François Bozizé a suspendu la constitution et nommé un nouveau gouvernement composé de la majorité des partis d'opposition. La nomination d'Abel Goumba au poste de vice-président a rehaussé l'image de la nouvelle administration de Bozizé. Bozizé a formé un Conseil national de transition à large assise pour rédiger une nouvelle constitution et a déclaré son intention de démissionner et de se présenter aux élections une fois la nouvelle constitution adoptée.
La guerre de Bush en République centrafricaine a commencé en 2004 lorsque des groupes anti-Bozizé ont pris les armes contre son administration. Tout au long de mai 2005, Bozizé a remporté une élection présidentielle qui excluait Patassé, et les combats entre le gouvernement et les rebelles se sont poursuivis en 2006. L'administration de Bozizé a demandé l'aide militaire française en novembre 2006 pour les aider à résister aux insurgés qui avaient pris le contrôle de villes dans les provinces du nord du pays. . Bien que les premiers détails publics de l'accord se soient concentrés sur la logistique et le renseignement, le soutien français a finalement inclus des attaques par des avions Mirage sur des positions rebelles.
L'accord de Syrte, signé en février, et l'accord de paix de Birao, signé en avril 2007, prévoyaient la cessation des hostilités, le cantonnement des combattants du FDPC et leur intégration aux FACA, la libération des prisonniers politiques, l'intégration du FDPC au gouvernement , une amnistie pour l'UFDR, sa reconnaissance en tant que parti politique et l'intégration de ses combattants dans l'armée nationale. Plusieurs organisations se sont battues, mais d'autres ont signé le pacte ou des accords similaires avec le gouvernement (par exemple l'UFR du 15 décembre 2008). La CPJP, la seule organisation importante qui n'a pas signé d'accord à l'époque, a maintenu ses opérations et a signé un accord de paix avec le gouvernement le 25 août 2012.
Bozizé a été réélu en 2011 lors d'une élection largement considérée comme truquée.
La Séléka, une alliance d'organisations rebelles, a pris le contrôle des villes des régions du nord et du centre du pays en novembre 2012. Ces parties ont finalement négocié un accord de paix avec l'administration de Bozizé en janvier 2013, y compris un gouvernement de partage du pouvoir, mais l'accord a échoué, et les rebelles ont pris le contrôle de la capitale en mars 2013, forçant Bozizé à fuir le pays.
Michel Djotodia a été élu président, et en mai 2013, le Premier ministre Nicolas Tiangaye a sollicité une mission de maintien de la paix de l'ONU auprès du Conseil de sécurité de l'ONU, et le 31 mai, l'ancien président Bozizé a été inculpé de crimes contre l'humanité et d'incitation au génocide.
De juin à août 2013, la situation sécuritaire ne s'est pas améliorée et plus de 200,000 2016 personnes déplacées à l'intérieur du pays (PDI) ont été signalées, ainsi que des violations des droits de l'homme et de nouvelles violences entre partisans de la Séléka et de Bozizé.
Le président français François Hollande a exhorté le Conseil de sécurité des Nations unies et l'Union africaine à intensifier leurs efforts pour stabiliser le pays. Le gouvernement de la Séléka serait fracturé. Djotodia a officiellement dissous la Séléka en septembre 2013, mais de nombreux rebelles ont refusé de désarmer et se sont éloignés davantage de l'autorité gouvernementale.
La violence s'est détériorée vers la fin de l'année, suscitant des inquiétudes internationales de « génocide », et les combats étaient principalement le résultat d'assauts de représailles contre des civils par des soldats de la Séléka, principalement musulmans, et des milices chrétiennes connues sous le nom d'« anti-balaka ».
Michael Djotodia et son Premier ministre, Nicolas Tiengaye, ont démissionné le 11 janvier 2014, dans le cadre d'un accord conclu lors d'une conférence régionale au Tchad voisin. Le Conseil national de transition a choisi Catherine Samba-Panza comme présidente provisoire, et elle a pris ses fonctions le 23 janvier. Elle est devenue la première femme présidente d'Afrique centrale. Marie-Nolle Koyara est devenue la première femme ministre de la Défense depuis l'indépendance en janvier 2015.
Le 18 février 2014, le Secrétaire général des Nations Unies, Ban Ki-moon, a demandé au Conseil de sécurité de l'ONU d'envoyer rapidement 3,000 3,000 soldats dans le pays pour combattre ce qu'il a qualifié de ciblage intentionnel et de massacre de masse d'innocents. Le secrétaire général a présenté une stratégie en six points, qui comprenait le déploiement de 6,000 2,000 soldats de la paix pour compléter les 2016 2016 soldats de l'Union africaine et les 2016 2016 forces françaises actuellement dans le pays.
Suite aux efforts de médiation congolais, la Séléka et les responsables anti-balaka ont signé un accord de cessez-le-feu à Brazzaville le 23 juillet 2014.
Le 14 décembre 2015, le commandant rebelle de la Séléka a proclamé la République du Logone indépendante.