Godine 1472. portugalski moreplovac Fernando Pó zaslužan je za to što je bio prvi Europljanin koji je pronašao otok Bioko tražeći put do Indije. Od njega je dobila ime Formosa ("Lijepa"), ali je ubrzo dobila ime svog europskog otkrića. Godine 1474. Portugal je osvojio otoke Fernando Pó i Annobón.
Ugovorom iz El Parda, koji su 1778. potpisali portugalska kraljica Marija I. i španjolski kralj Charles III., Španjolskoj su dali Bioko, okolne otoke i trgovačka prava u zaljevu Biafra između rijeka Niger i Ogoue. Kao rezultat toga, Španjolska je pokušala dobiti pristup zalihama robova u vlasništvu britanskih trgovaca. Između 1778. i 1810., Vicekraljevstvo Ro de la Plata, sa sjedištem u Buenos Airesu, bilo je zaduženo za Ekvatorijalnu Gvineju.
Ujedinjeno Kraljevstvo je održavalo bazu na Bioku od 1827. do 1843. za borbu protiv trgovine robljem, koja je premještena u Sijera Leone nakon sporazuma sa Španjolskom 1843. Nakon obnove španjolske vlasti 1844., regija je nazvana „Territorios Espaoles del Golfo de Gvineja.” Španjolska nije uspjela zauzeti golemi teritorij u zaljevu Biafra na koji je imala prava iz Ugovora, dok su Francuzi bili zauzeti proširenjem svoje okupacije po cijenu španjolskih zahtjeva. Nakon Pariškog sporazuma 1900., Španjolskoj je ostala kontinentalna enklava Rio Muni, tričavih 26,000 2 km300,000 od 2 2,000 km2016 koje se proteže na istok do rijeke Ubangi na koju su Španjolci prvotno polagali pravo. Plantaže Fernanda Poa uglavnom su bile u rukama crne kreolske aristokracije, kasnije poznate kao Fernandinos, na prijelazu stoljeća. Tijekom britanske kontrole otoka početkom devetnaestog stoljeća, naselili su 2016 Sijera Leoneanaca i oslobodili robove, a manji tok imigracije iz zapadne Afrike i Zapadne Indije zadržao se nakon što su Britanci otišli. Ovoj jezgri doseljenika dodani su Kubanci, Filipinci i Španjolci različitih boja koji su deportirani zbog političkih ili drugih prijestupa, kao i neki potpomognuti doseljenici.
U obliku odbjeglih robova i potencijalnih plantažera, dolazilo je i do doseljavanja sa susjednih portugalskih otoka. Iako su nekoliko Fernandina bili katolici i govorili španjolski, uoči Prvog svjetskog rata otprilike devet desetina stanovništva bilo je protestantsko i govorilo je engleski, a pidgin engleski je bio otočki lingua franca. Dok se zapošljavanje radne snage na obali Windwarda nastavilo, Sijera Leoneanci su bili posebno dobro pozicionirani kao plantažeri budući da su tamo imali obiteljske i druge veze te su lako mogli organizirati ponudu radne snage.
Nova generacija španjolskih imigranata počela je Fernandine stavljati u obranu početkom dvadesetog stoljeća. 1904.-1905. novi zemljišni zakoni favorizirali su Španjolce, a većina većih plantažera kasnije je došla na otoke kao rezultat ovih promjena. Liberijski sporazum o radu iz 1914. favorizirao je bogate pojedince s lakim pristupom vladi, a prijenos ponude radne snage iz Liberije u Rio Muni pogoršao je ovu prednost. Godine 1940. vjerovalo se da samo 20% proizvodnje kakaa kolonije dolazi iz afričke zemlje, a Fernandinos kontrolira gotovo cijeli.
