Na vrhuncu Brunejskog Carstva, sultan Bolkiah (koji je vladao od 1485. do 1528.) kontrolirao je većinu Bornea, uključujući moderne države Sarawak i Sabah, arhipelag Sulu sjeveroistočno od Bornea, Seludong (današnja Manila) i otoke u Sjeverozapadni kut Bornea. Španjolska Magellanova ekspedicija posjetila je obalno kraljevstvo 1521., a borila se protiv Španjolske u Kastiljskom ratu 1578. godine.
Brunejsko Carstvo počelo je propadati u devetnaestom stoljeću. Sultanat je dodijelio Jamesu Brookeu Sarawaku (Kuching) i uspostavio ga kao bijelog radžu, dok je Sabah dodijeljen Northern British Chatting Company of Borneo. Brunej je postao britanski protektorat 1888., a 1906. britanski je stanovnik imenovan kolonijalnim direktorom. Godine 1959., nakon japanske okupacije tijekom Drugog svjetskog rata, izrađen je novi ustav. Godine 1962., uz pomoć Britanaca, ugušena je mala pobunjenička vojska protiv monarhije.
1. siječnja 1984. Brunej je stekao neovisnost od Ujedinjenog Kraljevstva. Brunej je postao industrijalizirana država tijekom 1990-ih i 2000-ih, s porastom BDP-a od 56 posto između 1999. i 2008. Nakupio je ogromne rezerve nafte i prirodnog plina. Brunej je na drugom mjestu na indeksu ljudskog razvoja jugoistočne Azije, nakon Singapura, i klasificiran je kao "razvijena zemlja". Brunej je šesti u svijetu po bruto domaćem proizvodu po stanovniku u paritetu kupovne moći, prema Međunarodnom monetarnom fondu (MMF). Brunej je bio jedna od dvije nacije (druga je bila Libija) 2011. s javnim dugom jednakim 0% BDP-a. Brunej je također šesta najbogatija zemlja u 182 prema Forbesu, zahvaljujući svojim rezervama nafte i plina.