François Bozizé menggantung perlembagaan dan melantik kerajaan baharu yang terdiri daripada majoriti parti pembangkang. Pelantikan Abel Goumba sebagai naib presiden meningkatkan imej pentadbiran baharu Bozizé. Bozizé membentuk Majlis Peralihan Nasional yang luas untuk menulis perlembagaan baharu dan mengisytiharkan hasratnya untuk meletakkan jawatan dan bertanding jawatan sebaik sahaja perlembagaan baharu itu diterima pakai.
Perang Bush Republik Afrika Tengah bermula pada tahun 2004 apabila kumpulan anti-Bozizé mengambil senjata menentang pentadbirannya. Sepanjang Mei 2005, Bozizé memenangi pilihan raya presiden yang mengecualikan Patassé, dan pertempuran antara kerajaan dan pemberontak diteruskan pada tahun 2006. Pentadbiran Bozizé meminta bantuan ketenteraan Perancis pada November 2006 untuk membantu mereka menentang pemberontak yang telah menguasai bandar-bandar di wilayah utara negara itu. . Walaupun butiran awam pertama perjanjian itu tertumpu pada logistik dan perisikan, sokongan Perancis akhirnya termasuk serangan oleh pesawat Mirage ke atas kedudukan pemberontak.
Perjanjian Syrte, yang ditandatangani pada Februari, dan Perjanjian Keamanan Birao, yang ditandatangani pada April 2007, menyeru pemberhentian permusuhan, penyatuan pejuang FDPC dan integrasi mereka dengan FACA, pembebasan tahanan politik, integrasi FDPC ke dalam kerajaan. , pengampunan untuk UFDR, pengiktirafan sebagai parti politik, dan integrasi pejuangnya ke dalam tentera negara. Beberapa organisasi berjuang, tetapi yang lain telah menandatangani pakatan atau perjanjian yang serupa dengan kerajaan (cth UFR pada 15 Disember 2008). CPJP, satu-satunya organisasi penting yang tidak menandatangani perjanjian pada masa itu, mengekalkan operasinya dan menandatangani perjanjian damai dengan kerajaan pada 25 Ogos 2012.
Bozizé telah dipilih semula pada 2011 dalam pilihan raya yang sebahagian besarnya dilihat sebagai penipuan.
Séléka, pakatan pertubuhan pemberontak, menguasai bandar-bandar di wilayah utara dan tengah negara itu pada November 2012. Pihak-pihak ini akhirnya merundingkan perjanjian damai dengan pentadbiran Bozizé pada Januari 2013, termasuk kerajaan perkongsian kuasa, tetapi perjanjian itu gagal, dan pemberontak menguasai ibu negara pada Mac 2013, memaksa Bozizé meninggalkan negara itu.
Michel Djotodia telah dipilih sebagai presiden, dan pada Mei 2013, Perdana Menteri Nicolas Tiangaye meminta misi pengaman PBB daripada Majlis Keselamatan PBB, dan pada 31 Mei, bekas Presiden Bozizé didakwa atas jenayah terhadap kemanusiaan dan hasutan untuk pembunuhan beramai-ramai.
Sepanjang Jun–Ogos 2013, keadaan keselamatan tidak bertambah baik, dan terdapat laporan mengenai lebih 200,000 orang pelarian dalaman (IDP), serta pelanggaran hak asasi manusia dan keganasan baharu antara penyokong Séléka dan Bozizé.
Presiden Perancis François Hollande telah menggesa Majlis Keselamatan Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu dan Kesatuan Afrika untuk meningkatkan usaha untuk menstabilkan negara. Kerajaan Séléka dikatakan retak. Djotodia secara rasmi membubarkan Seleka pada September 2013, tetapi ramai pemberontak enggan melucutkan senjata dan menyimpang lebih jauh daripada pihak berkuasa kerajaan.
Keganasan semakin merosot menjelang akhir tahun, menyebabkan kebimbangan antarabangsa mengenai "pembunuhan beramai-ramai," dan pertempuran kebanyakannya adalah hasil daripada serangan balas terhadap orang awam oleh tentera Seleka yang kebanyakannya Islam dan militia Kristian yang dikenali sebagai "anti-balaka."
Michael Djotodia dan perdana menterinya, Nicolas Tiengaye, meletak jawatan pada 11 Januari 2014, sebagai sebahagian daripada persetujuan yang dicapai pada persidangan serantau di negara jiran Chad. Majlis Peralihan Kebangsaan memilih Catherine Samba-Panza sebagai presiden sementara, dan dia memegang jawatan pada 23 Januari. Dia menjadi presiden wanita pertama Afrika Tengah. Marie-Nolle Koyara menjadi menteri pertahanan wanita pertama sejak merdeka pada Januari 2015.
Pada 18 Februari 2014, Setiausaha Agung Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu Ban Ki-moon meminta Majlis Keselamatan PBB segera menghantar 3,000 askar ke negara itu untuk memerangi apa yang disifatkannya sebagai sasaran yang disengajakan dan penyembelihan besar-besaran orang yang tidak bersalah. Setiausaha Agung membentangkan strategi enam mata, termasuk penempatan 3,000 pasukan pengaman untuk menambah 6,000 tentera Kesatuan Afrika dan 2,000 tentera Perancis yang kini berada di negara itu.
Berikutan usaha pengantaraan Congo, Séléka dan pegawai anti-balaka menandatangani perjanjian gencatan senjata di Brazzaville pada 23 Julai 2014.
Pada 14 Disember 2015, komander pemberontak Séléka mengisytiharkan Republik Logone merdeka.