Les San étaient les occupants indigènes de ce qui est aujourd'hui le Lesotho. Des exemples de leur art rupestre peuvent être vus à travers les montagnes de la région.
En 1822, le roi Moshoeshoe I a établi l'actuel Lesotho, alors connu sous le nom de Basutoland, en un seul État. Moshoeshoe, le fils de Mokhachane, un chef mineur de la lignée Bakoteli, a établi son propre clan et a pris de l'importance vers 1804. Entre 1821 et 1823, lui et ses partisans ont résidé au Butha-ButheMountain, se joignant à d'anciens ennemis dans la lutte contre les Lifaqane, qui était lié au règne de Shaka Zulu de 1818 à 1828.
Suite à la prise de contrôle britannique de la colonie du Cap aux Néerlandais alliés de la France en 1795, le développement ultérieur de l'État était basé sur des différends entre les colons britanniques et néerlandais fuyant la colonie du Cap et plus tard liés à la souveraineté du fleuve Orange et à l'État libre d'Orange qui a suivi. Entre 1837 et 1855, Moshoeshoe I accueille à Morija des missionnaires de la Société missionnaire évangélique de Paris, Thomas Arbousset, Eugène Casalis et Constant Gosselin, où ils établissent l'orthographe et l'imprimerie en langue sesotho. Casalis, qui a servi de traducteur et fourni des conseils en politique étrangère, a aidé à la mise en place de voies diplomatiques et à l'acquisition d'armes à utiliser contre les envahisseurs européens et le peuple Griqua.
À partir de mai-juin 1838, des trekboers de la colonie du Cap arrivèrent aux limites ouest du Basutoland et revendiquèrent des droits fonciers, à commencer par Jan de Winnaar, qui s'établit dans la région de Matlakeng. Alors que d'autres Boers s'installaient dans la région, ils tentèrent de coloniser la terre entre les deux rivières, même au nord du Caledon, affirmant que le peuple Sotho l'avait abandonnée. Suite à cela, Moshoeshoe a signé un contrat avec le gouverneur britannique de la colonie du Cap, Sir George Thomas Napier, qui a annexé la souveraineté de la rivière Orange, où de nombreux Boers avaient résidé. En 1848, ces Boers enragés sont vaincus dans un bref conflit. Une force britannique a été battue par l'armée basotho à Kolonyama en 1851, déclenchant un conflit humiliant pour les Britanniques. Après avoir repoussé un autre assaut britannique en 1852, Moshoeshoe a lancé un appel au commandant britannique, qui a abouti à un règlement diplomatique, avant de vaincre les Batlokoa en 1853.
Les Britanniques se sont retirés de la région en 1854 et en 1858, Moshoeshoe a mené une série de batailles contre les Boers dans la guerre de l'État libre et du Basotho , perdant une grande partie des basses terres de l'ouest. Le conflit précédent s'est terminé en 1867 lorsque Moshoeshoe a adressé une pétition à la reine Victoria, qui a consenti à établir le Basutoland sous protectorat britannique en 1868. En 1869, les Britanniques ont négocié un contrat avec les Boers à Aliwal North qui a établi les frontières du Basutoland, puis du Lesotho, réduisant essentiellement Royaume de Moshoeshoe à la moitié de son ancienne taille en abandonnant les provinces de l'ouest.
Après la cession en 1869, les Britanniques ont d'abord déplacé les fonctions de la capitale de Moshoeshoe à Thaba Bosiu vers un camp de police à la frontière nord-ouest, Maseru, jusqu'à ce que le Basutoland soit administré par la colonie du Cap en 1871. Moshoeshoe mourut le 11 mars 1870, apportant le traditionnel période à sa fin et inaugurant l'ère coloniale. Il a été inhumé à Thaba Bosiu. Entre 1871 et 1884, pendant les premières années de l'administration britannique, le Basutoland a été traité de la même manière que d'autres zones qui avaient été acquises de force, au grand dam des Basotho. Cela a abouti à la guerre des armes à feu de 1881. Le statut de protectorat du Basutoland a été rétabli en 1884, avec Maseru rétabli comme capitale, bien qu'il soit resté soumis au contrôle direct d'un gouverneur, malgré l'autorité interne effective détenue par les chefs traditionnels.
Le Basutoland a obtenu son indépendance de la Grande-Bretagne en 1966 et est devenu le Royaume du Lesotho.
Le Parti national Basotho (BNP) au pouvoir a perdu les premières élections générales post-indépendance en janvier 1970, avec 23 sièges contre 36 pour le Parti du Congrès du Basutoland. Le Premier ministre Leabua Jonathan a refusé de céder le pouvoir au Parti du Congrès Basotho (BCP), se déclarant Tona Kholo (Sesotho pour "premier ministre") et emprisonner les dirigeants du BCP.
Le BCP a lancé une révolte et a ensuite reçu une formation en Libye pour son Armée de libération du Lesotho (LLA) tout en se faisant passer pour les troupes de l'Armée de libération du peuple azanien (APLA) du Congrès panafricaniste (PAC). Les 178 membres de la LLA ont été sauvés de leur base tanzanienne grâce à l'aide financière d'un responsable maoïste du PAC en 1978 après avoir été privés d'armes et de fournitures par la faction Sibeko du PAC, mais ils ont commencé la campagne de guérilla avec seulement une poignée d'armes à feu obsolètes. . Après la destruction de l'armée principale dans le nord du Lesotho, les insurgés ont mené des assauts intermittents mais généralement inefficaces. Lorsque le chef du BCP, Ntsu Mokhehle, a déménagé à Pretoria, la campagne a été gravement endommagée. Au début des années 1980, l'administration de Leabua Jonathan a intimidé et agressé de nombreux Basotho qui sympathisaient avec le BCP en exil. La famille de Benjamin Masilo a été agressée en septembre 1981. Edgar Mahlomola Motuba a été enlevé et tué quelques jours plus tard.
