Die maltesische Verfassung proklamiert den Katholizismus zur offiziellen Religion, trotz etablierter Schutzmaßnahmen für die Religionsfreiheit.
Der römische Katholizismus ist die am weitesten verbreitete Religion auf Malta. Die maltesische Verfassung definiert den Katholizismus als offizielle Religion, die auch in vielen Aspekten der maltesischen Kultur vertreten ist.
In Malta, Gozo und Comino gibt es etwa 360 Kirchen oder eine für je 1,000 Einwohner. Die Pfarrkirche (maltesisch: „il-parroa“ oder „il-knisja parrokkjali“) ist das architektonische und geografische Zentrum jeder maltesischen Stadt und jedes Weilers sowie die Quelle des Bürgerstolzes. Dieser städtische Stolz wird bei den örtlichen Dorffesten zur Schau gestellt, die den Schutzheiligen jeder Gemeinde mit Blaskapellen, religiösen Prozessionen, besonderen Messen, Pyrotechnik (insbesondere Petarden) und anderen Festlichkeiten feiern.
Malta ist ein Apostolischer Stuhl; die Apostelgeschichte spricht von einem Schiffbruch des Hl. Paulus auf der Insel „Melite“, die viele Bibelgelehrte als Malta identifizieren, auf seiner Reise von Jerusalem nach Rom, um vor Gericht zu stehen, ein Ereignis, das sich etwa im Jahr 60 n. Chr. ereignete. Hl. Paulus verbrachte drei Monate auf der Insel auf seiner Reise nach Rom, wie in der Apostelgeschichte berichtet, und heilte die Kranken, einschließlich des Vaters von Publius, dem „Hauptmann der Insel“. Diese Geschichte ist mit einer Reihe verschiedener Traditionen verbunden. Es wird angenommen, dass sich das Schiffsunglück in der heutigen St. Paul's Bay ereignet hat. Der heilige Publius, ein maltesischer Heiliger, soll zum ersten Bischof Maltas ernannt worden sein, und eine Grotte in Rabat, die heute als „St entdeckt wurde), ist einer der ältesten bekannten Orte der christlichen Anbetung auf der Insel.
Katakomben an verschiedenen Orten in ganz Malta, insbesondere die St. Pauls-Katakomben und die St. Agatha-Katakomben in der Nähe von Rabat, direkt hinter den Mauern von Mdina, liefern weitere Beweise für christliche Aktivitäten und Überzeugungen während der Zeit der römischen Verfolgung. Letztere wurden zwischen 1200 und 1480 besonders gut mit Fresken bemalt, aber einfallende Türken beschädigten in den 1550er Jahren mehrere von ihnen. Es gibt auch eine Reihe von Höhlenkirchen, wie die Grotte von Melliea, die ein Heiligtum der Geburt Unserer Lieben Frau ist und der Überlieferung nach hat der heilige Lukas dort ein Porträt der Madonna gemalt. Seit dem Mittelalter ist es ein Wallfahrtsort.
Nach den Akten des Konzils von Chalcedon war ein gewisser Acacius im Jahr 451 n. Chr. Bischof von Malta (Melitenus Episcopus). Es ist auch bekannt, dass ein gewisser Constantinus, Episcopus Melitenensis, im Jahr 501 n. Chr. am Fünften Ökumenischen Konzil teilnahm. Papst Gregor I. entließ 588 n. Chr. Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, und der Klerus und das maltesische Volk wählten 599 n. Chr. Trajan zu seinem Nachfolger. Vor der Eroberung der Inseln war der letzte dokumentierte Bischof von Malta ein Grieche namens Manas, der später in Palermo inhaftiert wurde.
Laut dem maltesischen Historiker Giovanni Francesco Abela behielten die Malteser ihren christlichen Glauben trotz der Invasion der Fatimiden nach ihrer Bekehrung zum Christentum durch St. Paul bei. Malta wird in Abelas Werken als ein von Gott eingesetztes „Bollwerk der christlichen, europäischen Kultur gegen die Ausbreitung des mediterranen Islam“ beschrieben. Im 12. und 13. Jahrhundert stärkte die Einwanderung aus Italien nach Malta die lokale christliche Bevölkerung, die Roger I. von Sizilien willkommen hieß.