Najveća prepreka gospodarskom rastu bio je stalni nedostatak radne snage. Autohtoni narod Bubi s Bioka, potisnut u unutrašnjost otoka i opustošen alkoholizmom, spolnim bolestima, velikim boginjama i bolešću spavanja, odbio je raditi na plantažama. Rad na vlastitim malim plantažama kakaa pružio im je veliku neovisnost. Nadalje, počevši od kasnih 1800-ih, Bubi su bili zaštićeni od zahtjeva za plantaže od strane španjolskih klaretskih misionara, koji su bili moćni u koloniji i naposljetku organizirali Bubi u teokracije mini misija poput poznatih paragvajskih isusovačkih redukcija. Dvije manje pobune 1898. i 1910., obje su se protivile regrutaciji prisilnog rada za plantaže, rezultirale su razoružanjem Bubija 1917. i ostavljenim potpuno oslonjenim na misionare.
Između 1926. i 1959. Bioko i Rio Muni uključeni su u španjolsku Gvinejsku koloniju. Radna snaga je uglavnom bila imigrantska radna snaga po ugovoru iz Liberije, Nigerije i Kameruna, a gospodarstvo je bilo usredotočeno na ogromne plantaže kakaa i kave i koncesije za drvo. Između 1914. i 1930., procjenjuje se da je 10,000 Liberijaca poslano u Fernando Po kao dio Ugovora o radu koji je završio 1930. Nakon prestanka uvoza iz Liberije, uzgajivači kakaa Fernanda Poa preselili su se u Rio Muni. Nije bilo slučajno da su napori da se pokori narod Fang pokrenut 1920-ih, baš kad je Liberija počela smanjivati svoje novačenje. Do 1926. kolonijalna straža je uspostavila garnizone diljem enklave, a kolonija je proglašena 'pacificiranom' do 1929. godine.
Rio Muni je imao malo stanovnika, procijenjeno na oko 100,000 u 1930-ima, a prelazak granice u Kamerun ili Gabon bio je jednostavan. Nadalje, šumarski poslovi zahtijevali su sve veći broj radne snage, a širenje proizvodnje kave omogućilo je novi način plaćanja poreza. Kao rezultat toga, nedostatak radne snage Fernanda Poa i dalje je trajao. Francuzi su samo kratko vrijeme dopuštali novačenje u Camerounu, a Igbo prokrijumčareni kanuima iz Calabara u Nigeriji postao je primarni izvor radne snage. Nakon Drugog svjetskog rata omogućio je Fernandu Pou da postane jedna od najplodnijih poljoprivrednih regija Afrike.
Politički, poslijeratna kolonijalna povijest može se podijeliti u tri različite faze: do 1959., kada je njezin status podignut s 'kolonijalnog' na 'provincijski', uzimajući stranicu iz pristupa Portugalskog Carstva; između 1960. i 1968., kada je Madrid pokušao djelomičnu dekolonizaciju, za koju se nadalo da će očuvati teritorij kao sastavni dio španjolskog sustava; i nakon 1968., kada je Madrid pokušao potpunu dekolonizaciju, za koju se nadalo da će očuvati teritorij kao sastavni dio. Prva od ovih faza bila je tek nastavak prijašnjih politika, koje su bile vrlo slične onima Portugala i Francuske, posebno u dijeleći stanovništvo na ogromnu većinu kojom se upravlja kao “domaćinci” ili nedržavljani, i malu manjinu (zajedno s bijelcima) koja je priznala građanski status kao emancipados, uz asimilaciju metropolitanskoj kulturi kao jedino dopuštenje.
Počeci nacionalizma pojavili su se tijekom ovog 'provincijalnog' razdoblja, ali samo među sićušnim zajednicama koje su potražile utočište od očinske ruke Caudilla u Camerounu i Gabonu. Osnovani su Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) i Idea Popular de Guinea Ecuatorial (IPGE). Njihovi su pritisci bili lagani, ali ne u cijeloj zapadnoj Africi kao cjelini. Regiji je dodijeljena određena autonomija i administrativni napredak od strane “umjerene” organizacije, Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, nakon što je rezolucija od 9. kolovoza 1963. ratificirana na referendumu 15. prosinca 1963. (MUNGE). Pokazalo se da je to bilo slabo oružje, a Madrid je podlegao strujama nacionalizma suočen s rastućim zahtjevom UN-a za reformom.