Bevor im 10. Jahrhundert Wellen von Bantu-Völkern aus dem Norden einwanderten, hatte die Region Afrikas, die heute als Malawi bekannt ist, eine relativ kleine Population von Jägern und Sammlern. Obwohl die Mehrheit der Bantu-Völker nach Süden zog, blieben einige und bildeten ethnische Gruppierungen auf der Grundlage gemeinsamer Vorfahren. Die Stämme bildeten um 1500 n. Chr. das Königreich Maravi, das sich vom Norden des heutigen Nkhotakota bis zum Sambesi-Fluss und vom Malawi-See bis zum Luangwa-Fluss in Sambia erstreckte.
Lokale Stammesangehörige begannen bald nach 1600, als die Region unter einem einheimischen Monarchen weitgehend vereint war, sich mit portugiesischen Kaufleuten und Militärangehörigen zu treffen, mit ihnen Geschäfte zu machen und Bündnisse mit ihnen einzugehen. Bis 1700 war das Reich jedoch in Regionen zerfallen, die von verschiedenen ethnischen Gruppen regiert wurden. Mitte des 1800. Jahrhunderts erreichte der Swahili-arabische Sklavenhandel seinen Höhepunkt, als geschätzte 20,000 Menschen versklavt und jährlich von Nkhotakota nach Kilwa transportiert wurden, wo sie verkauft wurden.
1859 erreichte der Missionar und Entdecker David Livingstone den Malawi-See (damals Nyasa-See) und entdeckte das Shire-Hochland südlich des Sees als tragfähigen Ort für die europäische Besiedlung. Infolge von Livingstones Besuch in den 1860er und 1870er Jahren wurden in der Region mehrere anglikanische und presbyterianische Missionen gegründet. Die African Lakes Company Limited wurde 1878 gegründet, um ein Handels- und Transportunternehmen zu gründen, das eng mit den Missionen zusammenarbeitet, sowie eine kleine Mission und einen Handel 1876 wurde in Blantyre eine Siedlung gegründet, 1883 ließ sich dort ein britischer Konsul nieder. Da auch die portugiesische Regierung an der Region interessiert war, entsandte die britische Regierung Harry Johnston als britischen Konsul mit dem Auftrag, Verträge mit lokalen Behörden außerhalb des Portugiesischen auszuhandeln Behörde, um eine portugiesische Annexion zu vermeiden.
Das Protektorat Britisch-Zentralafrika wurde 1889 über den Shire Highlands errichtet und 1891 auf das gesamte heutige Malawi ausgedehnt. Das Protektorat wurde 1907 in Njassaland umbenannt und behielt diesen Namen für den Rest seiner britischen Verwaltung. Die Kolonialverwaltung von Njassaland wurde 1891 gegründet und ist ein klassisches Beispiel für das, was oft als „dünne weiße Linie“ der Kolonialmacht in Afrika bezeichnet wird. Den Verwaltern wurde ein Jahresbudget von 10,000 Pfund (Nominalwert von 1891) gewährt, genug, um zehn europäische Bürger, zwei Militärkommandanten, siebzig Punjab-Sikhs und 85 Sansibar-Träger einzustellen. Von diesen wenigen Mitarbeitern wurde dann erwartet, dass sie ein 94,000 Quadratkilometer großes Gebiet mit einer Bevölkerung von ein bis zwei Millionen Menschen verwalten und überwachen.
Der Nyasaland African Congress (NAC) wurde 1944 von den Afrikanern von Nyasaland gegründet, um lokale Anliegen gegenüber der britischen Verwaltung zu vertreten. Aus rein politischen Gründen schloss sich Großbritannien 1953 Njassaland mit Nord- und Südrhodesien in der Föderation von Rhodesien und Njassaland an, die oft als Zentralafrikanische Föderation (CAF) bekannt ist. Trotz der Halbunabhängigkeit der Föderation löste die Verbindung afrikanisch-nationalistischen Widerstand aus die NAC erwarb öffentliche Unterstützung. Dr. Hastings Banda, ein in Ghana praktizierender Arzt mit europäischer Ausbildung, der 1958 überredet wurde, nach Njassaland zurückzukehren, um der nationalistischen Bewegung zu helfen, war ein mächtiger Gegner der CAF. Bevor er 1959 von den Kolonialbehörden inhaftiert wurde, wurde Banda zum Präsidenten der NAC gewählt und versuchte, nationalistische Begeisterung zu mobilisieren. 1960 wurde er freigelassen und eingeladen, beim Entwurf einer neuen Verfassung für Njassaland mitzuwirken, die eine Bestimmung enthielt, die den Afrikanern eine Mehrheit im Legislativrat der Kolonie einräumte.
