Pemerintahan Mobutu jelas akan berakhir pada pertengahan 1990-an. Dunia antarabangsa, yang tidak lagi dikuasai oleh politik Perang Dingin, menentangnya. Sementara itu, ekonomi Zaire berada dalam keadaan kucar-kacir (dan masih sedikit bertambah baik sehingga hari ini). Kerajaan pusat mempunyai cengkaman terhad pada negara, dan banyak organisasi penentangan muncul di Zaire Timur, jauh dari Kinshasa.
Kawasan Kivu telah lama diselubungi oleh ketegangan etnik antara puak 'asli' yang berbeza dan Tutsi yang diimport dari Rwanda oleh orang Belgium pada akhir 1800-an. Sejak merdeka, terdapat beberapa peperangan kecil yang telah mengakibatkan beribu-ribu kematian. Walau bagaimanapun, apabila pembunuhan beramai-ramai Rwanda berlaku pada tahun 1994, kira-kira 1.5 juta pelarian etnik Tutsi dan Hutu melarikan diri ke Zaire Timur. Militan Hutu, pelaku utama pembunuhan beramai-ramai, mula menyasarkan pelarian Tutsi dan komuniti Tutsi Congo (Banyamulenge), serta membentuk militia untuk melakukan serangan ke Rwanda dengan harapan untuk mendapatkan semula kawalan. Mobutu bukan sahaja gagal menghentikan pertumpahan darah, tetapi dia juga menyokong Hutu dalam pencerobohan mereka ke Rwanda. Parlimen Zairian mengarahkan semua individu yang berasal dari Rwanda atau Burundi pulang ke tanah air mereka pada tahun 1995. Sementara itu, di Zaire, kerajaan Rwanda pimpinan Tutsi mula melatih dan menyokong militia Tutsi.
Pertempuran meletus pada Ogos 1996, apabila Tutsi di wilayah Kivu melancarkan pemberontakan dengan tujuan untuk mendapatkan semula kawalan Kivu Utara dan Selatan serta memerangi militia Hutu yang masih menyerang mereka. Pemberontakan dengan cepat mengumpulkan sokongan tempatan dan sebilangan besar pertubuhan pembangkang Zairia, yang akhirnya bergabung untuk membentuk Perikatan Pasukan Demokratik untuk Pembebasan Congo (AFDL) dengan tujuan menggulingkan Mobutu. Menjelang akhir tahun, pemberontak telah menguasai sebahagian besar Zaire Timur, yang melindungi Rwanda dan Uganda daripada serangan Hutu, terima kasih kepada bantuan Rwanda dan Uganda. Tentera Zairian lemah, dan apabila Angola mengerahkan tentera pada awal tahun 1997, pemberontak mendapat keyakinan dan dapat mengawal baki negara dan menumbangkan Mobutu. Menjelang Mei, pemberontak telah merampas Lubumbashi dan hampir dengan Kinshasa. Mobutu melarikan diri dan pemimpin AFDL Laurent-Desire Kabila berarak ke Kinshasa selepas rundingan damai antara kedua-dua puak itu gagal. Pada tahun 1998, Kabila menamakan semula negara itu sebagai Republik Demokratik Congo dan cuba memulihkan keadaan dengan mengusir tentera asing.
Pada Ogos 1998, tentera Tutsi memberontak di Goma, dan sebuah organisasi pemberontak baru muncul untuk mengawal sebahagian besar DRC Timur. Kabila meminta bantuan militia Hutu untuk menumpaskan pemberontak baru. Rwanda melihat ini sebagai serangan terhadap orang Tutsi dan menghantar tentera ke sempadan untuk mempertahankan mereka. Menjelang akhir bulan, pemberontak telah menguasai sebahagian besar DRC Timur, serta wilayah kecil berhampiran Kinshasa, termasuk Empangan Inga, yang membolehkan mereka memutuskan kuasa ke ibu negara. Apabila nampaknya kerajaan dan ibu kota Kabila, Kinshasa, mungkin jatuh ke tangan pemberontak, Angola, Namibia, dan Zimbabwe berikrar untuk menyokongnya, dan askar dari Zimbabwe tiba tepat pada masanya untuk mempertahankan bandar itu daripada serangan pemberontak; Chad, Libya, dan Sudan semuanya mengerahkan pasukan untuk membantu Kabila. Ketika kebuntuan semakin hampir, negara-negara asing yang berperang di DRC bersetuju untuk gencatan senjata pada Januari 1999, tetapi pertempuran berterusan kerana pemberontak bukan penandatangan.
Pada tahun 1999, pemberontak berpecah kepada banyak kumpulan berdasarkan etnik atau sentimen pro-Uganda/pro-Rwanda. Pada bulan Julai, enam negara yang berperang (DRC, Angola, Namibia, Zimbabwe, Rwanda, dan Uganda) dan satu kumpulan pemberontak menandatangani pakatan damai di mana mereka berjanji untuk berhenti berperang dan memburu serta melucutkan senjata semua organisasi pemberontak, terutamanya yang dikaitkan dengan Pembunuhan beramai-ramai Rwanda pada tahun 1994. Apabila kumpulan pro-Rwanda dan pro-Uganda bertukar satu sama lain, pertempuran berterusan, dan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu meluluskan operasi pengaman (MONUC) pada awal tahun 2000.
Presiden Laurent Kabila telah ditembak dan dibunuh oleh seorang pengawal peribadi pada Januari 2001. Joseph Kabila, anaknya, mengambil kedudukannya. Di samping memerangi DRC dan pasukan asing, pemberontak terus berpecah kepada kumpulan yang lebih kecil dan melawan mereka yang lain. Ramai pemberontak memperoleh wang dengan menyeludup berlian dan "mineral konflik" lain (seperti tembaga, zink, dan coltan) dari kawasan yang mereka kawal, kadangkala menggunakan buruh paksa dan buruh kanak-kanak dalam keadaan berbahaya. Pada tahun 2002, DRC menandatangani perjanjian damai dengan Rwanda dan Uganda. Kumpulan utama menandatangani Perjanjian Global dan All-Inclusive untuk menghentikan perang pada Disember 2002. Perjanjian itu mewujudkan pentadbiran Republik Demokratik Peralihan Congo yang akan menyatukan semula negara, mengintegrasikan dan melucutkan senjata kumpulan pemberontak, dan menjalankan pilihan raya untuk perlembagaan baharu dan penggubal undang-undang pada tahun 2005, dengan Joseph Kabila kekal sebagai presiden. Pasukan pengaman PBB berkembang dengan ketara dalam saiz, dengan misi melucutkan senjata pemberontak, kebanyakannya mengekalkan militia mereka sendiri walaupun selepas tahun 2003. Wilayah Kivu Utara dan Selatan, Ituri, dan utara Katanga masih dalam konflik.
Perang Congo Pertama meragut nyawa antara 250,000 dan 800,000 orang. Perang Congo Kedua mengakibatkan kira-kira 350,000 kematian akibat kekerasan (1998-2001) dan 2.7-5.4 juta "kematian berlebihan" di kalangan pelarian akibat kelaparan dan penyakit (1998-2008), menjadikannya konflik terburuk di dunia sejak Perang Dunia II berakhir .