Seuraavia 30 vuotta leimasivat poliittinen mullistus. Aseellisessa vallankaappauksessa 3. elokuuta 1975 presidentti Ahmed Abdallah syrjäytettiin ja tilalle tuli Komorien yhdistyneen kansallisrintaman (FNUK) jäsen prinssi Said Mohamed Jaffar. Tammikuussa 1976 Jaffar syrjäytettiin puolustusministerinsä Ali Soilihin hyväksi.
Mayotten kansa päätti kahdessa tuolloin pidetyssä kansanäänestyksessä vastustaa itsenäistymistä Ranskasta. Ensimmäinen, 22. joulukuuta 1974, sai 63.8 prosentin kannatuksen suhteiden ylläpitämiseen Ranskan kanssa, ja toinen, helmikuussa 1976, sai hämmästyttävän 99.4 prosenttia. Presidentti Soilih, joka hallitsi kolmea elossa olevaa saarta, toteutti erilaisia sosialistisia ja eristäytyneitä toimenpiteitä, jotka kiristivat suhteita Ranskaan. Bob Denard palasi 13. toukokuuta 1978 Ranskan, Rhodesian ja Etelä-Afrikan hallitusten tuella syrjäyttääkseen presidentti Soilihin ja palauttaakseen Abdallahin. Soilihin lyhyen hallituskauden aikana hänet yritettiin vielä seitsemän vallankaappausyritystä ennen kuin hänet syrjäytettiin ja murhattiin.
Abdallahin presidenttikaudelle, toisin kuin Soilihin, oli tunnusomaista autoritaarinen valvonta ja suurempi omistautuminen perinteiselle islamille, ja kansakunta nimettiin uudelleen Komorien islamilaiseksi liittotasavallaksi (République Fédérale Islamique des Comores; ). Vallankaappauksen pelossa Abdallah pysyi presidenttinä vuoteen 1989 asti, jolloin hän julisti, että Bob Denardin komentama presidenttikaarti määräsi aseistariisumaan asevoimat. Vihainen sotilasupseeri ampui Abdallahin toimistossaan pian asetuksen allekirjoittamisen jälkeen, mutta myöhempien raporttien mukaan hänen makuuhuoneeseensa ammuttiin panssarintorjuntaohjus, joka tappoi hänet. Huolimatta siitä, että Denard haavoittui, uskotaan, että Abdallahin murhaaja oli hänen komennossaan ollut sotilas.
Ranskalaiset laskuvarjomiehet kuljettivat Bob Denardin Etelä-Afrikkaan muutamaa päivää myöhemmin. Presidentti oli sittemmin Said Mohamed Djohar, Soilihin vanhin velipuoli, joka hallitsi syyskuuhun 1995 saakka, jolloin Bob Denard palasi ja yritti uutta vallankaappausta. Denard joutui antautumaan, kun Ranska puuttui asiaan laskuvarjosotilaiden kanssa. Ranskalaiset karkottivat Djoharin Réunioniin, ja Pariisin tukema Mohamed Taki Abdoulkarim valittiin presidentiksi. Hän oli maan johtaja vuodesta 1996 kuolemaansa asti marraskuussa 1998 aikana, jota leimaavat työväen levottomuudet, hallituksen sortotoimi ja separatistiset sodat. Väliaikainen presidentti Tadjidine Ben Said Massounde nousi hänen seuraajakseen.
Pyrkiessään palauttamaan Ranskan suvereniteettia Anjouanin ja Mohélin saaret julistivat itsenäisyytensä Komoreista vuonna 1997. Ranska kuitenkin vastusti heidän pyyntöään, mikä johti väkivaltaisiin yhteenotoihin liittovaltion joukkojen ja kapinallisten välillä. Eversti Azali Assoumani, armeijan esikuntapäällikkö, kaatoi väliaikaisen presidentin Massounden verettömässä vallankaappauksessa huhtikuussa 1999 väittäen olevansa huono johtajuudessa kriisin edessä. Vuonna 1975 itsenäistymisen jälkeen Komorit ovat nähneet 18 vallankaappausta tai vallankaappausyritystä.
Azalin epäonnistuminen lujittaa valtaa ja palauttaa saarten hallintaansa sai maailmanlaajuisen tuomitsemisen. Etelä-Afrikan presidentti Thabo Mbekin johtama Afrikan unioni määräsi Anjouanille rangaistuksia avustaakseen sovittelu- ja sovitteluprosessia. Maan virallinen nimi muutettiin Komorien liitoksi, ja kullekin saarelle perustettiin uusi poliittinen autonomiajärjestelmä sekä kolmen saaren liiton hallinto.
Azali jäi sivuun vuonna 2002 kilpaillakseen Komorien presidentistä demokraattisissa vaaleissa, jotka hän voitti. Sotilasdiktaattorina, joka oli ensin noussut valtaan väkisin ja joka ei ollut aina demokraattinen ollessaan hallituksessa, Azali johti Komorit läpi perustuslain tarkistuksia, jotka mahdollistivat uudet vaalit jatkuvasta kansainvälisestä kritiikistä huolimatta. Alkuvuodesta 2005 annettiin toimivaltalaki, jossa määritellään kunkin valtion yksikön tehtävät, ja sitä ollaan nyt toimeenpanossa. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, sunnimuslimipappi, jota kutsuttiin "ajatollaksi" hänen vuosistaan opiskellessaan islamia Iranissa, voitti vuoden 2006 vaalit. Azali hyväksyi vaalitulokset, mikä mahdollisti saariston ensimmäisen rauhanomaisen ja demokraattisen vallansiirron.
Eversti Mohammed Bacar, entinen Ranskassa koulutettu santarmi, otti vallan Anjouanissa vuonna 2001. Kesäkuussa 2007 hän järjesti kansanäänestyksen johtajuutensa vahvistamiseksi, jonka Komorien liittohallitus ja Afrikan unioni tuomitsivat molemmat perustuslain vastaiseksi. Sadat joukot Afrikan unionista ja Komoreilta hyökkäsivät kapinallisten hallitsemaan Anjouaniin 25. maaliskuuta 2008 paikallisen väestön iloksi: satoja, ellei tuhansia ihmisiä kidutettiin Bacarin vallan aikana. Jotkut kapinalliset kuolivat tai haavoittuivat, mutta virallisia numeroita ei ole saatavilla. Ainakin 11 ihmistä loukkaantui iskussa. Useita virkamiehiä on vangittu. Bacar pakeni Mayotteen, Ranskan Intian valtameren erillisalueelle, pikaveneellä hakemaan turvaa. Komoreilla Ranskan vastaiset mielenosoitukset puhkesivat.
Komoreilla on tapahtunut yli 20 vallankaappausta tai vallankaappausyritystä Ranskasta itsenäistymisen jälkeen.
26. toukokuuta 2011 entinen varapresidentti Ikililou Dhoinine vannoi virkavalan presidentiksi vuoden 2010 lopulla pidettyjen vaalien jälkeen. Hallituspuolueen jäsentä Dhoininea tuki vaaleissa presidentti Ahmed Abdallah Mohamed Sambilta. Dhoinine, ammatiltaan farmaseutti, on Komorien ensimmäinen presidentti, joka on kotoisin Mohélin saarelta.