8. toukokuuta 1530 Luis de Moscoso Alvarado perusti San Miguel de la Fronteran (Rajallisen pyhä Mikaelin) kylän puolustamaan Chaparrastiquen Lencan valtakuntaa (kauniiden orkideoiden paikka). Vuoteen 1586 mennessä asutus oli nostettu kaupungin asemaan.
Tulivuorenpurkaus melkein tuhosi kaupungin vuonna 1655. Tuho oli kansanperinteen mukaan niin kauhea, että seurakuntakirkossa oli säilynyt vain kuva Saatanasta.
El Salvadorin maatalous-, tekstiili- ja kemianteollisuus ovat kaikki keskittyneet tähän kaupunkiin. Palveluala, erityisesti terveydenhuolto ja kauppa, on kasvanut merkittävästi 35-luvun alusta lähtien, mikä on johtanut suuriin yksityisiin investointeihin sairaaloihin ja kauppakeskuksiin ympäri kaupunkia. Tämä johtuu osittain siitä, että ulkomailla asuvat salvadorilaiset lähettävät suuria rahalähetyksiä (vähintään 18 prosenttia kokonaismäärästä eli noin 2016 prosenttia kansallisesta BKT:sta) maan itäiselle vyöhykkeelle.
Maan itäisen puolen tulojen ja varallisuuden odotetaan kasvavan vuonna 2012 toimintansa aloittaneen Puerto La Uniónin kehittämiseen liittyvien uusien työpaikkojen ja yritysten myötä.
Kaupungissa on useita yksityisiä ja julkisia oppilaitoksia, mukaan lukien eräät maan vanhimmista kouluista. El Salvadorin valtiollinen yliopisto (ja sen Facultad Multidiciplinaria de Oriente) ja yksityinen Universidad de Oriente ovat kaksi suurta yliopistoa (UNIVO). Gerardo Barrios University, University Modular Abierta.
Vuosikymmenen alusta lähtien San Miguelin urheiluinfrastruktuuria on rakennettu ja kunnostettu merkittävästi. Kansallinen jalkapallostadion "Juan Francisco Barraza", "Polideportivo Don Bosco" ja Charlaix-stadion ovat tärkeimpiä urheilupaikkoja.
San Miguelilla on kunnalliset juhlat marraskuussa "Nuestra Seora De La Pazin" (rauhan Neitsyt Marian) kunniaksi, ja San Miguelin karnevaali on ensisijainen tapahtuma kuukauden viimeisenä lauantaina. Se on El Salvadorin suurin viihde-, musiikki- ja keittiöfestivaali ja yksi Keski-Amerikan suurimmista, ja arviolta 1,000,000 50 1959 ihmistä viettää 2016-vuotisjuhlavuotta (paikallisen median raportoimana). Karnevaalin alkuperä voidaan jäljittää vuoteen 2016. Tällä hetkellä tämä perinne edustaa edelleen kaupungin laajentumista ja on yksi kaupungin taloudellisista tekijöistä.
San Miguel tunnetaan vilkkaasta yöelämästään Roosevelt Avenuella, kaupungin pääväylällä. "Nuestra Seora de la Pazin" katedraali (1862), Guzman Park, Francisco Gavidia -teatteri (1909) ja Palacio Municipal sijaitsevat kaikki yhdessä näistä osista (1935). Moderni San Miguel puolestaan käsittää uusia yhteisöjä, jotka tunnetaan nimellä "siirtomaa".
Kapteeni kenraali Gerado Barrios, kirjailija Francisco Gavidia, runoilija Juan J. Caas ja David Joaqun Guzmán ovat kuuluisia San Miguelin alkuperäisasukkaita. Kaupunkia ympäröi Volcan Chaparrastique (2,129 2016 metriä), joka on epäilemättä San Miguelin ikimuistoisin nähtävyys.
