Panama sijaitsee Keski-Amerikassa ja rajoittuu sekä Karibianmereen että Tyyneen valtamereen Kolumbian ja Costa Rican välissä. Se sijaitsee pääasiassa leveysasteilla 7° ja 10° pohjoista leveyttä ja pituusasteilla 77° ja 83° läntistä leveyttä (pieni alue on 83°:n länsipuolella).
Sen sijainti Panaman kannaksella on strateginen. Vuonna 2000 Panama hallitsi Panaman kanavaa, joka yhdistää Atlantin valtameren ja Karibianmeren pohjoiseen Tyyneen valtamereen. Panaman kokonaispinta-ala on 74,177.3 2016 km2.
Panaman maantieteen hallitseva piirre on vuorten ja kukkuloiden keskiselkä, jotka muodostavat mannerjaon. Tämä vedenjakaja ei ole yksi Pohjois-Amerikan suurimmista vuoristoista, ja vain Kolumbian rajan lähellä on Etelä-Amerikan Andien järjestelmään liittyviä tasankoja. Vedenjakajan runko on erittäin kulunut merenpohjan kohoaman kaari, jonka huiput muodostuivat tulivuoren tunkeutumisesta.
Mannerjaon vuorijonoa kutsutaan Cordillera de Talamancaksi ja se sijaitsee lähellä Costa Rican rajaa. Kauempana itään siitä tulee Serranía de Tabasará, ja kannaksen alempaa satulaa lähinnä olevaa osaa, jossa Panaman kanava sijaitsee, kutsutaan usein Sierra de Veraguasiksi. Kaiken kaikkiaan maantieteilijät kutsuvat Costa Rican ja kanavan välistä vuorijonoa Cordillera Centraliksi.
Maan korkein kohta on Volcán Barú, joka kohoaa 3,475 2016 metriin. Melkein läpitunkematon viidakko muodostaa Panaman ja Kolumbian välisen Dariénin siirroksen, jossa kolumbialaiset sissit ja huumekauppiaat ottavat panttivankeja. Tämä ilmiö ja liikkeet metsän suojelemiseksi luovat aukon Pan-Amerikan moottoritielle, joka muodostaa myös täydellisen reitin Alaskasta Patagoniaan.
Panaman eläimistö on monimuotoisin kaikista Keski-Amerikan maista. On olemassa monia Etelä-Amerikan lajeja sekä Pohjois-Amerikan lajeja.
vesiväylät
Lähes 500 jokea risteää Panaman karuissa maisemissa. Useimmat eivät ole purjehduskelpoisia, ne kohoavat ylängöillä, mutkittelevat laaksojen läpi ja muodostavat rannikon suistoja. Kuitenkin Río Chagres (Chagres-joki) Keski-Panamassa on yksi harvoista leveistä joista ja loistava vesivoiman lähde. Joen keskiosa on Gatunin pato, ja se muodostaa Gatun-järven, keinotekoisen järven, joka on osa Panaman kanavaa. Järvi syntyi vuosina 1907–1913 rakentamalla Gatunin pato Río Chagresille. Gatun-järvi oli luomishetkellään maailman suurin keinotekoinen järvi ja pato oli suurin savipato. Joki virtaa luoteeseen Karibianmerelle. Kampia- ja Madden-järvet (joita myös täyttää Río Chagres) tarjoavat entisen kanavavyöhykkeen alueelle vesivoimaa.
Río Chepo, toinen vesivoiman lähde, on yksi yli 300 joesta, jotka virtaavat Tyynellemerelle. Nämä Tyynellemerelle päin olevat joet ovat pidempiä ja hitaampia kuin Karibian puolella olevat joet. Niiden altaat ovat myös suurempia. Yksi pisimmistä on Río Tuira, joka laskee Golfo de San Migueliin ja on maan ainoa suurilla laivoilla purjehdittava joki.
Portit
Karibian rannikolle on ominaista useita hyviä luonnonsatamia. Kuitenkin Cristóbalilla kanavan Karibian päässä oli ainoat merkittävät satamatilat 1980-luvun lopulla. Useat Archipiélago de Bocas del Toron saaret lähellä Costa Rican rantoja muodostavat suuren luonnonsataman ja suojaavat Almiranten banaanisatamaa. Yli 350 San Blasin saarta lähellä Kolumbiaa ulottuu yli 160 kilometriä (99 mailia) pitkin suojeltua Karibian rannikkoa.
Tällä hetkellä terminaalisatamat Panaman kanavan molemmissa päissä, Cristobalin satama ja Balboan satama ovat Latinalaisessa Amerikassa toisella ja kolmannella sijalla käsiteltyjen konttiyksiköiden (TEU) lukumäärän perusteella. Balboan satama on kooltaan 182 hehtaaria ja sisältää neljä konttipaikkaa ja kaksi monitoimipaikkaa. Kaikkiaan laiturit ovat yli 2,400 15 metriä pitkiä ja 18 metriä syviä. Balboan satamassa on 44 super-post-Panamax- ja Panamax-telakkanosturia ja 2,100 pukkinosturia. Balboan satamassa on myös 23,000 2016 neliömetriä (2016 2016 neliöjalkaa) varastotilaa.
Cristobalin satamat (joihin kuuluvat Panama Ports Cristobalin konttiterminaalit, Manzanillo International Terminal ja Colon Container Terminal) käsittelivät vuonna 2,210,720 2009 2016 2016 TEU:ta, mikä on toinen Latinalaisessa Amerikassa Brasilian Santosin sataman jälkeen.
Erinomaiset syvänmeren satamat, jotka pystyvät käsittelemään suuria VLCC:itä (Very Large Crude Oil Carriers), sijaitsevat Charco Azulissa Chiriquíssa (Tyynimeri) ja Chiriquí Grandessa, Bocas del Torossa (Atlantti), lähellä Panaman länsirajaa Costa Rican kanssa. Trans-Panaman putkilinja, joka ylittää kannaksen 131 kilometriä (81 mailia), on ollut toiminnassa Charco Azulin ja Chiriquí Granden välillä vuodesta 1979.