La Constitución maltesa proclama el catolicismo como religión oficial, a pesar de las protecciones establecidas para la libertad religiosa.
El catolicismo romano es la religión más practicada en Malta. La Constitución maltesa define el catolicismo como la religión oficial, que también está representada en muchos aspectos de la cultura maltesa.
En Malta, Gozo y Comino hay alrededor de 360 iglesias, o una por cada 1,000 habitantes. La iglesia parroquial (en maltés: “il-parroa” o “il-knisja parrokkjali”) es el centro arquitectónico y geográfico de cada ciudad y aldea maltesa, así como la fuente de orgullo cívico. Este orgullo municipal se manifiesta en las fiestas populares de la localidad, que celebran al patrón de cada parroquia con bandas de música, procesiones religiosas, misas especiales, pirotecnia (especialmente petardos) y otras festividades.
Malta es una Sede Apostólica; los Hechos de los Apóstoles hablan de San Pablo naufragando en la isla de “Melite”, que muchos estudiosos de la Biblia identifican como Malta, en su viaje de Jerusalén a Roma para ser juzgado, un evento que ocurrió alrededor del año 60 d.C. San Pablo pasó tres meses en la isla en su viaje a Roma, como relatan los Hechos de los Apóstoles, curando a los enfermos, entre ellos al padre de Publio, el “hombre principal de la isla”. Esta historia está vinculada a una serie de tradiciones diferentes. Se cree que el naufragio ocurrió en lo que ahora se conoce como St Paul's Bay. Se dice que San Publio, un santo maltés, fue nombrado primer obispo de Malta, y una gruta en Rabat, ahora conocida como "Gruta de San Pablo" (y en las cercanías de la cual se han encontrado evidencias de entierros y rituales cristianos del siglo III d.C. descubierto), es uno de los lugares de culto cristiano más antiguos que se conocen en la isla.
Las catacumbas en diferentes lugares de Malta, en particular las catacumbas de San Pablo y las catacumbas de Santa Águeda cerca de Rabat, más allá de las murallas de Mdina, proporcionan más evidencia de las actividades y creencias cristianas durante la época de la persecución romana. Estos últimos estaban especialmente bien frescos entre 1200 y 1480, pero los turcos invasores dañaron varios de ellos en la década de 1550. También hay varias iglesias rupestres, como la gruta de Melliea, que es un Santuario de la Natividad de Nuestra Señora y la tradición dice que San Lucas pintó allí un retrato de la Virgen. Ha sido un lugar de peregrinaje desde la Edad Media.
Según las Actas del Concilio de Calcedonia, un tal Acacio fue obispo de Malta en el año 451 dC (Melitenus Episcopus). También se sabe que un tal Constantino, Episcopus Melitenensis, asistió al Quinto Concilio Ecuménico en el año 501 d.C. El Papa Gregorio I destituyó a Tucilo, Miletinae civitatis episcopus, en el 588 d.C., y el clero y el pueblo de Malta eligieron a Trajano como su sucesor en el 599 d.C. Antes de la conquista de las islas, el último obispo de Malta documentado fue un griego llamado Manas, que luego fue encarcelado en Palermo.
Según el historiador maltés Giovanni Francesco Abela, los malteses mantuvieron su fe cristiana a pesar de la invasión fatimí después de su conversión al cristianismo a manos de San Pablo. Malta se describe en las obras de Abela como un "baluarte de la cultura cristiana europea contra la expansión del Islam mediterráneo" divinamente designado. En los siglos XII y XIII, la inmigración a Malta desde Italia fortaleció la población cristiana local que acogió a Roger I de Sicilia.
Durante siglos, la Iglesia en Malta estuvo sujeta a la Diócesis de Palermo, excepto cuando estuvo bajo Carlos de Anjou, quien eligió obispos para Malta, al igual que los españoles y, posteriormente, los Caballeros en raras ocasiones. Desde 1808, todos los obispos malteses han servido. Malta se convirtió en el país católico devoto que es hoy como consecuencia de las eras normanda y española, así como de la autoridad de los Caballeros. Cabe mencionar que la Oficina del Inquisidor de Malta tuvo una larga estancia en la isla tras su fundación en 1530: el último Inquisidor abandonó las Islas en 1798, cuando los Caballeros se rindieron a las tropas de Napoleón Bonaparte. Varias familias maltesas se mudaron a Corfú bajo la República de Venecia. Sus descendientes constituyen alrededor de dos tercios de los 4,000 católicos que actualmente residen en la isla.
Los santos patronos de Malta son San Pablo, San Publio y Santa Águeda. Aunque no es un santo patrón, San Jorge Preca (San o Preca) es muy considerado como el segundo santo maltés en ser canonizado después de San Publio Malta, el primer santo reconocido de Malta (canonizado en el año 1634). El 3 de junio de 2007, el Papa Benedicto XVI lo canonizó. Además, varios malteses han sido declarados Beatos, en particular Maria Adeodata Pisani y Nazju Falzon, quienes fueron beatificados por el Papa Juan Pablo II en 2001.
Malta es el hogar de varias órdenes religiosas católicas romanas, incluidos los jesuitas, los franciscanos, los dominicos y las Hermanitas de los Pobres.
La mayoría de las congregaciones de las iglesias protestantes locales no son maltesas; sus congregaciones están formadas por los numerosos jubilados británicos que residen en la isla, así como por turistas de muchos otros países. Hay alrededor de 600 Testigos de Jehová en el área. Cada una de las Iglesias de Jesucristo de los Santos de los Últimos Días (Iglesia SUD), la Iglesia Bautista Bíblica y la Comunidad de Iglesias Evangélicas tiene alrededor de 60 afiliados. Otras iglesias denominacionales incluyen la Iglesia escocesa de San Andrés en La Valeta (una congregación mixta presbiteriana y metodista) y la Catedral anglicana de San Pablo, así como una iglesia adventista del séptimo día en Birkirkara. En 1983, se estableció una congregación de la Iglesia Nueva Apostólica en Gwardamangia.
La población judía de Malta alcanzó su punto máximo bajo el control normando en la Edad Media. Malta y Sicilia fueron anexadas por los aragoneses en 1479, y el Decreto de la Alhambra de 1492 obligó a todos los judíos a huir de la nación, permitiéndoles llevarse solo algunas cosas. Es posible que varios cientos de judíos malteses se hayan convertido al cristianismo para permanecer en la nación durante ese tiempo. Ahora hay una sola congregación judía.
El budismo zen y Bahá' Faith tienen unos 40 adeptos.
La Mezquita Mariam Al-Batool es la única mezquita musulmana de la ciudad. Se acaba de establecer una escuela primaria musulmana. De los 3,000 musulmanes estimados en Malta, aproximadamente 2,250 son inmigrantes, 600 son ciudadanos naturalizados y 150 son malteses de nacimiento.