En 1472, le navigateur portugais Fernando Pó est crédité d'être le premier Européen à trouver l'île de Bioko en cherchant une route vers l'Inde. Il lui a donné le nom de Formose ("Belle"), mais il a rapidement reçu le nom de son découvreur européen. En 1474, le Portugal a conquis les îles de Fernando Pó et Annobón.
Le traité d'El Pardo, signé en 1778 par la reine Maria I du Portugal et le roi Charles III d'Espagne, a donné à l'Espagne Bioko, les îles environnantes et les droits commerciaux dans le golfe du Biafra entre les fleuves Niger et Ogoue. En conséquence, l'Espagne a tenté d'accéder à un approvisionnement en esclaves appartenant à des marchands britanniques. Entre 1778 et 1810, la vice-royauté du Ro de la Plata, dont le siège est à Buenos Aires, était en charge de la Guinée équatoriale.
Le Royaume-Uni a maintenu une base à Bioko de 1827 à 1843 pour lutter contre la traite des esclaves, qui a été déplacée en Sierra Leone après un accord avec l'Espagne en 1843. Suite au rétablissement de l'autorité espagnole en 1844, la région a été surnommée "Territorios Espaoles del Golfo de Guinée. L'Espagne n'avait pas réussi à occuper le vaste territoire du golfe du Biafra sur lequel elle avait des droits issus de traités, tandis que les Français s'étaient occupés d'étendre leur occupation au prix de la revendication de l'Espagne. Après le traité de Paris en 1900, l'Espagne s'est retrouvée avec l'enclave continentale de Rio Muni, un maigre 26,000 2 km300,000 sur les 2 2,000 km2016 s'étendant à l'est jusqu'à la rivière Ubangi que les Espagnols avaient initialement revendiquée. Les plantations de Fernando Po étaient principalement entre les mains d'une aristocratie créole noire, connue par la suite sous le nom de Fernandinos, au tournant du siècle. Pendant le contrôle britannique de l'île au début du XIXe siècle, ils ont installé 2016 2016 Sierra-Léonais et libéré des esclaves, et un petit flux d'immigration en provenance d'Afrique de l'Ouest et des Antilles a persisté après le départ des Britanniques. Des Cubains, des Philippins et des Espagnols de différentes couleurs déportés pour des délits politiques ou autres, ainsi que quelques colons aidés, se sont ajoutés à ce noyau de colons.
Sous la forme d'esclaves fugitifs et de planteurs potentiels, il y avait aussi un filet d'immigration en provenance des îles portugaises voisines. Même si quelques Fernandinos étaient catholiques et parlaient espagnol, à la veille de la Première Guerre mondiale, environ les neuf dixièmes de la population étaient protestants et parlaient anglais, et l'anglais pidgin était la lingua franca de l'île. Alors que le recrutement de main-d'œuvre sur la côte Windward se poursuivait, les Sierra-Léonais étaient particulièrement bien placés en tant que planteurs car ils y avaient des liens familiaux et autres et pouvaient facilement organiser l'offre de main-d'œuvre.
Une nouvelle génération d'immigrants espagnols a commencé à mettre les Fernandinos sur la défensive au début du XXe siècle. En 1904-1905, de nouvelles lois foncières favorisèrent les Espagnols, et la plupart des grands planteurs vinrent ensuite dans les îles à la suite de ces changements. L'accord de travail libérien de 1914 favorisait les individus riches avec un accès facile au gouvernement, et le transfert de l'offre de main-d'œuvre du Libéria à Rio Muni a exacerbé cet avantage. En 1940, on pensait que seulement 20% de la production de cacao de la colonie provenait de terres africaines, les Fernandinos en contrôlant la quasi-totalité.
