Orang Pygmy adalah orang pertama yang menetap di rantau ini. Semasa mereka berpindah, suku Bantu terutamanya menggantikan dan mengasimilasikan mereka.
Orang Eropah pertama datang pada abad ke-15. Di Gabon, sebuah monarki berbahasa Myeni yang dikenali sebagai Orungu muncul pada abad ke-18.
Bartholomew Roberts, seorang lanun Wales yang dikenali sebagai Black Bart, terkorban di laut di luar pantai Cape Lopez pada 10 Februari 1722. Dari 1719 hingga 1722, dia menyerang kapal di sepanjang pantai Amerika dan Afrika Barat.
Pada tahun 1875, ekspedisi pertama ke wilayah Gabon-Congo telah dijalankan oleh pengembara Perancis Pierre Savorgnan de Brazza. Beliau menubuhkan Franceville dan seterusnya berkhidmat sebagai gabenor kolonial. Apabila Perancis secara rasmi menakluki Gabon pada tahun 1885, banyak suku Bantu menetap di wilayah yang kini Gabon.
Gabon menyertai empat wilayah Afrika Khatulistiwa Perancis pada tahun 1910, membentuk sebuah persekutuan yang berlangsung sehingga 1959. Pada 17 Ogos 1960, wilayah ini memperoleh kemerdekaan. Léon M'ba ialah presiden pertama Gabon, dipilih pada 1961, bersama Omar Bongo Ondimba sebagai naib presidennya.
Selepas M'ba naik ke tampuk kuasa, akhbar telah ditindas, perhimpunan politik diharamkan, kebebasan bersuara disekat, parti politik lain secara progresif ditolak daripada kuasa, dan Perlembagaan telah diubah suai mengikut garis Perancis untuk meletakkan kuasa dalam Presiden, yang Mbak ambil. Apabila M'ba membubarkan Dewan Negara untuk menubuhkan pemerintahan satu parti pada Januari 1964, rampasan kuasa tentera cuba menjatuhkan beliau dan memulihkan demokrasi berparlimen. Dalam masa 24 jam, pasukan payung terjun Perancis tiba untuk memulihkan M'ba kepada kuasa.
Walaupun demonstrasi besar-besaran dan rusuhan, rampasan kuasa itu berakhir selepas beberapa hari pertempuran dan pembangkang dipenjarakan. Sehingga hari ini, tentera Perancis ditempatkan di Camp de Gaulle di pinggir bandar Gabon. Bongo mengambil alih sebagai presiden apabila M'Ba meninggal dunia pada tahun 1967.
Bongo mengisytiharkan Gabon sebagai negara satu parti pada Mac 1968, membubarkan BDG dan mengasaskan Parti Democratique Gabonais (PDG). Dia mengalu-alukan semua orang Gabon untuk menyertai, tanpa mengira kesetiaan politik mereka yang lalu. Bongo menggunakan PDG sebagai wadah untuk menenggelamkan konflik serantau dan puak yang sebelum ini memecahbelahkan politik Gabon untuk mewujudkan gerakan nasional bersatu memihak kepada matlamat pembangunan kerajaan. Pada Februari 1975, Bongo telah dipilih sebagai Presiden; pada April 1975, jawatan naib presiden telah dimansuhkan dan digantikan dengan jawatan perdana menteri, yang tidak mempunyai hak penggantian automatik. Bongo telah dipilih semula untuk penggal 7 tahun sebagai Presiden pada Disember 1979 dan November 1986.
Pelajar dan pekerja mengadakan protes dan mogok ganas pada awal 1990-an, didorong oleh ketidakpuasan ekonomi dan keinginan untuk pembaharuan politik. Bongo bekerja dengan pekerja berdasarkan sektor demi sektor sebagai tindak balas kepada aduan mereka, membuat pengurangan gaji yang besar. Beliau juga berkata bahawa beliau akan membuka PDG dan mengadakan persidangan politik kebangsaan pada Mac–April 1990 untuk membahaskan struktur politik masa depan Gabon. Mesyuarat itu dihadiri oleh PDG dan 74 kumpulan politik. PDG yang memerintah dan penyokongnya telah berpecah kepada dua gabungan longgar, Barisan Bersatu Persatuan Pembangkang dan Parti, yang termasuk pemisahan Morena Fundamental dan Parti Kemajuan Gabon.
Persidangan April 1990 mengesahkan perubahan politik yang ketara, termasuk penubuhan Senat kebangsaan, desentralisasi proses belanjawan, kebebasan berhimpun dan akhbar, dan penghapusan keperluan untuk visa berlepas. Bongo meletak jawatan sebagai pengerusi PDG dalam usaha untuk memimpin peralihan sistem politik kepada demokrasi berbilang parti, dan pentadbiran peralihan yang diketuai oleh Perdana Menteri baharu, Casimir Oye-Mba, telah dibentuk. Pentadbiran yang terhasil, dikenali sebagai Perkumpulan Demokratik Sosial Gabon (RSDG), adalah lebih kecil daripada yang sebelumnya dan menampilkan ahli pelbagai kumpulan pembangkang dalam kabinetnya. Pada Mei 1990, RSDG menghasilkan perlembagaan sementara yang merangkumi rang undang-undang asas hak dan badan kehakiman yang bebas, tetapi memberikan presiden kuasa pentadbiran yang luas. Dokumen ini berkuat kuasa pada Mac 1991 selepas pemeriksaan tambahan oleh jawatankuasa perlembagaan dan Dewan Negara.
