François Bozizé suspendirao je ustav i imenovao novu vladu sastavljenu od većine oporbenih stranaka. Imenovanje Abela Goumbe za potpredsjednika povećalo je imidž Bozizéove nove uprave. Bozizé je formirao široko utemeljeno Nacionalno tranzicijsko vijeće za pisanje novog ustava te je izjavio da namjerava podnijeti ostavku i kandidirati se za dužnost nakon što se novi ustav usvoji.
Bushev rat u Srednjoafričkoj Republici započeo je 2004. kada su skupine protiv Bozizéa poduzele oružje protiv njegove administracije. Tijekom svibnja 2005. Bozizé je pobijedio na predsjedničkim izborima koji su isključili Patasséa, a borba između vlade i pobunjenika nastavljena je 2006. Bozizéova administracija zatražila je francusku vojnu pomoć u studenom 2006. kako bi im pomogla oduprijeti se pobunjenicima koji su preuzeli kontrolu nad gradovima u sjevernim pokrajinama zemlje . Premda su se prve javne pojedinosti sporazuma usredotočile na logistiku i obavještajne podatke, francuska potpora u konačnici je uključivala napade zrakoplova Mirage na položaje pobunjenika.
Sporazum iz Syrtea, potpisan u veljači i Mirovni sporazum Birao, potpisan u travnju 2007., pozivali su na prekid neprijateljstava, smještaj boraca FDPC-a i njihovu integraciju s FACA-om, oslobađanje političkih zatvorenika, integraciju FDPC-a u vladu , amnestija za UFDR, priznanje kao političke stranke i integracija njenih boraca u nacionalnu vojsku. Nekoliko organizacija se borilo, ali druge su potpisale pakt ili slične sporazume s vladom (npr. UFR 15. prosinca 2008.). CPJP, jedina značajna organizacija koja u to vrijeme nije potpisala sporazum, nastavila je s radom i potpisala mirovni sporazum s vladom 25. kolovoza 2012. godine.
Bozizé je ponovno izabran 2011. na izborima koji se uvelike smatraju namještenima.
Séléka, savez pobunjeničkih organizacija, preuzeo je kontrolu nad gradovima u sjevernim i središnjim regijama zemlje u studenom 2012. Ove strane su na kraju pregovarale o mirovnom sporazumu s Bozizéovom administracijom u siječnju 2013., uključujući vladu koja dijeli vlast, ali je sporazum propao, a pobunjenici su preuzeli kontrolu nad glavnim gradom u ožujku 2013., prisiljavajući Bozizéa da pobjegne iz zemlje.
Za predsjednika je izabran Michel Djotodia, a u svibnju 2013. premijer Nicolas Tiangaye zatražio je mirovnu misiju UN-a od Vijeća sigurnosti UN-a, a 31. svibnja bivši predsjednik Bozizé optužen je za zločine protiv čovječnosti i poticanje na genocid.
Tijekom lipnja – kolovoza 2013. sigurnosna situacija se nije poboljšala, a bilo je izvješća o više od 200,000 interno raseljenih osoba (IRP), kao io kršenju ljudskih prava i novom nasilju između pristaša Séléke i Bozizéa.
Francuski predsjednik François Hollande pozvao je Vijeće sigurnosti Ujedinjenih naroda i Afričku uniju da pojačaju napore za stabilizaciju nacije. Rečeno je da je vlada Séléka raskomadana. Djotodia je službeno raspustio Seleku u rujnu 2013., ali su se mnogi pobunjenici odbili razoružati i udaljili se dalje od vladine vlasti.
Nasilje se pogoršalo krajem godine, što je izazvalo međunarodnu zabrinutost zbog “genocida”, a borbe su uglavnom bile rezultat osvetničkih napada na civile od strane Selekinih uglavnom muslimanskih vojnika i kršćanskih milicija poznatih kao “anti-balaka”.
Michael Djotodia i njegov premijer Nicolas Tiengaye podnijeli su ostavke 11. siječnja 2014. u sklopu sporazuma postignutog na regionalnoj konferenciji u susjednom Čadu. Nacionalno prijelazno vijeće izabralo je Catherine Samba-Panza za privremenu predsjednicu, a ona je preuzela dužnost 23. siječnja. Postala je prva predsjednica Srednje Afrike. Marie-Nolle Koyara postala je prva ministrica obrane od neovisnosti u siječnju 2015.
Dana 18. veljače 2014., glavni tajnik Ujedinjenih naroda Ban Ki-moon zatražio je da Vijeće sigurnosti UN-a brzo pošalje 3,000 vojnika u naciju u borbi protiv onoga što je okarakterizirao kao namjerno gađanje i masovno ubijanje nedužnih ljudi. Glavni tajnik predstavio je strategiju u šest točaka, koja je uključivala raspoređivanje 3,000 mirovnih snaga kao dopuna 6,000 vojnika Afričke unije i 2,000 francuskih snaga koje su trenutno u zemlji.
Nakon posredničkih napora Konga, Séléka i anti-balaka dužnosnici potpisali su sporazum o prekidu vatre u Brazzavilleu 23. srpnja 2014.
Dana 14. prosinca 2015. zapovjednik pobunjenika Séléka proglasio je Republiku Logone neovisnom.