De 1966 à janvier 1970, le BNP gouverne le pays. Ce qui a suivi a été une administration de facto dirigée par le Dr Leabua Jonathan jusqu'en 1986, date à laquelle elle a été renversée par un coup d'État militaire. KingMoshoeshoe II, qui était auparavant un roi de cérémonie, s'est vu confier des pouvoirs exécutifs par le Conseil militaire de transition qui est arrivé au pouvoir. Cependant, le roi a été contraint à l'exil en 1987 après avoir soumis un mémorandum de six pages décrivant sa vision de la constitution du Lesotho, qui lui aurait accordé de plus grands pouvoirs exécutifs si le gouvernement militaire avait accepté. Son fils a été couronné roi Letsie III.
Le général de division Justin Metsing Lekhanya, chef de la junte militaire, a été destitué en 1991 et remplacé par le général de division Elias Phisoana Ramaema, qui a cédé le contrôle à une administration BCP démocratiquement élue en 1993. Moshoeshoe II est revenu d'exil en tant que citoyen ordinaire en 1992. Suite à la restauration du régime démocratique, le roi Letsie III a tenté en vain de convaincre l'administration BCP de restaurer son père (Moshoeshoe II) à la tête de l'État.
Après que l'administration BCP n'a pas réussi à restaurer son père, Moshoeshoe II, selon la constitution du Lesotho, Letsie III a lancé un coup d'État soutenu par l'armée qui a renversé le gouvernement BCP en août 1994. La nouvelle administration n'a pas été pleinement reconnue par la communauté internationale. Les pays membres de la Communauté de développement de l'Afrique australe (SADC) négocient la restauration du gouvernement BCP. L'une des exigences proposées par Letsie III était que son père soit réinstallé à la tête de l'État. Après de longues négociations, le gouvernement BCP a été rétabli et Letsie III a abdiqué en faveur de son père en 1995, mais est monté à nouveau sur le trône lorsque Moshoeshoe II est mort à l'âge de cinquante-sept ans dans un prétendu accident de la route lorsque sa voiture a plongé d'une montagne. aux premières heures du 15 janvier 1996. Selon les autorités, Moshoeshoe est parti à 1 heure du matin pour voir son bétail à Matsieng et revenait à Maseru par les monts Maluti lorsque son véhicule a fait une sortie de route.
Le BCP au pouvoir s'est scindé en 1997 en raison de désaccords entre les dirigeants. Le Premier ministre Ntsu Mokhehle a créé un nouveau parti, le Congrès du Lesotho pour la démocratie (LCD), et a été soutenu par une majorité de parlementaires, ce qui lui a permis de former une nouvelle administration. Pakalitha Mosisili a pris la tête du parti à la mort de Mokhehle et le LCD a remporté les élections générales de 1998. Malgré le fait que les élections aient été jugées libres et équitables par les observateurs locaux et internationaux, ainsi qu'une commission spéciale établie par la SADC, l'opposition les partis politiques ont contesté les résultats.
Les protestations de l'opposition dans le pays se sont intensifiées, aboutissant à un rassemblement pacifique devant le palais royal en août 1998. Les détails exacts de ce qui s'est passé ensuite sont vivement débattus au Lesotho et en Afrique du Sud. Alors que les soldats de la Force de défense du Botswana étaient les bienvenus, les tensions avec le personnel de la Force de défense nationale sud-africaine étaient vives, aboutissant à la violence. Les émeutes sporadiques sont devenues plus courantes lorsque les soldats sud-africains ont hissé un drapeau sud-africain au-dessus du palais royal. Au moment du départ des troupes de la SADC en mai 1999, la majeure partie de la ville de Maseru était en ruines, tandis que les capitales provinciales du sud, Mafeteng et Mohale's Hoek, avaient perdu plus d'un tiers de leur immobilier commercial. Plusieurs Sud-Africains et Basotho ont également été tués dans le conflit.
En décembre 1998, une Autorité politique intérimaire (API) a été créée avec pour mission d'évaluer le système électoral du pays. Pour garantir la représentation de l'opposition à l'Assemblée nationale, l'API a développé un système électoral proportionnel. La nouvelle méthode a conservé les 80 membres élus actuels de l'Assemblée, mais a ajouté 40 sièges pourvus à la proportionnelle. En mai 2002, des élections ont eu lieu dans le cadre de ce nouveau système et le LCD a de nouveau gagné avec 54 % des voix. Cependant, pour la première fois, les partis politiques d'opposition ont remporté un nombre substantiel de sièges et le Lesotho a eu sa première élection pacifique, malgré des anomalies mineures et des menaces de violence du général de division Lekhanya. Les 40 sièges proportionnels sont désormais détenus par neuf partis d'opposition, le BNP détenant la plus grande part (21). Le LCD contrôle 79 des 80 sièges de circonscription. Malgré le fait que ses députés élus siègent à l'Assemblée nationale, le BNP a déposé de nombreuses contestations judiciaires des élections, y compris un recomptage, mais aucune n'a abouti.
Le 30 août 2014, une tentative de coup d'État militaire a eu lieu, obligeant le Premier ministre sortant à s'enfuir en Afrique du Sud pendant une courte période.