Disebabkan ketidakstabilan politik dan kelemahan dalam berurusan dengan tanah jajahannya, khususnya Indochina dan Algeria, Republik Keempat Perancis jatuh pada tahun 1958. Rakyat Perancis menyokong penubuhan Republik Kelima, dan Presiden Perancis Charles de Gaulle menyatakannya pada 8 Ogos 1958. , bahawa jajahan Perancis perlu memilih antara autonomi yang lebih besar dalam Komuniti Perancis baru atau kemerdekaan segera dalam undian pada 28 September 1958. Tanah jajahan lain memilih bekas, tetapi Guinea mengundi dengan tegas untuk kemerdekaan, diketuai oleh Ahmed Sékou Touré, yang Demokratnya Parti Guinea (PDG) telah memenangi 56 daripada 60 kerusi dalam pilihan raya wilayah pada tahun 1957. Perancis tidak lama lagi berlepas, dan Guinea mengisytiharkan dirinya sebagai sebuah republik yang berdaulat dan bebas pada 2 Oktober 1958, dengan Sékou Touré sebagai presiden.
Guinea dengan pantas bersekutu dengan Kesatuan Soviet selepas pemergian Perancis dan menerima dasar komunis. Guinea, sebaliknya, cenderung kepada bentuk sosialisme Cina, dan perkongsian itu tidak lama. Walaupun begitu, negara kapitalis seperti Amerika Syarikat terus memberikan bantuan dan pelaburan kepada negara. Malah hubungan dengan Perancis bertambah baik; perdagangan berkembang berikutan pemilihan Valéry Giscard d'Estaing sebagai presiden Perancis, dan kedua-dua negara bertukar lawatan rasmi.
Touré mengisytiharkan PDG sebagai parti tunggal yang sah pada tahun 1960. Kerajaan dan PDG bergabung untuk 24 tahun berikutnya. Touré tidak bertanding selama empat penggal tujuh tahun sebagai presiden, dan pengundi diberi satu senarai calon PDG untuk Dewan Negara setiap lima tahun. Touré tidak lama kemudian menjadi pemimpin polarisasi, menyokong Sosialisme Afrika hibrid di dalam negeri dan Pan-Afrika di luar negara, dan pentadbirannya menjadi tidak bertolak ansur dengan kritikan, memenjarakan ratusan dan menyesakkan akhbar.
Dalam tempoh ini, kerajaan Guinea memiliknegarakan wilayah, melucutkan jawatan Perancis yang dilantik dan pemimpin tradisional, dan memutuskan hubungan dengan kerajaan dan perniagaan Perancis. Keadaan ekonomi Guinea menjadi tidak menentu seperti pendirian diplomatiknya, bergolak antara sokongan untuk Kesatuan Soviet dan (menjelang akhir 1970-an) sokongan untuk Amerika Syarikat. Kerajaan Touré menyerang lawan yang sebenarnya dan bayangkan, memaksa beribu-ribu lawan politik ke dalam buangan, mendakwa rancangan dan konspirasi terhadapnya di dalam dan luar negara.
Pada tahun 1970, tentera pembangkang Guinea yang ekspatriat membantu askar Portugis dari negara jiran Guinea Portugis dalam Operasi Laut Hijau, pencerobohan ke Guinea. Tentera Portugis cuba membunuh atau menangkap Sekou Toure kerana sokongannya terhadap PAIGC, sebuah kumpulan gerila yang beroperasi di Guinea Portugis, antara lain. Tentera Portugis berundur selepas mencapai sebahagian besar objektif mereka selepas beberapa hari pertempuran sengit. Kekerapan penahanan dalaman dan hukuman mati meningkat semasa pemerintahan Sékou Touré.
Sebuah monumen memperingati kejayaan tentera menentang serangan Portugis pada tahun 1970. Satu-satunya matlamat yang gagal dicapai oleh serangan Portugis ialah menawan Ahmed Sékou Touré.
Sékou Touré meninggal dunia pada 26 Mac 1984, di Amerika Syarikat berikutan pembedahan jantung, dan digantikan oleh Perdana Menteri Louis Lansana Beavogui, yang akan berkhidmat sebagai presiden sementara sehingga pilihan raya baharu boleh diadakan.
Pada 3 April 1984, PDG telah ditetapkan untuk memilih pemimpin baharu. Individu itu akan menjadi satu-satunya calon presiden di bawah perlembagaan. Kolonel Lansana Conté dan Diarra Traoré, bagaimanapun, mengambil alih kawalan dalam rampasan kuasa tanpa darah hanya beberapa jam sebelum persidangan itu. Traoré berkhidmat sebagai perdana menteri sehingga Disember, apabila Conté mengambil alih sebagai presiden.
Conté dengan cepat mengecam rekod hak asasi manusia rejim sebelumnya, membebaskan 250 tahanan politik, dan menggesa 200,000 orang lagi pulang dari buangan. Dia juga menyatakan dengan jelas bahawa dia meninggalkan sosialisme, walaupun ini tidak membantu untuk mengurangkan kemiskinan, dan negara tidak menunjukkan tanda-tanda kemajuan ke arah demokrasi.
Conté mengisytiharkan pemulihan kepada kerajaan awam pada tahun 1992, dengan pilihan raya presiden pada tahun 1993 dan pilihan raya parlimen pada tahun 1995. (di mana partinya – Parti Perpaduan dan Kemajuan – memenangi 71 daripada 114 kerusi.) Pegangan kuasa Conté kekal kukuh walaupun beliau mengaku taat kepada demokrasi. Alpha Condé, ketua pembangkang, telah dipenjarakan pada September 2001 kerana mengancam keselamatan negara, tetapi dia dibebaskan lapan bulan kemudian. Selepas itu, dia pergi ke buangan di Perancis.
Conté merancang dan memenangi referendum untuk melanjutkan penggal presiden pada 2001, dan dia memulakan penggal ketiganya pada 2003 apabila pembangkang memboikot pilihan raya. Conté melarikan diri dari percubaan pembunuhan yang disyaki pada Januari 2005 semasa membuat penampilan awam yang jarang berlaku di Conakry, ibu negara Guinea. Pengkritiknya menggelarnya sebagai "zalim yang letih" yang kematiannya tidak dapat dielakkan, manakala penyokongnya menyangka dia memenangi perang menentang pembangkang. Guinea terus menghadapi cabaran penting dan, menurut Dasar Luar Negeri, berada di ambang menjadi negara gagal.
Apabila pemberontak menyeberangi sempadan dengan Liberia dan Sierra Leone pada tahun 2000, Guinea terlibat dalam ketidakstabilan yang telah lama melanda seluruh Afrika Barat, dan nampaknya untuk seketika negara itu berada di ambang perang saudara. Conté mendakwa bahawa pemimpin jiran iri dengan kekayaan semula jadi Guinea, tetapi dakwaan ini ditolak sekeras-kerasnya. Guinea bersetuju dengan perjanjian dengan jirannya untuk memerangi pemberontak pada 2003. Bantahan terhadap pentadbiran meletus pada 2007, yang memuncak dengan pencalonan perdana menteri baharu.
