Pygmäenvölker waren die ersten, die sich in der Region niederließen. Als sie zogen, verdrängten und assimilierten Bantu-Stämme sie hauptsächlich.
Die ersten Europäer kamen im 15. Jahrhundert. In Gabun entstand im 18. Jahrhundert eine Myeni-sprechende Monarchie namens Orungu.
Bartholomew Roberts, ein walisischer Pirat namens Black Bart, starb am 10. Februar 1722 auf See vor der Küste von Cape Lopez. Von 1719 bis 1722 griff er Schiffe entlang der Küsten Amerikas und Westafrikas an.
1875 führte der französische Abenteurer Pierre Savorgnan de Brazza die erste Expedition in die Region Gabun-Kongo durch. Er gründete Franceville und diente anschließend als Kolonialgouverneur. Als Frankreich 1885 Gabun offiziell eroberte, lebten viele Bantu-Stämme in der Region, die heute Gabun ist.
Gabun schloss sich 1910 den vier Regionen Französisch-Äquatorialafrikas an und bildete eine Föderation, die bis 1959 bestand. Am 17. August 1960 erlangten diese Regionen ihre Unabhängigkeit. Léon M'ba war Gabuns erster Präsident, der 1961 neben Omar Bongo Ondimba als seinem Vizepräsidenten gewählt wurde.
Nach M'bas Aufstieg zur Macht wurde die Presse unterdrückt, politische Kundgebungen wurden verboten, die Redefreiheit wurde eingeschränkt, andere politische Parteien wurden nach und nach von der Macht verdrängt und die Verfassung wurde nach französischem Vorbild geändert, um die Macht der Präsidentschaft zu übertragen M'ba nahm. Als M'ba im Januar 1964 die Nationalversammlung auflöste, um eine Einparteienherrschaft zu errichten, versuchte ein Militärputsch, ihn abzusetzen und die parlamentarische Demokratie wiederherzustellen. Innerhalb von 24 Stunden trafen französische Fallschirmjäger ein, um M'ba wieder an die Macht zu bringen.
Trotz massiver Demonstrationen und Ausschreitungen endete der Putsch nach einigen Kampftagen und die Opposition wurde inhaftiert. Bis heute sind französische Truppen im Camp de Gaulle am Stadtrand von Gabun stationiert. Bongo übernahm das Amt des Präsidenten, als M'Ba 1967 starb.
Bongo erklärte Gabun im März 1968 zum Einparteienstaat, löste die BDG auf und gründete die Parti Democratique Gabonais (PDG). Er begrüßte alle Gabuner zum Beitritt, unabhängig von ihrer früheren politischen Zugehörigkeit. Bongo nutzte die PDG als Vehikel, um die regionalen und Stammeskonflikte, die zuvor die gabunische Politik gespalten hatten, zu übertönen, um eine einheitliche nationale Bewegung zugunsten der Entwicklungsziele der Regierung zu schaffen. Im Februar 1975 wurde Bongo zum Präsidenten gewählt; im April 1975 wurde die Vizepräsidentschaft abgeschafft und durch das Amt des Premierministers ersetzt, das kein automatisches Nachfolgerecht hatte. Bongo wurde im Dezember 7 und November 1979 für eine Amtszeit von 1986 Jahren als Präsident wiedergewählt.
Studenten und Arbeiter führten Anfang der 1990er Jahre gewalttätige Proteste und Streiks durch, angeheizt von wirtschaftlicher Unzufriedenheit und dem Wunsch nach politischen Reformen. Als Reaktion auf deren Beschwerden arbeitete Bongo sektorweise mit Mitarbeitern zusammen und nahm erhebliche Gehaltskürzungen vor. Er sagte auch, er werde die PDG eröffnen und im März/April 1990 eine nationale politische Konferenz abhalten, um die künftige politische Struktur Gabuns zu erörtern. An dem Treffen nahmen die PDG und 74 Fraktionen teil. Die regierende PDG und ihre Anhänger wurden in zwei lose Koalitionen gespalten, die United Front of Opposition Associations and Parties, zu denen auch die abtrünnige Morena Fundamental und die Gabunische Fortschrittspartei gehörten.
Die Konferenz im April 1990 billigte bedeutende politische Veränderungen, einschließlich der Einrichtung eines nationalen Senats, der Dezentralisierung des Haushaltsverfahrens, der Versammlungs- und Pressefreiheit und der Abschaffung der Notwendigkeit eines Ausreisevisums. Bongo trat als PDG-Vorsitzender zurück, um den Übergang des politischen Systems zu einer Mehrparteiendemokratie zu leiten, und es wurde eine Übergangsverwaltung unter der Leitung eines neuen Premierministers, Casimir Oye-Mba, gebildet. Die daraus resultierende Regierung, bekannt als Gabunische Sozialdemokratische Gruppierung (RSDG), war kleiner als die vorherige und hatte Mitglieder verschiedener Oppositionsgruppen in ihrem Kabinett. Im Mai 1990 erstellte die RSDG eine vorläufige Verfassung, die einen Grundrechtskatalog und eine unabhängige Justiz enthielt, dem Präsidenten jedoch weitreichende Verwaltungsbefugnisse gab. Dieses Dokument trat im März 1991 nach zusätzlicher Prüfung durch einen Verfassungsausschuss und die Nationalversammlung in Kraft.
