Die nächsten 30 Jahre waren geprägt von politischen Umbrüchen. In einem bewaffneten Staatsstreich am 3. August 1975 wurde Präsident Ahmed Abdallah abgesetzt und durch Prinz Said Mohamed Jaffar, Mitglied der United National Front of the Comoros (FNUK), ersetzt. Im Januar 1976 wurde Jaffar zugunsten seines Verteidigungsministers Ali Soilih abgesetzt.
In zwei damals abgehaltenen Referenden entschieden sich die Einwohner von Mayotte gegen die Unabhängigkeit von Frankreich. Die erste erhielt am 22. Dezember 1974 63.8 Prozent Unterstützung für die Aufrechterhaltung der Beziehungen zu Frankreich, und die zweite erhielt im Februar 1976 erstaunliche 99.4 Prozent. Präsident Soilih, der die drei überlebenden Inseln regierte, setzte eine Reihe sozialistischer und isolationistischer Maßnahmen um, die die Beziehungen zu Frankreich belasteten. Bob Denard kehrte am 13. Mai 1978 mit der Unterstützung der französischen, rhodesischen und südafrikanischen Regierung zurück, um Präsident Soilih abzusetzen und Abdallah wiederherzustellen. Während Soilihs kurzer Regierungszeit war er sieben weiteren Putschversuchen ausgesetzt, bevor er abgesetzt und ermordet wurde.
Abdallahs Präsidentschaft war im Gegensatz zu der von Soilih durch autoritäre Kontrolle und eine stärkere Hingabe an den traditionellen Islam gekennzeichnet, und die Nation wurde in Islamische Bundesrepublik der Komoren (République Fédérale Islamique des Comores; ) umbenannt. Aus Angst vor einem Staatsstreich blieb Abdallah Präsident, bis er 1989 eine Proklamation herausgab, in der er der von Bob Denard kommandierten Präsidentengarde befahl, die Streitkräfte zu entwaffnen. Berichten zufolge wurde Abdallah kurz nach der Unterzeichnung des Dekrets von einem wütenden Militäroffizier in seinem Büro erschossen, aber späteren Berichten zufolge wurde eine Panzerabwehrrakete auf sein Schlafzimmer abgefeuert und tötete ihn. Obwohl Denard verwundet wurde, wird angenommen, dass Abdallahs Mörder ein Soldat unter seinem Kommando war.
Bob Denard wurde einige Tage später von französischen Fallschirmjägern nach Südafrika geflogen. Präsident wurde später Said Mohamed Djohar, Soilihs älterer Halbbruder, der bis September 1995 regierte, als Bob Denard zurückkehrte und einen weiteren Putsch versuchte. Denard musste sich ergeben, als Frankreich mit Fallschirmjägern intervenierte. Djohar wurde von den Franzosen nach Réunion deportiert und Mohamed Taki Abdoulkarim, der von Paris unterstützt wurde, zum Präsidenten gewählt. Er war von 1996 bis zu seinem Tod im November 1998 der Führer des Landes, während einer Zeit, die von Arbeiterunruhen, staatlicher Unterdrückung und Separatistenkriegen geprägt war. Sein Nachfolger wurde Interimspräsident Tadjidine Ben Said Masssounde.
In dem Bemühen, die französische Souveränität zurückzugewinnen, erklärten die Inseln Anjouan und Mohéli 1997 ihre Unabhängigkeit von den Komoren. Frankreich wandte sich jedoch gegen ihren Antrag, was zu gewalttätigen Zusammenstößen zwischen Bundestruppen und Aufständischen führte. Oberst Azali Assoumani, der Stabschef der Armee, stürzte Interimspräsident Massounde im April 1999 in einem unblutigen Putsch und behauptete, angesichts der Krise eine schlechte Führung zu haben. Seit der Unabhängigkeit im Jahr 1975 haben die Komoren 18 Staatsstreiche oder Staatsstreichversuche erlebt.
Azalis Versäumnis, seine Autorität zu festigen und die Kontrolle über die Inseln wiederherzustellen, wurde weltweit verurteilt. Die Afrikanische Union, angeführt vom südafrikanischen Präsidenten Thabo Mbeki, verhängte Strafen gegen Anjouan, um den Vermittlungs- und Versöhnungsprozess zu unterstützen. Der formelle Name des Landes wurde in Union der Komoren geändert, und ein neues System der politischen Autonomie für jede Insel sowie eine Gewerkschaftsverwaltung für die drei Inseln wurden eingerichtet.
Azali trat 2002 beiseite, um in einer demokratischen Wahl, die er gewann, um das Amt des Präsidenten der Komoren zu kämpfen. Als Militärdiktator, der zunächst gewaltsam an die Macht gekommen war und während seiner Regierungszeit nicht immer demokratisch war, führte Azali die Komoren trotz anhaltender internationaler Kritik durch Verfassungsrevisionen, die Neuwahlen ermöglichten. Anfang 2005 wurde ein Loi des Compétences-Gesetz verabschiedet, das die Pflichten jeder Regierungsbehörde festlegt und derzeit umgesetzt wird. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, ein sunnitisch-muslimischer Geistlicher, der wegen seiner Jahre des Islamstudiums im Iran als „Ayatollah“ bezeichnet wird, gewann die Wahlen 2006. Azali akzeptierte die Wahlergebnisse und ermöglichte damit den ersten friedlichen und demokratischen Machtwechsel auf dem Archipel.
Oberst Mohammed Bacar, ein ehemaliger in Frankreich ausgebildeter Gendarm, übernahm 2001 die Kontrolle in Anjouan. Im Juni 2007 hielt er ein Referendum ab, um seine Führung zu bestätigen, was sowohl von der Bundesregierung der Komoren als auch von der Afrikanischen Union als verfassungswidrig verurteilt wurde. Hunderte Truppen der Afrikanischen Union und der Komoren marschierten am 25. März 2008 in das von Rebellen gehaltene Anjouan ein, zur Freude der lokalen Bevölkerung: Hunderte, wenn nicht Tausende von Menschen wurden unter Bacars Herrschaft gefoltert. Einige Rebellen wurden getötet oder verwundet, aber es liegen keine offiziellen Zahlen vor. Bei dem Angriff wurden mindestens 11 Menschen verletzt. Eine Reihe von Beamten wurde inhaftiert. Bacar floh mit einem Schnellboot nach Mayotte, einer Enklave im französischen Indischen Ozean, um Zuflucht zu suchen. Auf den Komoren brachen anti-französische Demonstrationen aus.
Seit der Unabhängigkeit von Frankreich hat es auf den Komoren mehr als 20 Putsche oder Putschversuche gegeben.
Am 26. Mai 2011 wurde der frühere Vizepräsident Ikililou Dhoinine nach Wahlen Ende 2010 als Präsident vereidigt. Dhoinine, ein Mitglied der Regierungspartei, wurde bei der Wahl von Präsident Ahmed Abdallah Mohamed Sambi unterstützt. Dhoinine, von Beruf Apotheker, ist der erste Präsident der Komoren und stammt von der Insel Mohéli.