Die Region um Dschibuti ist seit der Jungsteinzeit besiedelt. Linguisten glauben, dass um diese Zeit herum die ersten afroasiatisch sprechenden Menschen aus dem vermeintlichen Urheimat („Urheimat“) der Familie im Niltal oder im Nahen Osten in die Region einwanderten. Andere glauben, dass die afroasiatische Sprachfamilie in situ am Horn entstand und sich die Menschen von dort aus ausbreiteten.
In Asa Koma, einer Binnenseeregion in der Gobaad-Ebene, wurde Keramik aus der Mitte des zweiten Jahrtausends entdeckt. Die Keramik der Stätte weist punktierte und eingeschnittene geometrische Muster auf, die mit der Sabir-Kulturphase-1-Keramik aus Ma'layba in Südarabien vergleichbar sind. In Asa Koma wurden auch langhörnige, höckerlose Kuhknochen gefunden, was darauf hinweist, dass es vor etwa 3,500 Jahren domestizierte Rinder gab. Bei Dorra und Balho gibt es weitere Felsmalereien, die Antilopen und eine Giraffe darstellen.
Eine Reihe von anthropomorphen und phallischen Stelen kann auch zwischen Dschibuti-Stadt und Loyada gefunden werden. Die Konstruktionen sind mit rechteckigen Gräbern verbunden, die von vertikalen Platten begrenzt sind, die ebenfalls in Zentraläthiopien entdeckt wurden. Die Stelen in Djibouti-Loyada sind von unbekannter Antike, und einige von ihnen haben ein T-förmiges Zeichen.
Dschibuti gilt als der wahrscheinlichste Ort der Region, die den alten Ägyptern als Punt (oder Ta Netjeru, was „Gottes Land“ bedeutet) bekannt ist, zusammen mit Nordsomalia, Eritrea und der Küste des Roten Meeres im Sudan. Das Land Punt wurde ursprünglich im 25. Jahrhundert v. Chr. erwähnt. Die Puntiten waren ein Volk, das unter der Herrschaft von Pharao Sahure aus der fünften Dynastie und Königin Hatschepsut aus der achtzehnten Dynastie starke Verbindungen zum alten Ägypten hatte. Laut Tempelmalereien in Deir el-Bahari regierten König Parahu und Königin Ati während dieser Zeit das Land Punt.
Die ethnischen Gruppen der Somalier und Afar in der Region gehörten zu den ersten Menschen auf dem Kontinent, die den Islam annahmen, nachdem sie mehr als 1,000 Jahre lang mit der benachbarten arabischen Halbinsel Handel getrieben hatten.
Am Horn von Afrika war das Ifat-Sultanat ein mittelalterliches Land. Es wurde 1285 von der Walashma-Dynastie gegründet und hatte seinen Hauptsitz in Zeila. Ifat nahm seine Operationen in Dschibuti und Nordsomalia auf und zog dann nach Süden in die Ahmar-Berge. 1285 eroberte sein Sultan Umar Walashma (oder nach einem anderen Bericht sein Sohn Ali) das Sultanat Shewa. Laut Taddesse Tamrat war die Militärexpedition von Sultan Umar ein Versuch, muslimische Besitztümer am Horn zu vereinen, ähnlich dem Bestreben von Kaiser Yekuno Amlak, gleichzeitig christliche Königreiche im Hochland zu vereinen. Diese beiden Staaten stießen schließlich über Shewa und anderen südlichen Regionen zusammen. Ein langer Kampf brach aus, obwohl die muslimischen Sultanate dieser Zeit nicht gut koordiniert waren. 1332 zerstörte Kaiser Amda Seyon I. von Äthiopien Ifat und zog sich aus Shewa zurück.
Das Gebiet nördlich des Golfs von Tadjoura war von 1862 bis 1894 als Obock bekannt und wurde von somalischen und Afar-Sultanen regiert, lokalen Herrschern, mit denen Frankreich zwischen 1883 und 1887 mehrere Verträge aushandelte, um eine Präsenz in der Region aufzubauen. Léonce Lagarde gründete 1894 eine ständige französische Regierung in Dschibuti und benannte das Territorium in Französisch-Somaliland um. Es dauerte von 1896 bis 1967, als das Territoire Français des Afars et des Issas (TFAI) („Französisches Territorium der Afars und der Issas“) gegründet wurde.
Dschibuti führte 1958, am Vorabend der Unabhängigkeit des benachbarten Somalia im Jahr 1960, ein Referendum durch, um zu entscheiden, ob es der somalischen Republik beitreten oder bei Frankreich bleiben sollte. Das Referendum führte zu einer Ja-Stimme der großen ethnischen Gemeinschaft der Afar sowie der ansässigen Europäer, was darauf hinweist, dass die Beziehungen des Landes zu Frankreich aufrechterhalten werden sollten. Auch massive Wahlmanipulationen wurden vorgeworfen. Die Mehrheit der Nein-Stimmen waren Somalier, die Mahmoud Harbi, den Vizepräsidenten des Regierungsrates, in seinem Vorschlag für ein vereintes Somalia unterstützten. Harbi starb zwei Jahre später bei einem Flugzeugunfall.
Ein zweites Referendum wurde 1967 durchgeführt, um über die Zukunft des Gebiets zu entscheiden. Die vorläufigen Ergebnisse deuteten darauf hin, dass die Verbindung mit Frankreich aufrechterhalten werden sollte, wenn auch mit lockererem Griff. Die Abstimmung war auch nach ethnischen Gesichtspunkten gespalten, wobei die Mehrheit der ansässigen Somalier für die Unabhängigkeit mit dem Ziel der endgültigen Vereinigung mit Somalia stimmte, während die Afars sich dafür entschieden, bei Frankreich zu bleiben. Das Referendum wurde erneut von Vorwürfen der Wahlmanipulation durch die französische Regierung geplagt. Die ehemalige Côte française des Somalis (französisch Somaliland) wurde kurz nach der Abstimmung in Territoire français des Afars et des Issas umbenannt.
Ein drittes Referendum wurde 1977 abgehalten. Der Loslösung von Frankreich wurde von einem Erdrutschsieg von 98.8 % der Wähler zugestimmt, was offiziell die Unabhängigkeit Dschibutis markierte. Hassan Gouled Aptidon, ein somalischer Politiker, der sich für ein Ja im Referendum von 1958 einsetzte, wurde der erste Präsident des Landes (1977–1999).
Dschibuti trat innerhalb seines ersten Jahres der Organisation für Afrikanische Einheit (heute Afrikanische Union), der Arabischen Liga und den Vereinten Nationen bei. Das junge Land war 1986 auch Gründungsmitglied der Zwischenstaatlichen Behörde für Entwicklung, einer regionalen Entwicklungsorganisation.
Spannungen zwischen der in Dschibuti regierenden People's Rally for Progress (PRP) und der oppositionellen Front for the Restoration of Unity and Democracy (FRUD) über die Regierungsvertretung führten Anfang der 1990er Jahre zu gewaltsamen Kriegen. Im Jahr 2000 wurde die Pattsituation durch einen Power-Sharing-Deal gebrochen.