El pueblo San eran los ocupantes indígenas de lo que ahora es Lesotho. Se pueden ver ejemplos de su arte rupestre en las montañas de la zona.
En 1822, el rey Moshoeshoe I estableció el actual Lesoto, entonces conocido como Basutolandia, como un solo estado. Moshoeshoe, el hijo de Mokhachane, un jefe menor del linaje Bakoteli, estableció su propio clan y saltó a la fama alrededor de 1804. Entre 1821 y 1823, él y sus seguidores residieron en Butha-ButheMountain, uniéndose a viejos enemigos en la lucha contra Lifaqane, que estuvo conectado con el gobierno de Shaka Zulu desde 1818 hasta 1828.
Tras la toma de posesión británica de Cape Colony de manos de los holandeses aliados de Francia en 1795, el desarrollo posterior del estado se basó en disputas entre colonos británicos y holandeses que huían de Cape Colony y luego se conectaron con Orange River Sovereignty y el posterior Estado Libre de Orange. Entre 1837 y 1855, Moshoeshoe I recibió a los misioneros de la Sociedad Misionera Evangélica de París, Thomas Arbousset, Eugène Casalis y Constant Gosselin, en Morija, donde establecieron la ortografía y las obras impresas en el idioma sesotho. Casalis, quien se desempeñó como traductor y brindó asesoramiento sobre política exterior, ayudó en el establecimiento de canales diplomáticos y la adquisición de armas para usar contra los invasores europeos y el pueblo Griqua.
A partir de mayo-junio de 1838, los trekboers de Cape Colony llegaron a los límites occidentales de Basutolandia y reclamaron derechos sobre la tierra, comenzando con Jan de Winnaar, quien se estableció en la región de Matlakeng. A medida que los bóers adicionales se mudaron a la región, intentaron colonizar la tierra entre los dos ríos, incluso al norte de Caledon, diciendo que la gente de Sotho la había abandonado. Después de eso, Moshoeshoe firmó un contrato con el gobernador británico de Cape Colony, Sir George Thomas Napier, que anexó la soberanía del río Orange, donde habían residido muchos bóers. En 1848, estos bóers enfurecidos fueron derrotados en un breve conflicto. Una fuerza británica fue derrotada por el ejército basotho en Kolonyama en 1851, lo que provocó un conflicto humillante para los británicos. Después de repeler otro asalto británico en 1852, Moshoeshoe apeló al comandante británico, lo que resultó en un acuerdo diplomático, antes de derrotar a Batlokoa en 1853.
Los británicos se retiraron del área en 1854 y, en 1858, Moshoeshoe libró una serie de batallas contra los bóers en la Guerra del Estado Libre-Basotho, perdiendo una gran parte de las tierras bajas occidentales. El conflicto anterior concluyó en 1867 cuando Moshoeshoe solicitó a la Reina Victoria, quien accedió a establecer Basutolandia como protectorado británico en 1868. En 1869, los británicos negociaron un contrato con los bóers en Aliwal Norte que estableció las fronteras de Basutolandia y, posteriormente, Lesotho, esencialmente reduciendo Reino de Moshoeshoe a la mitad de su tamaño anterior mediante la entrega de las provincias occidentales.
Después de la cesión en 1869, los británicos primero trasladaron sus deberes de la capital de Moshoeshoe en Thaba Bosiu a un campamento policial en la frontera noroeste, Maseru, hasta que Basutolandia fue administrada por Cape Colony en 1871. Moshoeshoe murió el 11 de marzo de 1870, trayendo el tradicional período a su fin y marcando el comienzo de la era colonial. Fue enterrado en Thaba Bosiu. Entre 1871 y 1884, durante los primeros años de la administración británica, Basutolandia se manejó de manera similar a otras áreas que habían sido adquiridas por la fuerza, para disgusto de los basotho. Esto resultó en la Guerra de Armas de 1881. El estatus de Basutolandia como protectorado se restauró en 1884, y Maseru se restableció como su capital, aunque permaneció sujeta al control directo de un gobernador, a pesar de que los jefes tradicionales tenían la autoridad interna efectiva.
Basutolandia logró la independencia de Gran Bretaña en 1966 y se convirtió en el Reino de Lesotho.
El gobernante Partido Nacional Basotho (BNP) perdió las primeras elecciones generales posteriores a la independencia en enero de 1970, con 23 escaños frente a los 36 del Partido del Congreso de Basutolandia. El primer ministro Leabua Jonathan se negó a entregar el poder al Partido del Congreso Basotho (BCP), declarándose Tona Kholo (Sesotho para “primer ministro”) y encarcelar a los líderes del BCP.
El BCP lanzó una revuelta y posteriormente recibió entrenamiento en Libia para su Ejército de Liberación de Lesotho (LLA) mientras se hacía pasar por las tropas del Ejército Popular de Liberación de Azania (APLA) del Congreso Panafricanista (PAC). El LLA de 178 miembros se salvó de su base en Tanzania gracias a la ayuda financiera de un oficial maoísta de las PAC en 1978 después de que la facción Sibeko de las PAC los privara de armas y suministros, pero comenzaron la campaña guerrillera con solo un puñado de armas de fuego obsoletas. . Después de que el ejército principal fuera destruido en el norte de Lesotho, los insurgentes llevaron a cabo ataques intermitentes pero generalmente ineficaces. Cuando el jefe del BCP, Ntsu Mokhehle, se mudó a Pretoria, la campaña resultó gravemente dañada. A principios de la década de 1980, la administración de Leabua Jonathan intimidó y agredió a muchos basotho que simpatizaban con el BCP exiliado. La familia de Benjamin Masilo fue asaltada en septiembre de 1981. Edgar Mahlomola Motuba fue secuestrado y asesinado unos días después.
