Les minibus Toca-toca sont utilisés pour le transport urbain à Bissau. Des taxis réguliers sont également disponibles. Il existe des sept-places (Peugeot à sept places) et des candongas (gros véhicules utilitaires pouvant accueillir dix à vingt personnes) pour le transport interurbain. Préférez la sept-place ou, à tout le moins, les sièges au premier rang. Des taxis peuvent également être loués pour se rendre dans d'autres villes.
Le principal terminal de bus "paragem" de Bissau est situé sur la route de l'aéroport, derrière la BCEAO (Banco Central dos Estados de frica Ocidental). Si vous allez à Biombo ou Prabis, vous devrez changer de bus à Estrada de Bor. Il n'y a pas d'heures de départ fixes; les véhicules partent lorsqu'ils sont pleins. Les voitures se remplissent plus rapidement le matin car la plupart des résidents se déplacent tôt (7 heures du matin). Il peut être difficile d'obtenir un transport en fin d'après-midi et en soirée.
Pour se rendre sur les îles, deux options s'offrent à vous : des canoas (pirogues) peu coûteux mais risqués au départ de Porto Pidjiguiti ou de Porto de Bandim, ou des bateaux contemporains coûteux appartenant à des pavillons de pêche français sur les îles Bijagos. En 2007, un service de ferry entre Bissau et Bubaque a commencé, partant le vendredi et revenant le dimanche. Les horaires sont soumis aux marées, alors vérifiez à l'avance.
La Guinée-Bissau est une excellente nation pour le cyclisme car elle est extrêmement plate et il y a très peu de circulation sur les routes en dehors de Bissau. Les vélos peuvent être achetés dans le pays, et ils sont très probablement (comme dans le reste du monde) fabriqués en Chine. Comme toujours, excellent rapport qualité/prix.