Walau bagaimanapun, penentangan terhadap PDG berterusan selepas mesyuarat April 1990, dan dua percubaan rampasan kuasa ditemui dan digagalkan pada September 1990. Walaupun protes anti-kerajaan selepas kematian pemimpin pembangkang yang tidak dijangka, PDG memenangi majoriti yang kuat dalam parti pertama Kebangsaan. Pilihan raya dewan dalam hampir 30 tahun pada September–Oktober 1990.
Berikutan pemilihan semula Presiden Omar Bongo dengan 51% undi pada Disember 1993, calon pembangkang enggan menerima keputusan itu. Berikutan pergolakan awam yang serius, kerajaan dan kumpulan pembangkang bersetuju untuk berusaha ke arah penyelesaian politik. Perbincangan ini menghasilkan Perjanjian Paris, yang ditandatangani pada November 1994 dan memasukkan ramai pemimpin pembangkang dalam kerajaan perpaduan negara. Walau bagaimanapun, susunan ini dengan cepat runtuh, dan pilihan raya parlimen dan perbandaran 1996 dan 1997 menetapkan peringkat untuk kembali kepada politik partisan. PDG mencatatkan kemenangan besar dalam pilihan raya parlimen, tetapi datuk bandar pembangkang telah dipilih di banyak bandar besar, termasuk Libreville, pada pilihan raya perbandaran 1997.
Pada Disember 1998, Presiden Omar Bongo melancong untuk pemilihan semula dengan majoriti besar undi, walaupun pembangkang berpecah. Walaupun terdapat banyak anomali yang didakwa, beberapa pemerhati asing menyifatkan keputusan itu sebagai representasi, dan tidak ada satu pun pergolakan ganas yang berlaku sebelum pilihan raya 1993. PDG dan wakil bebas yang berkaitan mengawal Dewan Negara hampir keseluruhannya selepas pilihan raya parlimen yang aman tetapi rosak pada 2001–2002, yang telah diboikot oleh beberapa parti pembangkang kecil dan dikecam teruk kerana kelemahan pentadbiran. Presiden Omar Bongo telah dipilih semula pada November 2005 untuk penggal keenam. Dia selesa dipilih semula, walaupun pihak lawan mendakwa pilihan raya itu dibelenggu oleh penyelewengan. Berikutan pengumuman kemenangannya, terdapat beberapa insiden keganasan, tetapi Gabon kekal tenang secara keseluruhan.
Pada Disember 2006, pilihan raya baru untuk Dewan Negara telah dijalankan. Mahkamah Perlembagaan menterbalikkan banyak kerusi yang telah dicabar akibat penyelewengan undi, tetapi PDG mengekalkan kawalan Dewan Negara dalam pilihan raya peringkat akhir pada awal 2007.
Presiden Omar Bongo meninggal dunia akibat serangan jantung pada 8 Jun 2009, di sebuah hospital Sepanyol di Barcelona, menandakan permulaan era baharu dalam politik Gabon. Rose Francine Rogombé, Presiden Dewan Negara, telah dilantik sebagai Presiden Interim pada 10 Jun 2009, selaras dengan perlembagaan yang disemak. Pada 30 Ogos 2009, pilihan raya kompetitif pertama dalam sejarah Gabon tanpa Omar Bongo sebagai calon telah dijalankan, dengan 18 calon presiden. Terdapat beberapa demonstrasi kecil menjelang pilihan raya, tetapi tiada gangguan besar. Selepas semakan tiga minggu oleh Mahkamah Perlembagaan, anak lelaki Omar Bongo, ketua parti yang mentadbir Ali Bongo Ondimba, secara rasmi diisytiharkan sebagai pemenang; perasmiannya berlangsung pada 16 Oktober 2009.
Ramai calon pembangkang mendakwa penipuan pilihan raya, dan keluaran pertama keputusan pilihan raya mencetuskan demonstrasi ganas luar biasa di Port-Gentil, bandar kedua terbesar di negara itu dan kubu kuat penentangan terhadap pentadbiran PDG. Penduduk Port-Gentil bergegas ke jalan raya, membakar beberapa perniagaan dan rumah, termasuk Konsulat Perancis dan penjara tempatan. Hanya empat orang terbunuh dalam rusuhan itu, menurut angka rasmi, tetapi pembangkang dan pemimpin tempatan berkata terdapat lebih ramai lagi. Untuk membantu polis yang bergelut, gendarm dan tentera dihantar ke Port-Gentil, dan perintah berkurung telah dikenakan selama lebih tiga bulan.
Pada Jun 2010, pilihan raya kecil separa perundangan telah dijalankan. Buat pertama kalinya, gabungan parti yang baru ditubuhkan, Union Nationale (PBB), mengambil bahagian. Pembelot PDG yang keluar parti berikutan kematian Omar Bongo merupakan majoriti PBB. PDG memenangi tiga daripada lima kerusi yang dipertandingkan dengan sengit, manakala PBB memperoleh dua; kedua-dua pihak mengaku menang.