Bei den Wahlen zum Gesetzgebenden Rat im Jahr 1961 gewann Bandas Malawi Congress Party (MCP) die Mehrheit, und er wurde 1963 Premierminister. Die Föderation wurde 1963 aufgelöst, und Njassaland erklärte am 6. Juli 1964 seine Unabhängigkeit von britischer Kontrolle und benannte sich selbst in Malawi um . Malawi wurde unter einer neuen Verfassung eine Republik mit Banda als erstem Präsidenten. Malawi ist jetzt offiziell ein Einparteienstaat, mit der MCP als einzig legitimer politischer Partei. Banda wurde 1971 zum Präsidenten auf Lebenszeit gewählt. Fast 30 Jahre lang herrschte Banda über ein streng autoritäres System, das Malawi von gewalttätigen Auseinandersetzungen fernhielt. Im Exil bildeten sich Oppositionsgruppen wie die Malawi Freedom Movement von Orton Chirwa und die Socialist League of Malawi.
Malawis Wirtschaft unter der Präsidentschaft von Banda wurde oft als Beispiel dafür angepriesen, wie ein armes Land ohne Zugang zum Meer, dicht bevölkert und arm an Bodenschätzen landwirtschaftliches und industrielles Wachstum erzielen könnte.
Banda baute ein Handelsimperium auf, während er an der Macht war, und nutzte seine Kontrolle über die Nation, um ein Drittel des BIP des Landes zu erwirtschaften und 10 % der lohnabhängigen Bevölkerung des Landes zu beschäftigen. Banda investierte sein gesamtes Einkommen in die Entwicklung Malawis, was durch den Bau der Kamuzu Academy, eines angesehenen Internats (Eton of Africa), symbolisiert wurde. Die Motivation, Malawi diese Schule zu geben, war nach Bandas eigenen Worten: „Ich möchte nicht, dass meine Söhne und Töchter das tun müssen, was ich tun musste – ihre Häuser und Familien verlassen und aus Malawi wegreisen, um eine Ausbildung zu erhalten. ”
Unter der Forderung nach mehr politischer Freiheit stimmte Banda 1993 einem Referendum zu, bei dem das Volk für eine Mehrparteiendemokratie stimmte. Ende 1993 wurde ein Präsidialrat eingerichtet, die lebenslange Präsidentschaft abgeschafft und eine neue Verfassung erlassen, wodurch die Herrschaft der MCP beendet wurde. 1994 hatte Malawi seine ersten Mehrparteienwahlen, und Banda wurde von Bakili Muluzi (einem ehemaligen Generalsekretär der MCP und ehemaligen Kabinettsminister von Banda) besiegt. Muluzi wurde 1999 als Präsident wiedergewählt und diente bis 2004, als Dr. Bingu wa Mutharika gewählt wurde. Obwohl das politische Klima als „schwierig“ bezeichnet wird, besteht Malawis Mehrparteiensystem seit 2009 noch immer. Im Mai 2009 führte Malawi seine vierten Mehrparteiengesetzgebungs- und Präsidentschaftswahlen durch, wobei Präsident Mutharika unter Vorwürfen des Wahlbetrugs wiedergewählt wurde sein Gegner.
Einige sahen Präsident Mutharika als diktatorischer und menschenrechtsverachtender an, und im Juli 2011 brachen Demonstrationen wegen steigender Lebenshaltungskosten, Verlagerung internationaler Beziehungen, schlechter Verwaltung und knapper Devisenreserven aus. Die Demonstrationen führten zum Tod von 18 Personen und der Verletzung von mindestens 44 weiteren. Mutharika starb nach einem Herzinfarkt im April 2012, und die ehemalige Vizepräsidentin Joyce Banda wurde Präsidentin.
Joyce Banda belegte bei den Wahlen 2014 den dritten Platz und wurde von Arthur Peter Mutharika, dem Bruder des drittgewählten Präsidenten Malawis, abgelöst.