Sebelum gelombang orang Bantu mula berhijrah dari utara pada abad ke-10, wilayah Afrika hari ini dikenali sebagai Malawi mempunyai populasi pemburu-pengumpul yang agak kecil. Walaupun majoriti orang Bantu berpindah ke selatan, ada yang tinggal dan membentuk kumpulan etnik berdasarkan nenek moyang yang dikongsi. Suku-suku itu membentuk Kerajaan Maravi sekitar 1500 AD, yang membentang dari utara yang kini Nkhotakota ke Sungai Zambezi, dan dari Tasik Malawi ke Sungai Luangwa di Zambia.
Puak tempatan mula bertemu, berurusan dengan, dan membentuk pakatan dengan pedagang Portugis dan anggota tentera sejurus selepas 1600, apabila wilayah itu sebahagian besarnya bersatu di bawah satu raja asli. Menjelang 1700, bagaimanapun, empayar itu telah hancur menjadi wilayah yang diperintah oleh pelbagai kumpulan etnik. Pada pertengahan 1800-an, trafik hamba Swahili-Arab memuncak, dengan dianggarkan 20,000 individu dijadikan hamba dan diangkut setiap tahun dari Nkhotakota ke Kilwa, tempat mereka dijual.
Pada tahun 1859, mubaligh dan penjelajah David Livingstone tiba ke Tasik Malawi (kemudian Tasik Nyasa) dan menemui Shire Highlands di selatan tasik sebagai lokasi yang sesuai untuk penjajahan Eropah. Beberapa misi Anglikan dan Presbyterian telah ditubuhkan di kawasan itu hasil daripada lawatan Livingstone pada tahun 1860-an dan 1870-an, Syarikat Tasik Afrika Terhad telah diasaskan pada tahun 1878 untuk mewujudkan kebimbangan perdagangan dan pengangkutan yang bekerja rapat dengan misi, dan misi kecil dan perdagangan penempatan telah ditubuhkan di Blantyre pada tahun 1876, dengan seorang Konsul British bermastautin di sana pada tahun 1883. Oleh kerana kerajaan Portugis juga berminat dengan wilayah itu, kerajaan British menghantar Harry Johnston sebagai konsul British dengan arahan untuk merundingkan perjanjian dengan pihak berkuasa tempatan di luar Portugis kuasa untuk mengelakkan pengilhakan Portugis.
Protektorat Afrika Tengah British telah ditubuhkan pada tahun 1889 di atas Shire Highlands, dan ia telah diperluaskan pada tahun 1891 untuk meliputi seluruh Malawi masa kini. Protektorat itu dinamakan semula Nyasaland pada tahun 1907, dan ia kekal sebagai nama itu untuk seluruh pentadbiran Britishnya. Pentadbiran kolonial Nyasaland telah ditubuhkan pada tahun 1891, dan ia adalah contoh klasik dari apa yang sering dirujuk sebagai "Garisan Putih Nipis" kuasa kolonial di Afrika. Para pentadbir telah diberikan belanjawan tahunan sebanyak £10,000 (nilai nominal 1891), cukup untuk mengupah sepuluh warga Eropah, dua komander tentera, tujuh puluh orang Sikh Punjab, dan 85 kuli Zanzibar. Beberapa kakitangan ini kemudiannya dijangka mengurus dan mengawal kawasan seluas 94,000 kilometer persegi dengan populasi satu hingga dua juta orang.
Kongres Afrika Nyasaland (NAC) telah diasaskan pada tahun 1944 oleh orang Afrika Nyasaland untuk mewakili kebimbangan tempatan kepada pentadbiran British. Atas sebab politik semata-mata, Britain menyertai Nyasaland dengan Rhodesia Utara dan Selatan dalam Persekutuan Rhodesia dan Nyasaland, sering dikenali sebagai Persekutuan Afrika Tengah (CAF), pada tahun 1953. Walaupun Persekutuan separuh kemerdekaan, hubungan itu mencetuskan tentangan nasionalis Afrika, dan NAC memperoleh sokongan awam. Dr. Hastings Banda, seorang doktor terlatih Eropah yang berlatih di Ghana yang telah dipujuk untuk kembali ke Nyasaland pada tahun 1958 untuk membantu gerakan nasionalis, adalah penentang kuat CAF. Sebelum dipenjarakan oleh pihak berkuasa kolonial pada tahun 1959, Banda telah dipilih sebagai presiden NAC dan berusaha untuk menggerakkan semangat nasionalis. Pada tahun 1960, beliau telah dibebaskan dan dijemput untuk membantu dalam penggubalan perlembagaan baru untuk Nyasaland, yang termasuk peruntukan yang memberi orang Afrika majoriti dalam Majlis Perundangan tanah jajahan.
