Sanit olivat nykyisen Lesothon alkuperäiskansoja. Esimerkkejä heidän kalliotaiteesta voi nähdä alueen vuorilla.
Vuonna 1822 kuningas Moshoeshoe I perusti nykyisen Lesothon, joka tunnettiin silloin nimellä Basutoland, yhdeksi osavaltioksi. Moshoeshoe, Mokhachanen poika, Bakoteli-linjan alaikäinen päällikkö, perusti oman klaanin ja nousi tunnetuksi noin 1804. Vuosina 1821-1823 hän ja hänen seuraajansa asuivat Butha-Buthe-vuorella ja liittyivät vanhojen vihollisten kanssa taisteluun Lifaqanea vastaan. joka liittyi Shaka Zulun hallintoon vuosina 1818–1828.
Sen jälkeen kun britit valtasivat Cape Colonyn Ranskan liittoutuneilta hollantilailta vuonna 1795, osavaltion myöhempi kehitys perustui kiistoihin brittiläisten ja hollantilaisten siirtomaalaisten välillä, jotka pakenivat Kap Colonysta ja liittyivät myöhemmin Orange Riverin suvereniteettiin ja myöhemmin Orange Free Stateen. Vuosina 1837–1855 Moshoeshoe I toivotti Pariisin evankelisen lähetysseuran lähetyssaarnaajat Thomas Arboussetin, Eugène Casalisin ja Constant Gosselinin tervetulleeksi Morijaan, missä he perustivat ortografian ja painottivat sesothon kielellä. Kääntäjänä toiminut ja ulkopoliittisena neuvonantajana toiminut Casalis auttoi diplomaattisten kanavien perustamisessa ja aseiden hankinnassa käytettäväksi hyökkääviä eurooppalaisia ja griqua-kansaa vastaan.
Touko-kesäkuusta 1838 alkaen Kap Colonyn vaeltajat saapuivat Basutolandin länsirajoille ja vaativat maaoikeuksia, alkaen Jan de Winnaarista, joka asettui Matlakengin alueelle. Kun lisää buuria muutti alueelle, he yrittivät kolonisoida kahden joen välisen maan jopa Caledonin pohjoispuolella sanoen, että sotho-kansa oli hylännyt sen. Sen jälkeen Moshoeshoe allekirjoitti sopimuksen Cape Colonyn brittiläisen kuvernöörin Sir George Thomas Napierin kanssa, joka liitti Orange Riverin suvereniteettiin, jossa monet buurit olivat asuneet. Vuonna 1848 nämä raivostuneita buurit kukistettiin lyhyessä konfliktissa. Basothon armeija löi brittijoukot Kolonyamassa vuonna 1851, mikä aiheutti briteille nöyryyttävän konfliktin. Torjuttuaan toisen brittiläisen hyökkäyksen vuonna 1852 Moshoeshoe vetosi brittiläiseen komentajaan, mikä johti diplomaattiseen ratkaisuun, ennen kuin voitti Batlokoan vuonna 1853.
Britit vetäytyivät alueelta vuonna 1854, ja vuonna 1858 Moshoeshoe kävi sarjan taisteluita buuria vastaan Free Staten ja Basothon välisessä sodassa menettäen suuren osan läntisistä alangoista. Edellinen konflikti päättyi vuonna 1867, kun Moshoeshoe anoi kuningatar Victoriaa, joka suostui perustamaan Basutolandin brittiläisen protektoraatin vuonna 1868. Vuonna 1869 britit neuvottelivat Aliwal Northin buurien kanssa sopimuksen Basutolandin ja myöhemmin Lesothon rajasta, mikä olennaisesti pienensi. Moshoeshoen kuningaskunta puoleen entisestä koostaan luovuttamalla läntiset maakunnat.
Luovutuksen jälkeen vuonna 1869 britit siirsivät ensin tehtävänsä Moshoeshoen pääkaupungista Thaba Bosiusta luoteisrajalla sijaitsevalle poliisileirille Maserulle, kunnes Basutoland joutui Cape Colonyn hallintaan vuonna 1871. Moshoeshoe kuoli 11. maaliskuuta 1870, jolloin perinteinen ajanjakso päättyi ja aloitti siirtomaa-ajan. Hänet haudattiin Thaba Bosiuun. Vuosina 1871–1884, Britannian hallinnon alkuvuosina, Basutolandia käsiteltiin samalla tavalla kuin muita väkisin hankittuja alueita Basothon suureksi harmiksi. Tämä johti vuoden 1881 aseen sotaan. Basutolandin asema protektoraattina palautettiin vuonna 1884, ja Maseru palautettiin sen pääkaupungiksi, vaikka se pysyi kuvernöörin suorassa valvonnassa huolimatta siitä, että perinteiset päälliköt hallitsivat tehokkaan sisäisen vallan.
