Les peuples pygmées ont été les premiers à s'installer dans la région. Au fur et à mesure de leur déplacement, les tribus bantoues les ont principalement supplantés et assimilés.
Les premiers Européens sont arrivés au XVe siècle. Au Gabon, une monarchie de langue myénie connue sous le nom d'Orungu a émergé au XVIIIe siècle.
Bartholomew Roberts, un pirate gallois connu sous le nom de Black Bart, a péri en mer au large des côtes du cap Lopez le 10 février 1722. De 1719 à 1722, il a attaqué des navires le long des côtes des Amériques et de l'Afrique de l'Ouest.
En 1875, la première expédition dans la région Gabon-Congo est menée par l'aventurier français Pierre Savorgnan de Brazza. Il fonda Franceville et fut par la suite gouverneur colonial. Lorsque la France a officiellement conquis le Gabon en 1885, de nombreuses tribus bantoues résidaient dans la région qui est aujourd'hui le Gabon.
Le Gabon a rejoint les quatre régions de l'Afrique équatoriale française en 1910, formant une fédération qui a duré jusqu'en 1959. Le 17 août 1960, ces régions ont obtenu leur indépendance. Léon M'ba a été le premier président du Gabon, élu en 1961, aux côtés d'Omar Bongo Ondimba comme vice-président.
Après l'arrivée au pouvoir de M'ba, la presse a été réprimée, les rassemblements politiques ont été interdits, la liberté d'expression a été restreinte, d'autres partis politiques ont été progressivement écartés du pouvoir et la Constitution a été modifiée selon les lignes françaises pour confier le pouvoir à la Présidence, qui M'ba a pris. Lorsque M'ba a dissous l'Assemblée nationale pour établir le régime du parti unique en janvier 1964, un coup d'État militaire a tenté de le destituer et de restaurer la démocratie parlementaire. En moins de 24 heures, des parachutistes français sont arrivés pour remettre M'ba au pouvoir.
Malgré des manifestations massives et des émeutes, le coup d'État prend fin après quelques jours de combat et l'opposition est emprisonnée. À ce jour, les troupes françaises sont stationnées au Camp de Gaulle à la périphérie de la ville gabonaise. Bongo a pris la présidence à la mort de M'Ba en 1967.
Bongo a proclamé le Gabon un État à parti unique en mars 1968, dissolvant le BDG et fondant le Parti démocratique gabonais (PDG). Il a souhaité la bienvenue à tous les Gabonais, quelle que soit leur allégeance politique passée. Bongo a utilisé le PDG comme un véhicule pour noyer les conflits régionaux et tribaux qui avaient auparavant divisé la politique gabonaise afin de créer un mouvement national unifié en faveur des objectifs de développement du gouvernement. En février 1975, Bongo est élu président ; en avril 1975, la vice-présidence a été abolie et remplacée par le poste de Premier ministre, qui n'avait pas de droit de succession automatique. Bongo a été réélu pour des mandats de 7 ans en tant que président en décembre 1979 et novembre 1986.
Les étudiants et les travailleurs ont organisé des manifestations et des grèves violentes au début des années 1990, alimentées par le mécontentement économique et un désir de réforme politique. Bongo a travaillé avec les employés sur une base sectorielle en réponse à leurs plaintes, en procédant à des réductions de salaire substantielles. Il a également déclaré qu'il ouvrirait le PDG et tiendrait une conférence politique nationale en mars-avril 1990 pour débattre de la future structure politique du Gabon. La réunion a réuni le PDG et 74 groupes politiques. Le PDG au pouvoir et ses partisans ont été divisés en deux coalitions lâches, le Front uni des associations et des partis d'opposition, qui comprenait la séparatiste Morena Fundamental et le Parti gabonais du progrès.
La conférence d'avril 1990 a approuvé des changements politiques importants, notamment la création d'un Sénat national, la décentralisation du processus budgétaire, la liberté de réunion et de presse et la suppression du besoin d'un visa de départ. Bongo a démissionné de son poste de président du PDG dans le but de diriger la transition du système politique vers la démocratie multipartite, et une administration de transition dirigée par un nouveau Premier ministre, Casimir Oye-Mba, a été formée. L'administration résultante, connue sous le nom de Groupement social-démocrate gabonais (RSDG), était plus petite que la précédente et comprenait des membres de divers groupes d'opposition dans son cabinet. En mai 1990, le RSDG a produit une constitution temporaire qui comprenait une déclaration de base des droits et un pouvoir judiciaire indépendant, mais a donné au président de larges pouvoirs administratifs. Ce document est entré en vigueur en mars 1991 après un examen complémentaire par une commission constitutionnelle et l'Assemblée nationale.