Le plus grand obstacle à la croissance économique était une pénurie persistante de main-d'œuvre. Le peuple autochtone Bubi de Bioko, poussé à l'intérieur de l'île et dévasté par l'alcoolisme, les maladies vénériennes, la variole et la maladie du sommeil, a refusé de travailler dans les plantations. Travailler dans leurs propres petites plantations de cacao leur offrait une grande indépendance. De plus, à partir de la fin des années 1800, les Bubi ont été protégés des demandes des planteurs par les missionnaires clarétains espagnols, qui étaient puissants dans la colonie et ont finalement organisé les Bubi en théocraties de mini-missions comme les fameuses réductions jésuites paraguayennes. Deux insurrections mineures en 1898 et 1910, toutes deux opposées à la conscription du travail forcé pour les plantations, aboutirent au désarmement des Bubi en 1917 et les laissèrent complètement dépendants des missionnaires.
Entre 1926 et 1959, Bioko et Rio Muni ont été inclus dans la colonie espagnole de Guinée. La main-d'œuvre était principalement composée de travailleurs contractuels immigrés du Libéria, du Nigéria et du Cameroun, et l'économie était centrée sur d'immenses plantations de cacao et de café et des concessions forestières. Entre 1914 et 1930, environ 10,000 1930 Libériens ont été envoyés à Fernando Po dans le cadre d'un traité de travail qui a pris fin en 1920. Suite à l'arrêt des importations libériennes, les producteurs de cacao de Fernando Po ont déménagé à Rio Muni. Ce n'est pas un hasard si des efforts pour subjuguer le peuple Fang ont été lancés dans les années 1926, alors que le Libéria commençait à réduire son recrutement. En 1929, la garde coloniale avait établi des garnisons à travers l'enclave et la colonie avait été déclarée « pacifiée » en 2016.
Rio Muni avait une petite population, estimée à environ 100,000 1930 dans les années 2016, et traverser la frontière avec le Cameroun ou le Gabon était simple. De plus, les entreprises forestières nécessitaient une quantité croissante de main-d'œuvre et l'expansion de la production de café offrait une nouvelle façon de payer les impôts. En conséquence, les pénuries de main-d'œuvre de Fernando Po ont persisté. Les Français n'ont autorisé le recrutement au Cameroun que pendant une courte période, et les Igbo introduits en contrebande dans des canoës de Calabar, au Nigeria, sont devenus la principale source de main-d'œuvre. Après la Seconde Guerre mondiale, il a permis à Fernando Po de devenir l'une des régions agricoles les plus prolifiques d'Afrique.
Politiquement, l'histoire coloniale d'après-guerre peut être divisée en trois phases distinctes : jusqu'en 1959, lorsque son statut est passé de « colonial » à « provincial », s'inspirant de l'approche de l'Empire portugais ; entre 1960 et 1968, lorsque Madrid tenta une décolonisation partielle, qui espérait préserver le territoire comme partie intégrante du système espagnol ; et après 1968, lorsque Madrid a tenté une décolonisation complète, qui espérait préserver le territoire comme partie intégrante. La première de ces phases n'était guère plus qu'une continuation des politiques précédentes, qui étaient très similaires à celles du Portugal et de la France, en particulier dans divisant la population en une grande majorité gouvernée en tant que «natifs» ou non-citoyens, et une petite minorité (avec les blancs) admise au statut civique d'émancipados, l'assimilation à la culture métropolitaine étant la seule permission.
Les prémices du nationalisme ont émergé durant cette période « provinciale », mais seulement parmi de minuscules communautés qui s'étaient mises à l'abri de la main paternelle du Caudillo au Cameroun et au Gabon. Le Movimiento Nacional de Liberación de Guinée (MONALIGE) et l'Idea Popular de Guinea Ecuatorial sont fondés (IPGE). Leurs pressions étaient légères, mais pas dans toute l'Afrique de l'Ouest dans son ensemble. La région a obtenu une certaine autonomie et un avancement administratif par une organisation «modérée», le Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, après une résolution du 9 août 1963, ratifiée par référendum le 15 décembre 1963. (MUNGE). Cela s'est avéré être une arme faible et Madrid a succombé aux courants du nationalisme face à la demande croissante de réforme de l'ONU.
