30 tahun berikutnya ditandai dengan pergolakan politik. Dalam rampasan kuasa bersenjata pada 3 Ogos 1975, Presiden Ahmed Abdallah telah digulingkan dan digantikan oleh anggota Barisan Nasional Bersatu Comoros (FNUK) Putera Said Mohamed Jaffar. Pada Januari 1976, Jaffar digulingkan memihak kepada Ali Soilih, Menteri Pertahanannya.
Dalam dua referendum yang diadakan pada masa itu, rakyat Mayotte memutuskan untuk menentang kemerdekaan daripada Perancis. Yang pertama, pada 22 Disember 1974, menerima 63.8 peratus sokongan untuk mengekalkan hubungan dengan Perancis, dan yang kedua, pada Februari 1976, menerima 99.4 peratus yang mengagumkan. Presiden Soilih, yang mentadbir tiga pulau yang masih hidup, melaksanakan pelbagai langkah sosialis dan pengasingan yang merenggangkan hubungan dengan Perancis. Bob Denard kembali pada 13 Mei 1978, dengan sokongan kerajaan Perancis, Rhodesia, dan Afrika Selatan, untuk menggulingkan Presiden Soilih dan memulihkan Abdallah. Semasa pemerintahan singkat Soilih, dia telah dikenakan tujuh lagi percubaan rampasan kuasa sebelum digulingkan dan dibunuh.
Jawatan presiden Abdallah, berbeza dengan Soilih, dicirikan oleh kawalan autoritarian dan pengabdian yang lebih besar kepada Islam tradisional, dan negara itu dinamakan semula sebagai Republik Islam Persekutuan Comoros (République Fédérale Islamique des Comores; ). Kerana takut akan rampasan kuasa, Abdallah kekal sebagai presiden sehingga 1989, apabila dia mengeluarkan proklamasi mengarahkan Pengawal Presiden, yang diperintahkan oleh Bob Denard, melucutkan senjata angkatan bersenjata. Abdallah dilaporkan mati ditembak di pejabatnya oleh seorang pegawai tentera yang marah sejurus selepas perintah itu ditandatangani, tetapi laporan seterusnya mengatakan peluru berpandu antikereta kebal ditembak ke dalam bilik tidurnya dan membunuhnya. Walaupun Denard cedera, dipercayai bahawa pembunuh Abdallah adalah seorang askar di bawah perintahnya.
Bob Denard telah diterbangkan ke Afrika Selatan oleh pasukan payung terjun Perancis beberapa hari kemudian. Presiden kemudiannya ialah Said Mohamed Djohar, abang tiri Soilih, yang memerintah sehingga September 1995, apabila Bob Denard kembali dan mencuba satu lagi rampasan kuasa. Denard terpaksa menyerah diri apabila Perancis campur tangan dengan pasukan payung terjun. Djohar telah dihantar pulang ke Reunion oleh Perancis, dan Mohamed Taki Abdoulkarim, yang disokong oleh Paris, telah dipilih sebagai presiden. Beliau adalah pemimpin negara dari 1996 hingga kematiannya pada November 1998, semasa tempoh yang ditandai dengan pergolakan buruh, penindasan kerajaan, dan perang pemisah. Presiden Sementara Tadjidine Ben Said Massounde mengambil alih sebagai penggantinya.
Dalam usaha untuk menuntut semula kedaulatan Perancis, pulau Anjouan dan Mohéli mengisytiharkan kemerdekaan daripada Comoros pada tahun 1997. Bagaimanapun, Perancis menentang permintaan mereka, mengakibatkan pertempuran ganas antara pasukan persekutuan dan pemberontak. Kolonel Azali Assoumani, Ketua Staf Tentera, menggulingkan Presiden Sementara Massounde dalam rampasan kuasa tanpa pertumpahan darah pada April 1999, dengan mendakwa kepimpinan yang lemah dalam menghadapi krisis. Sejak merdeka pada 1975, Comoros telah menyaksikan 18 rampasan kuasa atau percubaan rampasan kuasa.
Kegagalan Azali untuk menyatukan pihak berkuasa dan memulihkan kawalan ke atas pulau-pulau itu mengundang kecaman di seluruh dunia. Kesatuan Afrika, yang diketuai oleh Presiden Afrika Selatan Thabo Mbeki, mengenakan penalti ke atas Anjouan untuk membantu dalam proses pengantaraan dan perdamaian. Nama rasmi negara itu ditukar kepada Kesatuan Comoros, dan sistem autonomi politik baharu bagi setiap pulau telah ditubuhkan, serta pentadbiran kesatuan bagi tiga pulau itu.
Azali telah diketepikan pada 2002 untuk bersaing bagi jawatan Presiden Comoros dalam pilihan raya demokratik, yang dimenanginya. Sebagai seorang diktator tentera yang mula-mula berkuasa secara paksa dan tidak sentiasa demokratik semasa dalam kerajaan, Azali memimpin Comoros melalui semakan perlembagaan yang membenarkan pilihan raya baru, walaupun kritikan antarabangsa berterusan. Perundangan Loi des compétences, yang menyatakan kewajipan setiap entiti kerajaan, telah digubal pada awal tahun 2005 dan kini sedang dilaksanakan. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, seorang ulama Sunni yang digelar "Ayatollah" selama bertahun-tahun belajar Islam di Iran, memenangi pilihan raya 2006. Azali menerima keputusan pilihan raya, membolehkan peralihan kuasa yang aman dan demokratik yang pertama di Nusantara.
Kolonel Mohammed Bacar, bekas anggota tentera yang berpendidikan di Perancis, mengambil alih kawalan di Anjouan pada 2001. Pada Jun 2007, beliau mengadakan referendum untuk mengesahkan kepimpinannya, yang kedua-duanya dikutuk oleh kerajaan persekutuan Comoros dan Kesatuan Afrika sebagai tidak berperlembagaan. Beratus-ratus tentera dari Kesatuan Afrika dan Comoros menyerang Anjouan yang dikuasai pemberontak pada 25 Mac 2008, untuk menggembirakan penduduk tempatan: ratusan, jika tidak beribu-ribu, orang telah diseksa di bawah pemerintahan Bacar. Beberapa pemberontak terbunuh atau cedera, tetapi tiada nombor rasmi tersedia. Sekurang-kurangnya 11 orang cedera dalam serangan itu. Beberapa pegawai telah dipenjarakan. Bacar melarikan diri ke Mayotte, sebuah enklaf Lautan Hindi Perancis, menaiki bot laju untuk mencari perlindungan. Di Comoros, demonstrasi anti-Perancis meletus.
Lebih daripada 20 rampasan kuasa atau percubaan rampasan kuasa telah berlaku di Comoros sejak merdeka daripada Perancis.
Pada 26 Mei 2011, bekas Naib Presiden Ikililou Dhoinine mengangkat sumpah sebagai Presiden selepas pilihan raya pada akhir 2010. Dhoinine, ahli parti pemerintah, disokong dalam pemilihan oleh Presiden Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, seorang ahli farmasi mengikut profesionnya, ialah Presiden pertama Comoros, berasal dari pulau Mohéli.