En 1472, al navegante portugués Fernando Pó se le atribuye ser el primer europeo en encontrar la isla de Bioko mientras buscaba una ruta a la India. Él le dio el nombre de Formosa ("Hermosa"), pero pronto se le dio el nombre de su descubridor europeo. En 1474, Portugal conquistó las islas de Fernando Pó y Annobón.
El Tratado de El Pardo, firmado en 1778 por la Reina María I de Portugal y el Rey Carlos III de España, otorgó a España Bioko, las islas circundantes y los derechos comerciales en la Bahía de Biafra entre los ríos Níger y Ogoue. Como resultado, España intentó adquirir acceso a un suministro de esclavos propiedad de comerciantes británicos. Entre 1778 y 1810, el Virreinato del Ro de la Plata, con sede en Buenos Aires, estuvo a cargo de Guinea Ecuatorial.
El Reino Unido mantuvo una base en Bioko de 1827 a 1843 para luchar contra la trata de esclavos, que se trasladó a Sierra Leona después de un acuerdo con España en 1843. Tras la restauración de la autoridad española en 1844, la región recibió el nombre de “Territorios Espaoles del Golfo de Guinea ". España no había podido ocupar el vasto territorio de la ensenada de Biafra sobre el que tenía derechos en virtud del Tratado, mientras que los franceses habían estado ocupados ampliando su ocupación a costa de la reclamación de España. Después del Tratado de París en 1900, España se quedó con el enclave continental de Río Muni, unos miserables 26,000 km2 de los 300,000 km2 que se extienden hacia el este hasta el río Ubangi que los españoles habían reclamado originalmente. Las plantaciones de Fernando Po estaban principalmente en manos de una aristocracia criolla negra, posteriormente conocida como Fernandinos, alrededor del cambio de siglo. Durante el control británico de la isla a principios del siglo XIX, asentaron a 2,000 sierraleoneses y liberaron esclavos, y una corriente menor de inmigración de África Occidental y las Indias Occidentales persistió después de que los británicos se fueran. A este núcleo de colonos se sumaron cubanos, filipinos y españoles de diferentes colores deportados por delitos políticos o de otra índole, así como algunos colonos ayudados.
En forma de esclavos fugitivos y plantadores potenciales, también hubo un goteo de inmigración de las islas portuguesas vecinas. Aunque algunos fernandinos eran católicos y hablaban español, en vísperas de la Primera Guerra Mundial, aproximadamente nueve décimas partes de la población era protestante y hablaba inglés, y el pidgin inglés era la lengua franca de la isla. Mientras continuaba el reclutamiento de mano de obra en la costa de Barlovento, los sierraleoneses estaban especialmente bien posicionados como plantadores, ya que tenían lazos familiares y de otro tipo allí y podían organizar fácilmente la oferta de mano de obra.
Una nueva generación de inmigrantes españoles comenzó a poner a los fernandinos a la defensiva a principios del siglo XX. En 1904-1905, las nuevas leyes territoriales favorecieron a los españoles, y la mayoría de los grandes plantadores llegaron posteriormente a las islas como resultado de estos cambios. El acuerdo laboral liberiano de 1914 favoreció a las personas ricas con fácil acceso al gobierno, y la transferencia de mano de obra de Liberia a Río Muni exacerbó esta ventaja. En 1940, se creía que solo el 20% de la producción de cacao de la colonia provenía de tierras africanas, con Fernandinos controlando casi la totalidad.
El mayor impedimento para el crecimiento económico fue la persistente escasez de mano de obra. El pueblo indígena bubi de Bioko, empujado hacia el interior de la isla y devastado por el alcoholismo, las enfermedades venéreas, la viruela y la enfermedad del sueño, se negó a trabajar en las plantaciones. Trabajar en sus propias pequeñas plantaciones de cacao les ofrecía una gran independencia. Además, a partir de finales del siglo XIX, los bubi fueron protegidos de las demandas de los plantadores por los misioneros claretianos españoles, que eran poderosos en la colonia y finalmente organizaron a los bubi en teocracias de mini-misión como las famosas reducciones jesuitas paraguayas. Dos insurgencias menores en 1800 y 1898, ambas oponiéndose al reclutamiento de trabajo forzoso para las plantaciones, resultaron en el desarme de los bubi en 1910 y quedaron completamente dependientes de los misioneros.
Entre 1926 y 1959, Bioko y Rio Muni se incluyeron en la colonia de Guinea Española. La fuerza laboral era principalmente mano de obra inmigrante de Liberia, Nigeria y Camerún, y la economía estaba centrada en enormes plantaciones de cacao y café y concesiones madereras. Entre 1914 y 1930, se estima que 10,000 liberianos fueron enviados a Fernando Po como parte de un Tratado Laboral que finalizó en 1930. Tras el cese de las importaciones liberianas, los productores de cacao de Fernando Po se trasladaron a Río Muni. No fue accidental que los esfuerzos para subyugar al pueblo Fang se lanzaran en la década de 1920, justo cuando Liberia comenzaba a reducir su reclutamiento. Para 1926, la guardia colonial había establecido guarniciones en todo el enclave y la colonia había sido declarada 'pacificada' en 1929.
Río Muni tenía una población pequeña, estimada en alrededor de 100,000 en la década de 1930, y cruzar la frontera hacia Camerún o Gabón era sencillo. Además, las empresas forestales requerían una cantidad cada vez mayor de mano de obra y la expansión de la producción de café proporcionó una nueva forma de pagar los impuestos. Como resultado, persistió la escasez de mano de obra de Fernando Po. Los franceses solo permitieron el reclutamiento en Camerún por un corto tiempo, y los igbo contrabandeados en canoas desde Calabar, Nigeria, se convirtieron en la principal fuente de mano de obra. Después de la Segunda Guerra Mundial, permitió que Fernando Po se convirtiera en una de las regiones agrícolas más prolíficas de África.
Políticamente, la historia colonial de posguerra se puede dividir en tres fases distintas: hasta 1959, cuando su estatus pasó de "colonial" a "provincial", tomando una página del enfoque del Imperio portugués; entre 1960 y 1968, cuando Madrid intentó una descolonización parcial, con la que se esperaba preservar el territorio como parte integrante del sistema español; y después de 1968, cuando Madrid intentó una descolonización total, con la esperanza de preservar el territorio como parte integral.La primera de estas fases fue poco más que una continuación de políticas anteriores, muy similares a las de Portugal y Francia, particularmente en dividiendo a la población en una gran mayoría gobernados como “nativos” o no ciudadanos, y una pequeña minoría (junto con los blancos) admitidos al estatus cívico como emancipados, siendo la asimilación a la cultura metropolitana el único permiso.
Los inicios del nacionalismo surgieron durante este período 'provincial', pero solo entre comunidades diminutas que habían buscado refugio de la mano paterna del Caudillo en Camerún y Gabón. Se fundaron el Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) y la Idea Popular de Guinea Ecuatorial (IPGE). Sus presiones fueron leves, pero no en toda África occidental en su conjunto. La región obtuvo cierta autonomía y avance administrativo por parte de una organización “moderada”, el Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, luego de que una resolución del 9 de agosto de 1963 fuera ratificada por referéndum el 15 de diciembre de 1963 (MUNGE). Esto demostró ser un arma débil, y Madrid sucumbió a las corrientes del nacionalismo ante la creciente demanda de reforma de la ONU.
