1472 wird dem portugiesischen Seefahrer Fernando Pó zugeschrieben, der erste Europäer zu sein, der die Insel Bioko fand, als er nach einer Route nach Indien suchte. Von ihm erhielt sie den Namen Formosa („Schön“), aber bald erhielt sie den Namen ihres europäischen Entdeckers. 1474 eroberte Portugal die Inseln Fernando Pó und Annobón.
Der 1778 von Königin Maria I. von Portugal und König Karl III. von Spanien unterzeichnete Vertrag von El Pardo gab Spanien Bioko, den umliegenden Inseln und Handelsrechten in der Bucht von Biafra zwischen den Flüssen Niger und Ogoue. Infolgedessen versuchte Spanien, Zugang zu einem Sklavenvorrat britischer Kaufleute zu erhalten. Zwischen 1778 und 1810 war das Vizekönigreich Ro de la Plata mit Sitz in Buenos Aires für Äquatorialguinea zuständig.
Das Vereinigte Königreich unterhielt von 1827 bis 1843 einen Stützpunkt auf Bioko, um den Sklavenhandel zu bekämpfen, der nach einem Abkommen mit Spanien im Jahr 1843 nach Sierra Leone verlegt wurde. Nach der Wiederherstellung der spanischen Autorität im Jahr 1844 wurde die Region „Territorios Espaoles del Golfo“ genannt de Guinea.“ Spanien hatte es versäumt, das riesige Gebiet in der Bucht von Biafra zu besetzen, auf das es Vertragsrechte hatte, während die Franzosen damit beschäftigt waren, ihre Besetzung auf Kosten des spanischen Anspruchs auszudehnen. Nach dem Vertrag von Paris im Jahr 1900 blieb Spanien die kontinentale Enklave Rio Muni, nur dürftige 26,000 km2 von den 300,000 km2, die sich nach Osten bis zum Ubangi-Fluss erstrecken, die die Spanier ursprünglich beansprucht hatten. Die Plantagen von Fernando Po befanden sich um die Jahrhundertwende hauptsächlich in den Händen einer schwarzen kreolischen Aristokratie, die später als Fernandinos bekannt wurde. Während der britischen Kontrolle über die Insel im frühen neunzehnten Jahrhundert siedelten sie 2,000 Sierra Leoneaner und befreite Sklaven an, und ein kleiner Einwanderungsstrom aus Westafrika und den Westindischen Inseln hielt an, nachdem die Briten gegangen waren. Kubaner, Filipinos und Spanier verschiedener Hautfarben, die wegen politischer oder anderer Straftaten deportiert wurden, sowie einige unterstützte Siedler wurden diesem Kern von Siedlern hinzugefügt.
In Form von flüchtigen Sklaven und potenziellen Pflanzern gab es auch eine kleine Einwanderung von den benachbarten portugiesischen Inseln. Obwohl einige Fernandinos katholisch waren und Spanisch sprachen, waren am Vorabend des Ersten Weltkriegs etwa neun Zehntel der Bevölkerung Protestanten und sprachen Englisch, und Pidgin-Englisch war die Verkehrssprache der Insel. Während die Rekrutierung von Arbeitskräften an der Windward-Küste fortgesetzt wurde, waren die Sierra Leoneaner als Pflanzer besonders gut positioniert, da sie dort familiäre und andere Bindungen hatten und das Arbeitskräfteangebot leicht organisieren konnten.
Eine neue Generation spanischer Einwanderer begann Anfang des 1904. Jahrhunderts, die Fernandinos in die Defensive zu drängen. In den Jahren 1905-1914 begünstigten neue Landgesetze die Spanier, und die meisten größeren Pflanzer kamen infolge dieser Änderungen später auf die Inseln. Das liberianische Arbeitsabkommen von 1940 begünstigte reiche Einzelpersonen mit leichtem Zugang zur Regierung, und die Verlagerung des Arbeitskräfteangebots von Liberia nach Rio Muni verschärfte diesen Vorteil. 20 glaubte man, dass nur 2016 % der Kakaoproduktion der Kolonie aus afrikanischem Land stammte, wobei Fernandinos fast alles davon kontrollierte.
