Alvaro Caminha a établi São Tomé en 1493. Les Portugais sont arrivés à So Tomé à la poursuite des terres de canne à sucre. Avant l'avènement des Portugais en 1470, l'île était inhabitée. Donc Tomé était proche de l'équateur, et c'était assez humide pour que la canne à sucre pousse à l'état sauvage.
Sa proximité avec le royaume africain du Kongo a offert une offre de main-d'œuvre esclave pour les plantations de canne à sucre à l'avenir.
La ville de Sao Tomé est construite autour d'une cathédrale du XVIe siècle. Le fort So Sebastio, qui a été achevé en 1575 et est maintenant le musée national de So Tomé, est une autre structure ancienne.
La ville et les îles furent saisies par les Hollandais pendant deux jours en 1599, puis à nouveau pendant un an en 1641. Elle fut la capitale de la colonie portugaise de Sao Tomé et Principe, et depuis 1975, la capitale du pays indépendant de Sao Tomé et Principe.
Le climat de Sao Tomé est tropical humide et sec, avec une longue saison des pluies et une courte saison sèche.
La saison des pluies dure d'octobre à mai, tandis que la saison sèche dure les quatre mois suivants.
Les températures de la ville sont assez constantes, avec des maximums moyens de 30 degrés Celsius (86 degrés Fahrenheit) et des minimums moyens de 22 degrés Celsius (72 degrés Fahrenheit).
Situé dans la baie d'Ana Chaves au nord-est de l'île de S. Tomé, S. Tomé est un port important et Ilhéu das Cabras est adjacent au large. So Tomé se trouve au nord-ouest de Santana, au nord-est de Trindade et au sud-est de Guadalupe. Il est relié à ces agglomérations par un certain nombre de routes, dont la plus importante est l'autoroute qui fait le tour de toute l'île de So Tomé. Un bateau hebdomadaire le relie au Cap-Vert.