Basutoland itsenäistyi Britanniasta vuonna 1966 ja siitä tuli Lesothon kuningaskunta.
Hallitseva Basothon kansallispuolue (BNP) hävisi ensimmäiset itsenäisyyden jälkeiset parlamenttivaalit tammikuussa 1970 saaden 23 paikkaa Basutolandin kongressipuolueen 36 paikkaa vastaan. Pääministeri Leabua Jonathan kieltäytyi luovuttamasta valtaa Basothon kongressipuolueelle (BCP) ja julisti itsensä. Tona Kholo (sesotho "pääministeri") ja BCP:n johdon vangitseminen.
BCP käynnisti kapinan ja sai myöhemmin koulutusta Libyassa sen Lesothon vapautusarmeijalle (LLA) esiintyessään Pan Africanist Congressin (PAC) Azanian kansan vapautusarmeijan (APLA) joukkoina. 178-henkinen LLA pelastui Tansanian tukikohdasta maolaisen PAC-virkailijan taloudellisen tuen ansiosta vuonna 1978, kun PAC:n Sibeko-ryhmä riisti heiltä aseet ja tarvikkeet, mutta he aloittivat sissikampanjan vain kourallisella vanhentuneella ampuma-aseella. . Sen jälkeen kun pääarmeija tuhoutui Pohjois-Lesothossa, kapinalliset suorittivat ajoittaisia, mutta yleensä tehottomia hyökkäyksiä. Kun BCP:n johtaja Ntsu Mokhehle muutti Pretoriaan, kampanja kärsi pahasti. 1980-luvun alussa Leabua Jonathanin hallinto pelotteli monia Basothoja, jotka tunsivat myötätuntoa maanpaossa olevaa BCP:tä kohtaan, ja hyökkäsivät heidän kimppuunsa. Benjamin Masilon perhettä pahoinpideltiin syyskuussa 1981. Edgar Mahlomola Motuba kidnapattiin ja tapettiin muutamaa päivää myöhemmin.
Vuodesta 1966 tammikuuhun 1970 BNP hallitsi maata. Sitä seurasi de facto hallinto, jota johti tohtori Leabua Jonathan vuoteen 1986 asti, jolloin se syrjäytettiin sotilasvallankaappauksella. KingMoshoeshoe II:lle, joka oli aiemmin ollut seremoniallinen kuningas, valtaan noussut siirtymäkauden sotilasneuvosto antoi toimeenpanovallan. Kuningas ajettiin kuitenkin maanpakoon vuonna 1987 sen jälkeen, kun hän oli lähettänyt kuusisivuisen muistion, jossa hän esitti näkemyksensä Lesothon perustuslaista, joka olisi antanut hänelle enemmän toimeenpanovaltaa, jos sotilashallitus olisi suostunut. Hänen poikansa kruunattiin kuningas Letsie III:ksi.
Sotilasjuntan päällikkö kenraalimajuri Justin Metsing Lekhanya syrjäytettiin vuonna 1991 ja tilalle tuli kenraalimajuri Elias Phisoana Ramaema, joka siirtyi demokraattisesti valitulle BCP-hallinnolle vuonna 1993. Moshoeshoe II palasi maanpaosta vakituisena kansalaisena vuonna 1992. Demokraattisen hallinnon palauttamisen jälkeen kuningas Letsie III yritti onnistumatta saada BCP:n hallintoa palauttamaan hänen isänsä (Moshoeshoe II) valtionpäämieheksi.