Die Opposition gegen die PDG hielt jedoch nach dem Treffen im April 1990 an, und im September 1990 wurden zwei Putschversuche aufgedeckt und vereitelt. Trotz regierungsfeindlicher Proteste nach dem unerwarteten Tod eines Oppositionsführers gewann die PDG eine starke Mehrheit im ersten Mehrparteien-National Parlamentswahlen in fast 30 Jahren im September–Oktober 1990.
Nach der Wiederwahl von Präsident Omar Bongo mit 51 % der Stimmen im Dezember 1993 weigerten sich die Kandidaten der Opposition, die Ergebnisse zu akzeptieren. Nach schweren zivilen Unruhen einigten sich Regierung und Oppositionsgruppen darauf, auf eine politische Lösung hinzuarbeiten. Diese Diskussionen führten zu den Pariser Abkommen, die im November 1994 unterzeichnet wurden und viele Oppositionsführer in eine Regierung der nationalen Einheit einschlossen. Dieses Arrangement brach jedoch schnell auseinander, und die Parlaments- und Kommunalwahlen von 1996 und 1997 bereiteten den Weg für eine Rückkehr zur Parteipolitik. Die PDG erzielte einen durchschlagenden Sieg bei den Parlamentswahlen, aber bei den Kommunalwahlen 1997 wurden in vielen großen Städten, einschließlich Libreville, Bürgermeister der Opposition gewählt.
Im Dezember 1998 fuhr Präsident Omar Bongo trotz einer gespaltenen Opposition mit großer Stimmenmehrheit zur Wiederwahl. Trotz zahlreicher angeblicher Anomalien bezeichneten mehrere ausländische Beobachter die Ergebnisse als repräsentativ, und es gab keine der gewalttätigen Unruhen, die den Wahlen von 1993 vorausgingen. Die PDG und verbundene Unabhängige kontrollierten die Nationalversammlung fast vollständig nach friedlichen, aber fehlerhaften Parlamentswahlen in den Jahren 2001–2002, die von einer Reihe kleinerer Oppositionsparteien boykottiert und wegen Verwaltungsmängeln streng verurteilt wurden. Präsident Omar Bongo wurde im November 2005 für eine sechste Amtszeit wiedergewählt. Er wurde bequem wiedergewählt, obwohl Gegner behaupten, dass die Wahl von Unregelmäßigkeiten geplagt war. Nach der Verkündung seines Sieges kam es zu einigen Gewalttaten, aber insgesamt blieb Gabun ruhig.
Im Dezember 2006 wurden Neuwahlen zur Nationalversammlung durchgeführt. Das Verfassungsgericht hob viele Sitze auf, die aufgrund von Abstimmungsunregelmäßigkeiten angefochten worden waren, aber die PDG behielt die Kontrolle über die Nationalversammlung bei den Stichwahlen Anfang 2007.
Präsident Omar Bongo starb am 8. Juni 2009 in einem spanischen Krankenhaus in Barcelona an einem Herzstillstand und läutete damit den Beginn einer neuen Ära in der gabunischen Politik ein. Rose Francine Rogombé, Präsidentin des Senats, wurde gemäß der geänderten Verfassung am 10. Juni 2009 zur Interimspräsidentin ernannt. Am 30. August 2009 wurden die ersten Wahlwettbewerbe in der Geschichte Gabuns ohne Omar Bongo als Kandidaten mit 18 Kandidaten für das Präsidentenamt durchgeführt. Im Vorfeld der Wahlen gab es einige kleinere Demonstrationen, aber keine größeren Störungen. Nach einer dreiwöchigen Prüfung durch das Verfassungsgericht wurde der Sohn von Omar Bongo, der Vorsitzende der regierenden Partei, Ali Bongo Ondimba, offiziell zum Sieger erklärt; seine Amtseinführung fand am 16. Oktober 2009 statt.
Viele Oppositionskandidaten behaupteten Wahlbetrug, und die erste Veröffentlichung von Wahlergebnissen löste ungewöhnlich gewalttätige Demonstrationen in Port-Gentil aus, der zweitgrößten Stadt des Landes und einer langjährigen Hochburg des Widerstands gegen die PDG-Regierung. Einwohner von Port-Gentil stürmten auf die Straße und zündeten eine Reihe von Geschäften und Wohnungen an, darunter das französische Konsulat und ein örtliches Gefängnis. Offiziellen Angaben zufolge wurden bei den Unruhen nur vier Menschen getötet, aber Oppositionelle und lokale Führer sagen, dass es noch viel mehr waren. Zur Unterstützung der sich abmühenden Polizei wurden Gendarmen und das Militär nach Port-Gentil entsandt, und es wurde eine mehr als dreimonatige Ausgangssperre verhängt.
Im Juni 2010 wurde eine teilweise gesetzgebende Nachwahl durchgeführt. Erstmals beteiligte sich eine neu gebildete Parteienkoalition, die Union Nationale (UNO). PDG-Überläufer, die nach Omar Bongos Tod aus der Partei ausgetreten sind, stellen die Mehrheit der UNO. Die PDG gewann drei der fünf hart umkämpften Sitze, die UN zwei; beide Parteien beanspruchten den Sieg.