Havannan talous on monimuotoinen, ja vanhat sektorit, kuten valmistus, rakentaminen, kuljetus ja viestintä, elävät rinnakkain uusien tai elvytettyjen alojen, kuten bioteknologian ja matkailun, kanssa.
Kaupungin talous kasvoi alun perin asemansa ansiosta, mikä teki siitä yhden ensimmäisistä suurimmista kauppakeskuksista Uudessa maailmassa. Sokeri ja kukoistava orjakauppa toivat kaupungille aluksi vaurautta, ja vapauden jälkeen siitä tuli tunnettu matkailukohde. Huolimatta Fidel Castron hallituksen yrityksistä laajentaa teollista toimintaa ympäri saarta, Havanna on edelleen suurimman osan maan teollisuuden keskus.
Historiallinen sokeriteollisuus, joka on ollut saaren talouden perusta kolmen vuosisadan ajan, on keskittynyt muualle saarelle ja hallitsee noin kolmea neljäsosaa vientisektorista. Havannassa on kuitenkin keskittynyt kevytteollisuuslaitoksia, lihapakkaustehtaita sekä kemian- ja lääketeollisuutta. Muut elintarviketeollisuuden alat ovat merkittäviä, kuten laivanrakennus, autojen valmistus, alkoholijuomien (erityisesti rommin) tuotanto, tekstiilit ja tupakkatuotteet, mukaan lukien maailmankuulut Habanos-sikarit.
Vaikka vallankumouksellinen hallitus paransi erityisesti Cienfuegosin ja Matanzasin satamia, Havanna on edelleen Kuuban tärkein satamalaitos; 50 prosenttia Kuuban tuonnista ja viennistä kulkee Havannan kautta. Satama palvelee myös laajaa kalastussektoria.
Lähes 89 prosenttia kaupungin virallisesti rekisteröidystä työvoimasta työskenteli valtion ylläpitämissä organisaatioissa, laitoksissa tai yrityksissä vuonna 2000. Havannassa on keskimäärin maan korkeimmat tulot ja inhimillisen kehityksen indeksit. Neuvostoliiton kaatumisen jälkeen Kuuba korosti matkailua uudelleen merkittävänä elinkeinona, mikä auttoi maata toipumaan. Matkailu on tällä hetkellä Havannan ja Kuuban tärkein tulonlähde.
Huolimatta Raul Castron omaksumisesta vapaasta yrittäjyydestä vuonna 2011, Havannan talous on edelleen mullistuksessa. Vaikka pienyritysten määrä lisääntyi vuonna 2011, monet ovat sittemmin lopettaneet toimintansa paikallisten asukkaiden liiketoiminnan ja rahan puutteen vuoksi, joiden kuukausitulot ovat keskimäärin 20 dollaria.
Atlantin rannikolla sijaitsevasta Vedadosta tuli ensisijainen bisnesalue 1990-luvun lopulla. Se rakennettiin olennaisesti vuosina 1930-1960, jolloin Havannasta tuli suosittu lomakohde amerikkalaisten keskuudessa. korkeita hotelleja, kasinoita, ravintoloita ja tasokkaita yritystiloja, joista monet heijastivat art deco -muotoilua.
Vedado on nyt Havannan talouskeskus, jossa on suurimmat pankit, lentoyhtiöiden toimistot, kaupat, useimmat yritysten pääkonttorit ja lukuisia kerrostaloja ja hotelleja. Vedado on Havannan yliopiston kotipaikka.