiviti dan kepercayaan Kristian semasa zaman penganiayaan Rom. Yang terakhir ini dilukis dengan baik antara 1200 dan 1480, tetapi penceroboh Turki telah merosakkan beberapa daripada mereka pada tahun 1550-an. Terdapat juga beberapa gereja gua, seperti gua di Melliea, yang merupakan Kuil Kelahiran Our Lady dan tradisi mengatakan bahawa St. Luke melukis potret Madonna di sana. Ia telah menjadi tapak ziarah sejak Zaman Pertengahan.
Menurut Acts of the Council of Chalcedon, Acacius tertentu adalah Uskup Malta pada 451 AD (Melitenus Episcopus). Ia juga diketahui bahawa Constantinus tertentu, Episcopus Melitenensis, menghadiri Majlis Ekumenikal Kelima pada 501 AD. Pope Gregory I menolak Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, pada 588 AD, dan paderi serta rakyat Malta memilih Trajan sebagai penggantinya pada 599 AD. Sebelum penaklukan pulau-pulau itu, Uskup Malta terakhir yang didokumentasikan adalah seorang Yunani bernama Manas, yang kemudiannya dipenjarakan di Palermo.
Menurut ahli sejarah Malta Giovanni Francesco Abela, orang Malta mengekalkan kepercayaan Kristian mereka walaupun pencerobohan Fatimiyah selepas penukaran agama mereka kepada Kristian di tangan St. Paul. Malta digambarkan dalam karya Abela sebagai "benteng pertahanan Kristian, budaya Eropah yang dilantik oleh Tuhan menentang pengembangan Islam Mediterranean." Pada abad ke-12 dan ke-13, imigrasi ke Malta dari Itali menguatkan penduduk Kristian tempatan yang mengalu-alukan Roger I dari Sicily.
Selama berabad-abad, Gereja di Malta tertakluk kepada Keuskupan Palermo, kecuali apabila ia berada di bawah Charles of Anjou, yang memilih uskup untuk Malta, seperti yang dilakukan oleh Sepanyol dan, kemudiannya, Kesatria pada masa yang jarang berlaku. Sejak 1808, semua uskup Malta telah berkhidmat. Malta menjadi negara Katolik yang taat seperti hari ini sebagai akibat dari era Norman dan Sepanyol, serta kewibawaan Knights. Perlu dinyatakan bahawa Pejabat Inkuisitor Malta telah tinggal lama di pulau itu selepas penubuhannya pada tahun 1530: Inkuisitor terakhir meninggalkan Kepulauan pada tahun 1798, apabila Kesatria menyerah kepada tentera Napoleon Bonaparte. Beberapa keluarga Malta berpindah ke Corfu di bawah Republik Venice. Keturunan mereka membentuk kira-kira dua pertiga daripada 4,000 penganut Katolik yang kini tinggal di pulau itu.
Orang kudus penaung Malta ialah Saint Paul, Saint Publius, dan Saint Agatha. Walaupun bukan santo penaung, St George Preca (San atau Preca) dipandang tinggi sebagai santo Malta kedua yang dikanoniskan selepas St. Publius Malta, santo pertama Malta yang diiktiraf (dikanoniskan pada tahun 1634). Pada 3 Jun 2007, Pope Benedict XVI mengkanonkannya. Selain itu, sebilangan orang Malta telah diisytiharkan Berbahagia, terutamanya Maria Adeodata Pisani dan Nazju Falzon, yang telah dibeatifikasi oleh Pope John Paul II pada tahun 2001.
Malta adalah rumah kepada beberapa ordo agama Katolik Rom, termasuk Jesuit, Franciscans, Dominicans, dan Little Sisters of the Poor.
Majoriti jemaah gereja Protestan tempatan bukan orang Malta; jemaah mereka diambil daripada ramai pesara British yang tinggal di pulau itu serta pelancong dari banyak negara lain. Terdapat kira-kira 600 Saksi-Saksi Yehuwa di kawasan itu. Setiap Gereja Yesus Kristus Orang Suci Zaman Akhir (Gereja LDS), Gereja Baptis Alkitab, dan Persekutuan Gereja Evangelikal mempunyai kira-kira 60 ahli gabungan. Gereja denominasi lain termasuk Gereja Scots St. Andrew di Valletta (jemaah Presbyterian dan Methodist campuran) dan Katedral Anglican St Paul, serta gereja Advent Hari Ketujuh di Birkirkara. Pada tahun 1983, sebuah jemaah Gereja Kerasulan Baru telah ditubuhkan di Gwardamangia.
Penduduk Yahudi Malta memuncak di bawah kawalan Norman pada Zaman Pertengahan. Malta dan Sicily telah dilampirkan oleh Aragonese pada tahun 1479, dan Dekri Alhambra 1492 memaksa semua orang Yahudi untuk melarikan diri dari negara itu, membenarkan mereka membawa hanya beberapa barang bersama mereka. Beberapa ratus orang Yahudi Malta mungkin telah memeluk agama Kristian untuk tinggal di negara itu pada masa itu. Kini hanya ada satu jemaah Yahudi.
Buddhisme Zen dan Kepercayaan Baha' kedua-duanya mempunyai kira-kira 40 penganut.
Masjid Mariam Al-Batool adalah satu-satunya masjid Islam di bandar ini. Sebuah sekolah rendah Islam baru sahaja ditubuhkan. Daripada anggaran 3,000 orang Islam di Malta, kira-kira 2,250 adalah pendatang, 600 adalah warganegara semula jadi, dan 150 adalah warga Malta sejak lahir.