Dalam pilihan raya Majlis Perundangan pada tahun 1961, Parti Kongres Malawi (MCP) Banda memenangi majoriti, dan beliau menjadi Perdana Menteri pada tahun 1963. Persekutuan telah dibubarkan pada tahun 1963, dan Nyasaland mengisytiharkan kemerdekaan daripada kawalan British pada 6 Julai 1964, menamakan dirinya Malawi. . Malawi menjadi sebuah republik di bawah perlembagaan baharu, dengan Banda sebagai presiden pertamanya. Malawi kini secara rasminya adalah sebuah negara parti, dengan MCP sebagai satu-satunya parti politik yang sah. Banda telah dipilih sebagai presiden seumur hidup pada tahun 1971. Selama hampir 30 tahun, Banda memerintah sistem autoritarian yang ketat yang memastikan Malawi bebas daripada persengketaan ganas. Dalam buangan, kumpulan pembangkang seperti Pergerakan Kebebasan Malawi pimpinan Orton Chirwa dan Liga Sosialis Malawi telah ditubuhkan.
Ekonomi Malawi di bawah presiden Banda sering disebut-sebut sebagai contoh bagaimana sebuah negara yang miskin, terkurung daratan, berpenduduk padat, miskin mineral mungkin membuat pertumbuhan pertanian dan perindustrian.
Banda membina empayar komersial semasa berkuasa, menggunakan kawalannya ke atas negara untuk menjana satu pertiga daripada KDNK negara dan menggaji 10% daripada penduduk berpendapatan gaji negara. Banda melaburkan semua pendapatannya ke arah pembangunan Malawi, yang dilambangkan dengan pembinaan Akademi Kamuzu, sebuah sekolah berasrama penuh berprestij (Eton of Africa). Motivasi untuk memberikan sekolah ini kepada Malawi adalah, dalam kata-kata Banda sendiri, “Saya tidak mahu anak lelaki dan anak perempuan saya terpaksa melakukan apa yang saya perlu lakukan – meninggalkan rumah dan keluarga mereka dan mengembara jauh dari Malawi untuk mendapatkan pendidikan. ”
Pada tahun 1993, di bawah tuntutan untuk lebih banyak kebebasan politik, Banda bersetuju dengan referendum di mana rakyat mengundi memihak kepada demokrasi berbilang parti. Majlis presiden telah ditubuhkan pada akhir 1993, jawatan presiden seumur hidup telah dimansuhkan, dan perlembagaan baharu telah digubal, sekali gus menamatkan pemerintahan MCP. Pada tahun 1994, Malawi mengadakan pilihan raya berbilang parti yang pertama, dan Banda dikalahkan oleh Bakili Muluzi (bekas Setiausaha Agung MCP dan bekas Menteri Kabinet Banda). Muluzi telah dipilih semula sebagai presiden pada 1999 dan berkhidmat sehingga 2004, apabila Dr. Bingu wa Mutharika dipilih. Walaupun iklim politik disifatkan sebagai "sukar", sistem berbilang parti Malawi masih wujud pada tahun 2009. Pada Mei 2009, Malawi menjalankan pilihan raya perundangan dan presiden berbilang parti keempatnya, dengan Presiden Mutharika dipilih semula di tengah-tengah dakwaan penipuan pilihan raya daripada lawannya.
Ada yang melihat Presiden Mutharika sebagai lebih diktator dan menghina hak asasi manusia, dan demonstrasi meletus pada Julai 2011 berhubung peningkatan perbelanjaan sara hidup, menurunkan hubungan antarabangsa, pentadbiran yang buruk, dan kekurangan rizab mata wang asing. Demonstrasi itu mengakibatkan kematian 18 orang dan kecederaan sekurang-kurangnya 44 lagi. Mutharika meninggal dunia selepas serangan jantung pada April 2012, dan bekas Naib Presiden Joyce Banda menjadi presiden.
Joyce Banda menduduki tempat ketiga dalam pilihan raya 2014 dan digantikan oleh Arthur Peter Mutharika, abang kepada presiden Malawi yang dipilih ketiga.