François Bozizé setzte die Verfassung außer Kraft und ernannte eine neue Regierung, die sich aus der Mehrheit der Oppositionsparteien zusammensetzte. Die Ernennung von Abel Goumba zum Vizepräsidenten stärkte das Image der neuen Regierung von Bozizé. Bozizé bildete einen breit angelegten Nationalen Übergangsrat, um eine neue Verfassung zu schreiben, und erklärte seine Absicht, zurückzutreten und für ein Amt zu kandidieren, sobald die neue Verfassung angenommen sei.
Der Buschkrieg in der Zentralafrikanischen Republik begann 2004, als Anti-Bozizé-Gruppen Waffen gegen seine Regierung erhoben. Im Mai 2005 gewann Bozizé eine Präsidentschaftswahl, die Patassé ausschloss, und die Kämpfe zwischen der Regierung und den Rebellen gingen 2006 weiter. Die Regierung von Bozizé bat im November 2006 um französische Militärhilfe, um ihnen zu helfen, Aufständischen zu widerstehen, die die Kontrolle über Städte in den nördlichen Provinzen des Landes übernommen hatten . Obwohl sich die ersten öffentlichen Einzelheiten des Abkommens auf Logistik und Geheimdienste konzentrierten, umfasste die französische Unterstützung letztendlich Angriffe von Mirage-Flugzeugen auf Rebellenpositionen.
Das im Februar unterzeichnete Syrte-Abkommen und das im April 2007 unterzeichnete Birao-Friedensabkommen forderten eine Einstellung der Feindseligkeiten, die Einquartierung von FDPC-Kämpfern und ihre Integration in die FACA, die Freilassung politischer Gefangener und die Integration der FDPC in die Regierung , eine Amnestie für die UFDR, die Anerkennung als politische Partei und die Integration ihrer Kämpfer in die nationale Armee. Mehrere Organisationen kämpften weiter, andere unterzeichneten den Pakt oder ähnliche Vereinbarungen mit der Regierung (z. B. UFR am 15. Dezember 2008). Die CPJP, die einzige bedeutende Organisation, die zu diesem Zeitpunkt kein Abkommen unterzeichnete, behielt ihre Tätigkeit bei und unterzeichnete am 25. August 2012 ein Friedensabkommen mit der Regierung.
Bozizé wurde 2011 in einer weitgehend als manipuliert angesehenen Wahl wiedergewählt.
Séléka, eine Allianz von Rebellenorganisationen, übernahm im November 2012 die Kontrolle über Städte in den nördlichen und zentralen Regionen des Landes. Diese Parteien handelten schließlich im Januar 2013 ein Friedensabkommen mit der Regierung von Bozizé aus, einschließlich einer Machtteilungsregierung, aber das Abkommen scheiterte. und die Rebellen übernahmen im März 2013 die Kontrolle über die Hauptstadt und zwangen Bozizé, aus dem Land zu fliehen.
Michel Djotodia wurde zum Präsidenten gewählt, und im Mai 2013 beantragte Premierminister Nicolas Tiangaye eine UN-Friedensmission beim UN-Sicherheitsrat, und am 31. Mai wurde der frühere Präsident Bozizé wegen Verbrechen gegen die Menschlichkeit und Anstiftung zum Völkermord angeklagt.
Von Juni bis August 2013 verbesserte sich die Sicherheitslage nicht, und es gab Berichte über über 200,000 Binnenvertriebene (IDPs) sowie Menschenrechtsverletzungen und erneute Gewalt zwischen Séléka- und Bozizé-Anhängern.
Der französische Präsident François Hollande hat den Sicherheitsrat der Vereinten Nationen und die Afrikanische Union aufgefordert, die Bemühungen zur Stabilisierung des Landes zu verstärken. Die Séléka-Regierung galt als gebrochen. Djotodia löste Seleka im September 2013 offiziell auf, aber viele Rebellen weigerten sich zu entwaffnen und entfernten sich weiter von der Regierungsgewalt.
Die Gewalt verschlimmerte sich gegen Ende des Jahres, was internationale Befürchtungen eines „Völkermords“ auslöste, und die Kämpfe waren hauptsächlich das Ergebnis von Vergeltungsangriffen auf Zivilisten durch Selekas hauptsächlich muslimische Soldaten und christliche Milizen, die als „Anti-Balaka“ bekannt sind.
Michael Djotodia und sein Premierminister Nicolas Tiengaye traten am 11. Januar 2014 im Rahmen einer Vereinbarung zurück, die auf einer Regionalkonferenz im benachbarten Tschad erzielt wurde. Der Nationale Übergangsrat wählte Catherine Samba-Panza zur vorläufigen Präsidentin, und sie trat ihr Amt am 23. Januar an. Sie wurde die erste weibliche Präsidentin Zentralafrikas. Marie-Nolle Koyara wurde die erste weibliche Verteidigungsministerin seit der Unabhängigkeit im Januar 2015.
Am 18. Februar 2014 forderte der Generalsekretär der Vereinten Nationen, Ban Ki-moon, den UN-Sicherheitsrat auf, schnell 3,000 Soldaten in die Nation zu entsenden, um gegen das zu kämpfen, was er als vorsätzliches Zielen und Massenmord an unschuldigen Menschen bezeichnete. Der Generalsekretär präsentierte eine Sechs-Punkte-Strategie, die den Einsatz von 3,000 Friedenstruppen beinhaltete, um die 6,000 Soldaten der Afrikanischen Union und 2,000 französische Streitkräfte, die sich derzeit im Land befinden, zu ergänzen.
Nach kongolesischen Vermittlungsbemühungen unterzeichneten Séléka und Anti-Balaka-Beamte am 23. Juli 2014 in Brazzaville ein Waffenstillstandsabkommen.
Am 14. Dezember 2015 erklärte der Kommandant der Séléka-Rebellen die Republik Logone für unabhängig.