Cependant, l'opposition au PDG a persisté après la réunion d'avril 1990, et deux tentatives de coup d'État ont été découvertes et déjouées en septembre 1990. Malgré les protestations antigouvernementales après la mort inattendue d'un chef de l'opposition, le PDG a remporté une forte majorité au premier Élections à l'Assemblée en près de 30 ans en septembre-octobre 1990.
Suite à la réélection du président Omar Bongo avec 51 % des voix en décembre 1993, les candidats de l'opposition ont refusé d'accepter les résultats. À la suite de graves troubles civils, le gouvernement et les groupes d'opposition ont convenu de rechercher une solution politique. Ces discussions ont abouti aux Accords de Paris, qui ont été signés en novembre 1994 et ont inclus de nombreux leaders de l'opposition dans un gouvernement d'union nationale. Cependant, cet arrangement s'est rapidement effondré et les élections législatives et municipales de 1996 et 1997 ont ouvert la voie à un retour à la politique partisane. Le PDG a remporté une victoire éclatante aux élections législatives, mais des maires de l'opposition ont été élus dans de nombreuses grandes villes, dont Libreville, lors des élections municipales de 1997.
En décembre 1998, le président Omar Bongo s'est fait réélire avec une énorme majorité des voix, malgré une opposition divisée. Malgré de nombreuses anomalies présumées, plusieurs observateurs étrangers ont décrit les résultats comme représentatifs, et il n'y a eu aucun des troubles violents qui ont précédé les élections de 1993. Le PDG et les indépendants associés contrôlaient presque entièrement l'Assemblée nationale après des élections parlementaires pacifiques mais défectueuses en 2001-2002, qui ont été boycottées par un certain nombre de petits partis d'opposition et sévèrement condamnées pour des défauts administratifs. Le président Omar Bongo a été réélu en novembre 2005 pour un sixième mandat. Il a été confortablement réélu, bien que les opposants prétendent que l'élection a été entachée d'irrégularités. Suite à l'annonce de sa victoire, il y a eu quelques incidents de violence, mais le Gabon est resté globalement calme.
En décembre 2006, de nouvelles élections à l'Assemblée nationale ont eu lieu. La Cour constitutionnelle a annulé de nombreux sièges qui avaient été contestés en raison d'irrégularités de vote, mais le PDG a conservé le contrôle de l'Assemblée nationale lors du second tour des élections au début de 2007.
Le président Omar Bongo est décédé d'un arrêt cardiaque le 8 juin 2009 dans un hôpital espagnol de Barcelone, marquant le début d'une nouvelle ère dans la politique gabonaise. Rose Francine Rogombé, présidente du Sénat, a été nommée présidente par intérim le 10 juin 2009, conformément à la constitution révisée. Le 30 août 2009, les premières élections compétitives de l'histoire du Gabon sans Omar Bongo comme candidat ont été organisées, avec 18 candidats à la présidence. Il y a eu quelques manifestations mineures à l'approche des élections, mais pas de perturbations majeures. Après un examen de trois semaines par la Cour constitutionnelle, le fils d'Omar Bongo, le chef du parti au pouvoir Ali Bongo Ondimba, a été officiellement proclamé vainqueur ; son investiture a eu lieu le 16 octobre 2009.
De nombreux candidats de l'opposition ont affirmé qu'il y avait eu fraude électorale, et la première publication des résultats des élections a déclenché des manifestations inhabituellement violentes à Port-Gentil, la deuxième ville du pays et un bastion de longue date de la résistance à l'administration du PDG. Les habitants de Port-Gentil se sont précipités dans les rues, incendiant un certain nombre d'entreprises et de maisons, dont le consulat de France et une prison locale. Seules quatre personnes ont été tuées dans les émeutes, selon les chiffres officiels, mais l'opposition et les dirigeants locaux disent qu'il y en avait beaucoup plus. Pour aider la police en difficulté, des gendarmes et des militaires ont été envoyés à Port-Gentil, et un couvre-feu a été imposé pendant plus de trois mois.
En juin 2010, une élection législative partielle partielle a été organisée. Pour la première fois, une nouvelle coalition de partis, l'Union nationale (ONU), y a participé. Les transfuges du PDG qui ont démissionné du parti après la mort d'Omar Bongo constituent la majorité de l'ONU. Le PDG a remporté trois des cinq sièges âprement disputés, tandis que l'ONU en a gagné deux ; les deux parties ont revendiqué la victoire.