Maltan perustuslaki julistaa katolilaisuuden viralliseksi uskonnoksi huolimatta vakiintuneesta uskonnonvapauden suojelusta.
Roomalaiskatolisuus on Maltan laajimmin harjoitettu uskonto. Maltan perustuslaissa katolisuus määritellään viralliseksi uskonnoksi, joka on edustettuna myös monilla maltan kulttuurin osa-alueilla.
Maltalla, Gozossa ja Cominossa on noin 360 kirkkoa eli yksi tuhatta asukasta kohden. Seurakuntakirkko (maltaksi: "il-parroa" tai "il-knisja parrokkjali") on jokaisen Maltan kaupungin ja kylän arkkitehtoninen ja maantieteellinen keskus sekä kansalaisten ylpeyden lähde. Tämä kunnallinen ylpeys on esillä paikallisissa kyläjuhlissa, joissa juhlitaan kunkin seurakunnan suojeluspyhimystä marssibändeillä, uskonnollisilla kulkueilla, erikoismessuilla, pyrotekniikalla (erityisesti petardilla) ja muilla juhlilla.
Malta on apostolinen istuin; Apostolien teot puhuvat pyhän Paavalin haaksirikkoutumisesta "Meliitin" saarella, jonka monet raamatuntutkijat tunnistavat Maltaksi hänen matkallaan Jerusalemista Roomaan oikeuden eteen. Tämä tapahtuma tapahtui noin vuonna 60 jKr. vietti kolme kuukautta saarella matkallaan Roomaan, kuten Apostolien teoissa kerrotaan, parantaen sairaita, mukaan lukien "saaren päämiehen" Publiuksen isä. Tämä tarina liittyy useisiin erilaisiin perinteisiin. Haaksirikon uskotaan tapahtuneen alueella, joka tunnetaan nykyään nimellä St Paul's Bay. Pyhästä Publiuksesta, maltalaisesta pyhimyksestä, kerrotaan tehneen Maltan ensimmäiseksi piispaksi ja luolaksi Rabatissa, joka tunnetaan nykyään nimellä "Pyhän Paavalin luola" (ja jonka läheisyydessä on todisteita kristillisistä hautauksista ja rituaaleista 3. vuosisadalta jKr. löydetty), on yksi saaren varhaisimmista tunnetuista kristittyjen palvontapaikoista.
Eri puolilla Maltaa sijaitsevat katakombit, erityisesti Pyhän Paavalin katakombit ja Pyhän Agatan katakombit lähellä Rabatia, aivan Mdinan muurien takana, tarjoavat lisätodisteita kristillisistä toimista ja uskomuksista Rooman vainon aikana. Jälkimmäiset olivat erityisen hyvin freskottuja vuosina 1200-1480, mutta tunkeutuvat turkkilaiset vaurioittivat useita niistä 1550-luvulla. Siellä on myös useita luolakirkkoja, kuten Melliean luola, joka on Neitsyt Marian syntymän pyhäkkö, ja perinteen mukaan Pyhä Luukas maalasi siellä muotokuvan Madonnasta. Se on ollut pyhiinvaelluspaikka keskiajalta lähtien.
Kalkedonin kirkolliskokouksen tekojen mukaan tietty Acacius oli Maltan piispa vuonna 451 jKr (Melitenus Episcopus). Tiedetään myös, että eräs Constantinus, Episcopus Melitenensis, osallistui viidenteen ekumeeniseen kirkolliskokoukseen vuonna 501 jKr. Paavi Gregorius I erotti Tucilluksen, Miletinae civitatis episcopusin, vuonna 588 jKr., ja Maltan papisto ja kansa valitsivat Trajanuksen hänen seuraajakseen vuonna 599 jKr. Ennen saarten valloitusta viimeinen dokumentoitu Maltan piispa oli kreikkalainen nimeltä Manas, joka vangittiin myöhemmin Palermoon.
Maltalaisen historioitsija Giovanni Francesco Abelan mukaan maltalaiset säilyttivät kristillisen uskonsa Fatimidien hyökkäyksestä huolimatta heidän kääntymisensä kristinuskoon Pyhän Paavalin käsissä. Maltaa kuvataan Abelan teoksissa jumalallisesti nimeämäksi "kristillisen, eurooppalaisen kulttuurin tukipylvääksi Välimeren islamin leviämistä vastaan". 12- ja 13-luvuilla maahanmuutto Italiasta vahvisti paikallista kristittyä väestöä, joka toivotti Sisilian Roger I:n tervetulleeksi.