Desde 1966 hasta enero de 1970, el BNP gobernó el país. Lo que siguió fue una administración de facto encabezada por la Dra. Leabua Jonathan hasta 1986, cuando fue derrocado por un golpe militar. KingMoshoeshoe II, que anteriormente había sido un rey ceremonial, recibió poderes ejecutivos del Consejo Militar de Transición que llegó al poder. Sin embargo, el rey se vio obligado a exiliarse en 1987 después de presentar un memorando de seis páginas en el que describía su visión de la constitución de Lesotho, que le habría otorgado mayores poderes ejecutivos si el gobierno militar hubiera estado de acuerdo. Su hijo fue coronado rey Letsie III.
El general de división Justin Metsing Lekhanya, jefe de la junta militar, fue depuesto en 1991 y reemplazado por el general de división Elias Phisoana Ramaema, quien entregó el control a una administración BCP elegida democráticamente en 1993. Moshoeshoe II regresó del exilio como ciudadano regular en 1992 Después de la restauración del gobierno democrático, el rey Letsie III intentó sin éxito convencer a la administración del BCP de restaurar a su padre (Moshoeshoe II) como jefe de estado.
Después de que la administración del BCP no lograra restaurar a su padre, Moshoeshoe II, según la constitución de Lesotho, Letsie III lanzó un golpe respaldado por militares que derrocó al gobierno del BCP en agosto de 1994. La comunidad internacional no reconoció plenamente a la nueva administración. Los países miembros de la Comunidad de Desarrollo de África Meridional (SADC) están negociando la restauración del gobierno del BCP. Uno de los requisitos que propuso Letsie III fue que su padre fuera reinstalado como jefe de estado. Después de prolongadas negociaciones, se restableció el gobierno del BCP y Letsie III abdicó en favor de su padre en 1995, pero ascendió al trono nuevamente cuando Moshoeshoe II murió a la edad de cincuenta y siete años en un presunto accidente de tránsito cuando su auto se cayó de una montaña. carretera en la madrugada del 15 de enero de 1996. Según las autoridades, Moshoeshoe partió a la 1 de la madrugada para ver su ganado en Matsieng y regresaba a Maseru a través de las montañas Maluti cuando su vehículo se salió de la carretera.
El gobernante BCP se dividió en 1997 debido a desacuerdos de liderazgo. El primer ministro Ntsu Mokhehle estableció un nuevo partido, el Congreso por la Democracia de Lesotho (LCD), y contó con el apoyo de la mayoría de los parlamentarios, lo que le permitió formar una nueva administración. Pakalitha Mosisili asumió como líder del partido cuando murió Mokhehle, y el LCD ganó las elecciones generales en 1998. A pesar de que los observadores locales e internacionales, así como una comisión especial establecida por la SADC, consideraron las elecciones libres y justas, la oposición los partidos políticos cuestionaron los resultados.
Las protestas de la oposición en la nación crecieron en intensidad y culminaron en una manifestación pacífica frente al palacio real en agosto de 1998. Los detalles exactos de lo que sucedió a continuación se debaten acaloradamente tanto en Lesotho como en Sudáfrica. Si bien se dio la bienvenida a los soldados de las Fuerzas de Defensa de Botswana, las tensiones con el personal de las Fuerzas de Defensa Nacional de Sudáfrica fueron altas y culminaron en violencia. Los disturbios esporádicos se hicieron más comunes cuando los soldados sudafricanos levantaron una bandera sudafricana sobre el Palacio Real. Cuando las tropas de la SADC partieron en mayo de 1999, la mayor parte de la ciudad de Maseru estaba en ruinas, mientras que las capitales de provincia del sur de Mafeteng y Mohale's Hoek habían perdido más de un tercio de sus bienes inmuebles comerciales. Varios sudafricanos y basotho también murieron en el conflicto.
En diciembre de 1998, se estableció una Autoridad Política Interina (IPA) con la tarea de evaluar el sistema electoral del país. Para garantizar que la oposición estuviera representada en la Asamblea Nacional, la IPA desarrolló un sistema de elección proporcional. El nuevo método mantuvo los actuales 80 miembros electos de la Asamblea, pero agregó 40 escaños ocupados proporcionalmente. En mayo de 2002, se realizaron elecciones bajo este nuevo sistema y la LCD ganó nuevamente, con el 54 por ciento de los votos. Sin embargo, por primera vez, los partidos políticos de la oposición ganaron un número considerable de escaños y Lesotho tuvo sus primeras elecciones pacíficas, a pesar de anomalías menores y amenazas de violencia del general de división Lekhanya. Los 40 escaños proporcionales ahora están en manos de nueve partidos de oposición, y el BNP tiene la mayor parte (21). El LCD controla 79 de los 80 escaños del distrito electoral. A pesar de que sus diputados electos sirven en la Asamblea Nacional, el BNP ha presentado numerosas impugnaciones legales a las elecciones, incluido un recuento, pero ninguna ha tenido éxito.
El 30 de agosto de 2014, ocurrió un intento de golpe militar, lo que provocó que el Primer Ministro en funciones escapara a Sudáfrica por un corto período de tiempo.
