L'économie de Mostar repose principalement sur les industries de l'aluminium et des métaux, la banque et les télécommunications. Certaines des plus grandes entreprises du pays ont leur siège social dans la ville.
Mostar, avec Sarajevo, est le principal centre financier de Bosnie-Herzégovine, avec deux des trois plus grandes banques du pays qui y ont leur siège. La Bosnie-Herzégovine compte trois sociétés nationales de services électriques, postaux et de télécommunications, dont une à Mostar (la société de services électriques «Elektroprivreda HZHB», l'entreprise de services postaux Hrvatska Pota Mostar et HT Mostar, la troisième plus grande entreprise de télécommunications du pays). Ces trois entreprises (avec des banques et une fonderie d'aluminium) représentent une part importante de l'activité économique totale de la ville. Au cours des dernières années, le secteur privé a connu une expansion importante dans les petites et moyennes entreprises, ce qui a contribué à l'environnement des affaires favorable.
Compte tenu de la présence de trois barrages sur la zone de la ville de Mostar, la ville dispose d'une base solide pour une future expansion industrielle. Il existe également une initiative en cours pour l'utilisation potentielle de l'énergie éolienne et la construction d'éoliennes.
Mostar dépendait d'autres entreprises importantes qui avaient été fermées, détruites ou réduites avant la guerre de Bosnie de 1992-1995. SOKO (usine d'avions militaires), Fabrika duhana Mostar (entreprise de tabac) et Hepok en faisaient partie (industrie alimentaire). Le PIB par habitant de Mostar en 1981 était de 103 % de la moyenne yougoslave.
Aluminij est la seule entreprise de l'ex-Yougoslavie encore en activité. Aluminij est l'une des entreprises les plus solides du pays, avec un certain nombre de partenaires étrangers. La production annuelle de l'entreprise augmente rapidement et elle s'associe à d'importantes entreprises mondiales telles que Daimler Chrysler et Fiat. Aluminij est l'une des entreprises les plus puissantes de la ville, de la région et du pays. En ce qui concerne la capacité industrielle actuelle, elle produit plus de 150 millions d'euros d'exportations annuelles. Les partenaires d'Aluminij comprennent des sociétés mondiales bien connues, dont les plus importantes sont : Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint Venture) des États-Unis, Glencore International AG de Suisse, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler et VAW Aluminium Technologie GmbH d'Allemagne, Hydro ASA de Norvège, Fiat d'Italie et TLM-ibenik de Croatie. Aluminij génère chaque année 40 millions d'euros de chiffre d'affaires pour le seul district de Mostar.
Mostar accueille également la biennale International Economic Fair Mostar (« Meunarodni sajam gospodarstva Mostar »), qui a débuté en 1997. La foire est divisée en plusieurs sections : « The Economy Fair », « Wine Fair », « Book Fair » et "Journée de la gastronomie".