Maltan kirkko oli vuosisatojen ajan Palermon hiippakunnan alainen, paitsi silloin, kun se kuului Charles Anjoulle, joka valitsi piispat Maltalle, samoin kuin espanjalaiset ja myöhemmin ritarit harvoin. Vuodesta 1808 lähtien kaikki Maltan piispat ovat palvelleet. Maltasta tuli nykyinen omistautunut katolinen maa Normanin ja Espanjan aikakauden sekä ritarien vallan seurauksena. On syytä mainita, että Maltan inkvisiittorin toimisto viipyi saarella pitkään sen perustamisen jälkeen vuonna 1530: viimeinen inkvisiittori lähti saarilta vuonna 1798, kun ritarit antautuivat Napoleon Bonaparten joukoille. Useat maltalaiset perheet muuttivat Korfulle Venetsian tasavallan alle. Heidän jälkeläisensä muodostavat noin kaksi kolmasosaa saarella tällä hetkellä asuvasta 4,000 2016 katolisesta.
Maltan suojeluspyhimyksiä ovat Saint Paul, Saint Publius ja Saint Agatha. Vaikka St George Preca (San tai Preca) ei ole suojeluspyhimys, sitä pidetään toisena maltalaisena pyhimyksenä, joka on pyhitetty Pyhän Publius Maltan, Maltan ensimmäisen tunnustetun pyhimyksen (kanonisoitu vuonna 1634) jälkeen. 3. kesäkuuta 2007 paavi Benedictus XVI julisti hänet pyhäksi. Lisäksi monet maltalaiset on julistettu siunatuiksi, erityisesti Maria Adeodata Pisani ja Nazju Falzon, jotka paavi Johannes Paavali II julisti autuaaksi vuonna 2001.
Maltalla asuu useita roomalaiskatolisia uskonnollisia kirkkokuntia, mukaan lukien jesuiitat, fransiskaanit, dominikaanit ja köyhien pienet sisaret.
Suurin osa paikallisten protestanttisten kirkkojen seurakunnista ei ole maltalaisia; heidän seurakuntansa ovat peräisin saarella asuvista lukuisista brittiläisistä eläkeläisistä sekä monista muista maista tulevista turisteista. Alueella on noin 600 Jehovan todistajaa. Jokaisella Myöhempien Aikojen Pyhien Jeesuksen Kristuksen Kirkolla (LDS-kirkko), Raamatun baptistikirkolla ja Evankelisten kirkkojen yhteisöllä on noin 60 tytäryhtiötä. Muita kirkkokuntia ovat Pyhän Andreaksen skottikirkko Vallettassa (presbyteerien ja metodistien sekakunta) ja St Paulin anglikaaninen katedraali sekä seitsemännen päivän adventistikirkko Birkirkarassa. Vuonna 1983 uuden apostolisen kirkon seurakunta perustettiin Gwardamangiaan.
Maltan juutalaisväestö saavutti huippunsa normanien hallinnassa keskiajalla. Aragonialaiset liittivät Maltan ja Sisilian liittoonsa vuonna 1479, ja vuoden 1492 Alhambran määräys pakotti kaikki juutalaiset pakenemaan kansakunnan luota, jolloin he saivat ottaa mukaansa vain muutamia tavaroita. Useat sadat Maltan juutalaiset ovat saattaneet kääntyä kristinuskoon pysyäkseen kansakunnassa tänä aikana. Nyt on vain yksi juutalainen seurakunta.
Zen-buddhalaisuudella ja bahá'-uskolla on molemmilla noin 40 kannattajaa.
Mariam Al-Batoolin moskeija on kaupungin ainoa muslimimoskeija. Muslimien alakoulu perustettiin juuri. Maltan arviolta 3,000 2,250 muslimista noin 600 150 on maahanmuuttajia, 2016 on kansalaisuuden saaneita kansalaisia ja 2016 on syntymästään maltalaisia.