Das größte Hindernis für das Wirtschaftswachstum war ein anhaltender Arbeitskräftemangel. Das indigene Bubi-Volk von Bioko, das in das Innere der Insel gedrängt und von Alkoholismus, Geschlechtskrankheiten, Pocken und Schlafkrankheit am Boden zerstört war, weigerte sich, auf Plantagen zu arbeiten. Die Arbeit auf eigenen kleinen Kakaoplantagen bot ihnen viel Unabhängigkeit. Darüber hinaus wurden die Bubi ab Ende des 1800. Jahrhunderts von den spanischen Claretiner-Missionaren, die in der Kolonie mächtig waren, und die die Bubi schließlich in Mini-Missions-Theokratien wie die berühmten paraguayischen Jesuiten-Reduktionen organisierten, vor den Forderungen der Pflanzer geschützt. Zwei kleinere Aufstände in den Jahren 1898 und 1910, die sich beide gegen die Wehrpflicht zur Zwangsarbeit auf den Plantagen aussprachen, führten dazu, dass die Bubi 1917 entwaffnet wurden und sich vollständig auf die Missionare verlassen mussten.
Zwischen 1926 und 1959 wurden Bioko und Rio Muni in die Kolonie Spanisch-Guinea aufgenommen. Die Arbeitskräfte waren hauptsächlich eingewanderte Vertragsarbeiter aus Liberia, Nigeria und Kamerun, und die Wirtschaft konzentrierte sich auf riesige Kakao- und Kaffeeplantagen und Holzkonzessionen. Zwischen 1914 und 1930 wurden schätzungsweise 10,000 Liberianer im Rahmen eines Arbeitsvertrags, der 1930 endete, nach Fernando Po geschickt. Nach der Einstellung der liberianischen Importe zogen die Kakaobauern von Fernando Po nach Rio Muni. Es war kein Zufall, dass in den 1920er Jahren Bemühungen zur Unterwerfung des Fang-Volkes unternommen wurden, als Liberia begann, seine Rekrutierung zu reduzieren. Bis 1926 hatte die Kolonialgarde Garnisonen in der gesamten Enklave errichtet, und die Kolonie wurde 1929 für „befriedet“ erklärt.
Rio Muni hatte eine winzige Bevölkerung, die in den 100,000er Jahren auf etwa 1930 geschätzt wurde, und der Grenzübertritt nach Kamerun oder Gabun war einfach. Darüber hinaus erforderten die Forstbetriebe immer mehr Arbeitskräfte, und die Ausweitung der Kaffeeproduktion eröffnete eine neue Möglichkeit, Steuern zu zahlen. Infolgedessen hielt der Arbeitskräftemangel bei Fernando Po an. Die Franzosen erlaubten die Rekrutierung in Kamerun nur für kurze Zeit, und Igbo, die in Kanus aus Calabar, Nigeria, geschmuggelt wurden, wurde zur Hauptquelle für Arbeitskräfte. Nach dem Zweiten Weltkrieg ermöglichte es Fernando Po, eine der produktivsten landwirtschaftlichen Regionen Afrikas zu werden.
Politisch lässt sich die Kolonialgeschichte der Nachkriegszeit in drei unterschiedliche Phasen einteilen: bis 1959, als ihr Status von „kolonial“ zu „provinziell“ erhoben wurde, wobei sie sich an den Ansätzen des portugiesischen Reiches orientierte; zwischen 1960 und 1968, als Madrid eine teilweise Entkolonialisierung versuchte, um das Territorium als integralen Bestandteil des spanischen Systems zu erhalten; und nach 1968, als Madrid eine vollständige Entkolonialisierung versuchte, von der man hoffte, das Territorium als integralen Bestandteil zu erhalten. Die erste dieser Phasen war kaum mehr als eine Fortsetzung der früheren Politik, die der von Portugal und Frankreich sehr ähnlich war, insbesondere in Aufteilung der Bevölkerung in eine große Mehrheit, die als „Eingeborene“ oder Nicht-Bürger regiert wird, und eine kleine Minderheit (zusammen mit Weißen), die den bürgerlichen Status als Emanzipados zugesteht, wobei die Assimilation an die Kultur der Metropolen die einzige Erlaubnis ist.
Die Anfänge des Nationalismus tauchten während dieser „provinziellen“ Periode auf, aber nur unter winzigen Gemeinschaften, die in Kamerun und Gabun Schutz vor der väterlichen Hand des Caudillo gesucht hatten. Das Movimiento Nacional de Liberación de Guinea (MONALIGE) und die Idea Popular de Guinea Ecuatorial wurden gegründet (IPGE). Ihr Druck war gering, aber nicht in ganz Westafrika. Der Region wurde von einer „gemäßigten“ Organisation, dem Movimiento de Unión Nacional de la Guinea Ecuatorial, nach einer Resolution vom 9. August 1963, die durch ein Referendum am 15. Dezember 1963 ratifiziert wurde, eine gewisse Autonomie und administrativer Fortschritt zugesprochen (MUNGE). Dies erwies sich als schwache Waffe, und Madrid erlag den Strömungen des Nationalismus angesichts der steigenden UN-Forderung nach Reformen.