Les 30 années suivantes sont marquées par des bouleversements politiques. Lors d'un coup d'État armé le 3 août 1975, le président Ahmed Abdallah a été renversé et remplacé par le prince Said Mohamed Jaffar, membre du Front national uni des Comores (FNUK). En janvier 1976, Jaffar est destitué au profit d'Ali Soilih, son ministre de la Défense.
Lors de deux référendums organisés à l'époque, les habitants de Mayotte se sont prononcés contre l'indépendance de la France. Le premier, le 22 décembre 1974, a reçu 63.8 % de soutien pour le maintien des relations avec la France, et le second, en février 1976, a reçu un incroyable 99.4 %. Le président Soilih, qui a gouverné les trois îles survivantes, a mis en œuvre une variété de mesures socialistes et isolationnistes qui ont tendu les liens avec la France. Bob Denard est revenu le 13 mai 1978, avec le soutien des gouvernements français, rhodésien et sud-africain, pour déposer le président Soilih et restaurer Abdallah. Pendant le court règne de Soilih, il a été soumis à sept autres tentatives de coup d'État avant d'être déposé et assassiné.
La présidence d'Abdallah, contrairement à celle de Soilih, a été caractérisée par un contrôle autoritaire et une plus grande dévotion à l'islam traditionnel, et la nation a été rebaptisée République fédérale islamique des Comores ( République fédérale islamique des Comores ; ). Craignant un coup d'État, Abdallah est resté président jusqu'en 1989, date à laquelle il a publié une proclamation ordonnant à la Garde présidentielle, commandée par Bob Denard, de désarmer les forces armées. Abdallah aurait été abattu dans son bureau par un officier militaire en colère peu après la signature du décret, mais des rapports ultérieurs indiquent qu'un missile antichar a été tiré dans sa chambre et l'a tué. Malgré le fait que Denard ait été blessé, on pense que le meurtrier d'Abdallah était un soldat sous ses ordres.
Bob Denard est héliporté en Afrique du Sud par des parachutistes français quelques jours plus tard. Le président a ensuite été Said Mohamed Djohar, le demi-frère aîné de Soilih, qui a régné jusqu'en septembre 1995, lorsque Bob Denard est revenu et a tenté un autre coup d'État. Denard a été contraint de se rendre lorsque la France est intervenue avec des parachutistes. Djohar est déporté à La Réunion par les Français et Mohamed Taki Abdoulkarim, soutenu par Paris, est élu président. Il a été le dirigeant du pays de 1996 jusqu'à sa mort en novembre 1998, au cours d'une période marquée par des troubles sociaux, la répression gouvernementale et des guerres séparatistes. Le président par intérim Tadjidine Ben Saïd Massounde lui succède.
Dans un effort pour reconquérir la souveraineté française, les îles d'Anjouan et de Mohéli ont proclamé leur indépendance vis-à-vis des Comores en 1997. Cependant, la France s'est retournée contre leur demande, entraînant de violents affrontements entre les forces fédérales et les insurgés. Le colonel Azali Assoumani, chef d'état-major de l'armée, a renversé le président par intérim Massounde lors d'un coup d'État sans effusion de sang en avril 1999, revendiquant un leadership médiocre face à la crise. Depuis l'indépendance en 1975, les Comores ont connu 18 coups d'État ou tentatives de coup d'État.
L'échec d'Azali à consolider son autorité et à rétablir le contrôle sur les îles a suscité une condamnation mondiale. L'Union africaine, dirigée par le président sud-africain Thabo Mbeki, a infligé des sanctions à Anjouan pour faciliter le processus de médiation et de réconciliation. Le nom officiel du pays a été changé en Union des Comores et un nouveau système d'autonomie politique pour chaque île a été établi, ainsi qu'une administration de l'union pour les trois îles.
Azali s'est retiré en 2002 pour concourir à la présidence des Comores lors d'une élection démocratique, qu'il a remportée. En tant que dictateur militaire qui avait d'abord accédé au pouvoir par la force et n'était pas toujours démocratique lorsqu'il était au gouvernement, Azali a mené les Comores à travers des révisions constitutionnelles qui ont permis de nouvelles élections, malgré les critiques internationales continues. Une loi sur les compétences, qui précise les devoirs de chaque entité gouvernementale, a été promulguée au début de 2005 et est actuellement mise en œuvre. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, un religieux musulman sunnite surnommé "Ayatollah" pour ses années d'étude de l'islam en Iran, a remporté les élections de 2006. Azali a accepté les résultats des élections, permettant le premier transfert de pouvoir pacifique et démocratique de l'archipel.
Le colonel Mohammed Bacar, ancien gendarme formé en France, a pris le contrôle d'Anjouan en 2001. En juin 2007, il a organisé un référendum pour affirmer son leadership, que le gouvernement fédéral comorien et l'Union africaine ont tous deux condamné comme inconstitutionnel. Des centaines de soldats de l'Union africaine et des Comores ont envahi Anjouan, tenue par les rebelles, le 25 mars 2008, pour le plus grand plaisir de la population locale : des centaines, voire des milliers de personnes ont été torturées sous le règne de Bacar. Certains rebelles ont été tués ou blessés, mais aucun chiffre officiel n'est disponible. Au moins 11 personnes ont été blessées dans l'attaque. Un certain nombre de fonctionnaires ont été emprisonnés. Bacar s'est échappé à Mayotte, une enclave française de l'océan Indien, sur un hors-bord pour chercher refuge. Aux Comores, des manifestations anti-françaises éclatent.
Plus de 20 coups d'État ou tentatives de coup d'État ont eu lieu aux Comores depuis l'indépendance de la France.
Le 26 mai 2011, l'ancien vice-président Ikililou Dhoinine a prêté serment en tant que président après les élections de fin 2010. Dhoinine, membre du parti au pouvoir, a été soutenu lors des élections par le président Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, pharmacien de profession, est le premier président des Comores, originaire de l'île de Mohéli.