Jahrhundertelang war die Kirche in Malta der Diözese Palermo unterstellt, außer unter Karl von Anjou, der Bischöfe für Malta auswählte, ebenso wie die Spanier und später in seltenen Fällen die Ritter. Seit 1808 haben alle maltesischen Bischöfe gedient. Malta wurde das hingebungsvolle katholische Land, das es heute ist, als Folge der normannischen und spanischen Ära sowie der Autorität der Ritter. Es ist erwähnenswert, dass das Amt des Inquisitors von Malta nach seiner Gründung im Jahr 1530 einen längeren Aufenthalt auf der Insel hatte: Der letzte Inquisitor verließ die Inseln im Jahr 1798, als die Ritter sich den Truppen Napoleon Bonapartes ergaben. Mehrere maltesische Familien zogen unter der Republik Venedig nach Korfu. Ihre Nachkommen machen etwa zwei Drittel der 4,000 Katholiken aus, die derzeit auf der Insel leben.
Maltas Schutzheilige sind Saint Paul, Saint Publius und Saint Agatha. Obwohl kein Schutzheiliger, gilt St. George Preca (San oder Preca) als zweiter maltesischer Heiliger, der nach St. Publius Malta, Maltas erstem anerkannten Heiligen (kanonisiert im Jahr 1634), heiliggesprochen wurde. Am 3. Juni 2007 sprach ihn Papst Benedikt XVI. heilig. Darüber hinaus wurde eine Reihe von Maltesern selig erklärt, insbesondere Maria Adeodata Pisani und Nazju Falzon, die 2001 von Papst Johannes Paul II. selig gesprochen wurden.
Malta ist die Heimat einer Reihe von römisch-katholischen Orden, darunter Jesuiten, Franziskaner, Dominikaner und Kleine Schwestern der Armen.
Die Mehrheit der Gemeinden der örtlichen protestantischen Kirchen sind keine Malteser; Ihre Gemeinden kommen aus den zahlreichen britischen Rentnern, die auf der Insel leben, sowie aus Touristen aus vielen anderen Ländern. In der Gegend gibt es etwa 600 Zeugen Jehovas. Jede der Churches of Jesus Christ of Latter-day Saints (LDS Church), die Bible Baptist Church und die Fellowship of Evangelical Churches hat etwa 60 Mitgliedsorganisationen. Andere konfessionelle Kirchen sind die St. Andrew's Scots Church in Valletta (eine gemischte presbyterianische und methodistische Gemeinde) und die St. Paul's Anglican Cathedral sowie eine Kirche der Siebenten-Tags-Adventisten in Birkirkara. 1983 wurde in Gwardamangia eine Gemeinde der Neuapostolischen Kirche gegründet.
Die jüdische Bevölkerung Maltas erreichte im Mittelalter unter normannischer Kontrolle ihren Höhepunkt. Malta und Sizilien wurden 1479 von den Aragonesern annektiert, und das Alhambra-Dekret von 1492 zwang alle Juden, aus der Nation zu fliehen, und erlaubte ihnen, nur wenige Dinge mitzunehmen. Mehrere hundert maltesische Juden sind möglicherweise zum Christentum konvertiert, um während dieser Zeit in der Nation zu bleiben. Heute gibt es nur noch eine jüdische Gemeinde.
Der Zen-Buddhismus und der Bahá'-Glaube haben beide etwa 40 Anhänger.
Die Mariam Al-Batool-Moschee ist die einzige muslimische Moschee der Stadt. Eine muslimische Grundschule wurde gerade gegründet. Von den geschätzten 3,000 Muslimen in Malta sind etwa 2,250 Einwanderer, 600 eingebürgerte Staatsbürger und 150 gebürtige Malteser.