Sen jälkeen kun BCP:n hallinto ei onnistunut palauttamaan hänen isänsä Moshoeshoe II:ta Lesothon perustuslain mukaan, Letsie III käynnisti armeijan tukeman vallankaappauksen, joka kaatoi BCP:n hallituksen elokuussa 1994. Kansainvälinen yhteisö ei täysin tunnustanut uutta hallintoa. Etelä-Afrikan kehitysyhteisön (SADC) jäsenmaat neuvottelevat BCP-hallituksen palauttamisesta. Yksi Letsie III:n esittämistä vaatimuksista oli, että hänen isänsä asetetaan uudelleen valtionpäämieheksi. Pitkittyneiden neuvottelujen jälkeen BCP-hallitus palautettiin, ja Letsie III luopui kruunusta isänsä hyväksi vuonna 1995, mutta nousi jälleen valtaistuimelle, kun Moshoeshoe II kuoli 15-vuotiaana väitetyssä liikenneonnettomuudessa, kun hänen autonsa syöksyi vuorelta. tien varhain 1996. tammikuuta 1. Viranomaisten mukaan Moshoeshoe lähti kello 2016 yöllä katsomaan karjaansa Matsiengiin ja oli palaamassa Maseruan Maluti-vuorten kautta, kun hänen ajoneuvonsa suistui tieltä.
Hallitseva BCP hajosi vuonna 1997 johtajien erimielisyyksien vuoksi. Pääministeri Ntsu Mokhehle perusti uuden puolueen, Lesotho Congress for Democratian (LCD), ja sitä kannatti enemmistö parlamentaarikkaista, mikä antoi hänelle mahdollisuuden muodostaa uusi hallinto. Pakalitha Mosisili otti puolueen johtajan tehtävään Mokhehlen kuoltua, ja LCD voitti parlamenttivaalit vuonna 1998. Huolimatta siitä, että paikalliset ja kansainväliset tarkkailijat sekä SADC:n perustama erityiskomitea pitivät vaaleja vapaina ja oikeudenmukaisina, oppositio poliittiset puolueet kiistivät tulokset.
Kansakunnan opposition mielenosoitukset kiihtyivät ja huipentuivat rauhanomaiseen mielenosoitukseen kuninkaallisen palatsin ulkopuolella elokuussa 1998. Seuraavan tapahtuman täsmällisistä yksityiskohdista keskustellaan kiivaasti sekä Lesothossa että Etelä-Afrikassa. Vaikka Botswanan puolustusvoimien sotilaat toivotettiin tervetulleiksi, jännitteet Etelä-Afrikan kansallisten puolustusvoimien henkilöstön kanssa olivat korkeat, mikä huipentui väkivaltaan. Satunnaiset mellakat yleistyivät, kun eteläafrikkalaiset sotilaat nostivat Etelä-Afrikan lipun kuninkaallisen palatsin yläpuolelle. SADC:n joukkojen lähtiessä toukokuussa 1999 suurin osa Maserun kaupungista oli raunioina, kun taas eteläisten provinssien pääkaupungit Mafeteng ja Mohale's Hoek olivat menettäneet yli kolmanneksen kaupallisista kiinteistöstään. Konfliktissa kuoli myös useita eteläafrikkalaisia ja Basothoa.
Joulukuussa 1998 perustettiin väliaikainen poliittinen viranomainen (IPA), jonka tehtävänä on arvioida maan vaalijärjestelmää. Taatakseen opposition edustuksen kansalliskokouksessa IPA kehitti suhteellisen vaalijärjestelmän. Uudella menetelmällä säilytettiin nykyiset 80 valittua edustajakokouksen jäsentä, mutta lisättiin 40 suhteellisesti täytettyä paikkaa. Toukokuussa 2002 vaalit pidettiin tämän uuden järjestelmän mukaisesti, ja LCD voitti jälleen 54 prosentilla äänistä. Ensimmäistä kertaa oppositiopoliittiset puolueet saivat kuitenkin huomattavan määrän paikkoja, ja Lesotho järjesti ensimmäiset rauhanomaiset vaalit huolimatta pienistä poikkeavuuksista ja kenraalimajuri Lekhanyan väkivallasta. Kaikki 40 suhteellista paikkaa on nyt yhdeksällä oppositiopuolueella, joista suurin on BNP:llä (21). LCD-näyttö ohjaa 79:ää vaalipiirin 80 paikasta. Huolimatta siitä, että sen valitut kansanedustajat palvelevat kansalliskokouksessa, BNP on esittänyt useita oikeudellisia haasteita vaaleille, mukaan lukien uudelleenlaskennan, mutta yksikään ei ole onnistunut.
30. elokuuta 2014 tapahtui sotilasvallankaappausyritys, jonka seurauksena nykyinen pääministeri pakeni Etelä-Afrikkaan lyhyeksi ajaksi.