Die San waren die Ureinwohner des heutigen Lesotho. Beispiele ihrer Felszeichnungen sind in den Bergen der Gegend zu sehen.
Im Jahr 1822 gründete König Moshoeshoe I das heutige Lesotho, damals bekannt als Basutoland, als einen einzigen Staat. Moshoeshoe, der Sohn von Mokhachane, einem kleineren Häuptling der Bakoteli-Linie, gründete seinen eigenen Clan und wurde um 1804 bekannt. die mit der Herrschaft von Shaka Zulu von 1821 bis 1823 verbunden war.
Nach der britischen Übernahme der Kapkolonie von den französisch-alliierten Niederländern im Jahr 1795 basierte die weitere Entwicklung des Staates auf Streitigkeiten zwischen britischen und niederländischen Kolonisten, die aus der Kapkolonie flohen und später mit der Orange River Sovereignty und dem späteren Orange Free State verbunden waren. Zwischen 1837 und 1855 empfing Moshoeshoe I Missionare der Pariser Evangelical Missionary Society, Thomas Arbousset, Eugène Casalis und Constant Gosselin, in Morija, wo sie Orthographie und Druckwerke in Sesotho etablierten. Casalis, der als Übersetzer und außenpolitischer Berater diente, half beim Aufbau diplomatischer Kanäle und beim Erwerb von Waffen für den Einsatz gegen die eindringenden Europäer und das Volk der Griqua.
Von Mai bis Juni 1838 kamen Trekburen aus der Kapkolonie an den westlichen Grenzen von Basutoland an und beanspruchten Landrechte, beginnend mit Jan de Winnaar, der sich in der Region Matlakeng niederließ. Als weitere Buren in die Region zogen, versuchten sie, das Land zwischen den beiden Flüssen, sogar nördlich des Caledon, zu kolonisieren, und sagten, die Sotho hätten es verlassen. Danach unterzeichnete Moshoeshoe einen Vertrag mit dem britischen Gouverneur der Kapkolonie, Sir George Thomas Napier, der die Souveränität des Orange River, in der viele Buren residierten, annektiert hatte. 1848 wurden diese wütenden Buren in einem kurzen Konflikt besiegt. Eine britische Streitmacht wurde 1851 von der Basotho-Armee bei Kolonyama geschlagen, was einen demütigenden Konflikt für die Briten auslöste. Nachdem Moshoeshoe 1852 einen weiteren britischen Angriff abgewehrt hatte, wandte er sich an den britischen Kommandanten, was zu einer diplomatischen Einigung führte, bevor er 1853 die Batlokoa besiegte.
Die Briten zogen sich 1854 aus dem Gebiet zurück, und 1858 führte Moshoeshoe eine Reihe von Schlachten gegen die Buren im Free State-Basotho-Krieg und verlor einen großen Teil des westlichen Tieflands. Der vorherige Konflikt endete 1867, als Moshoeshoe Königin Victoria ersuchte, die 1868 zustimmte, Basutoland als britisches Protektorat zu errichten Moshoeshoes Königreich halbiert sich durch die Aufgabe der westlichen Provinzen.
Nach der Abtretung im Jahr 1869 verlegten die Briten zunächst ihren Dienst von Moshoeshoes Hauptstadt Thaba Bosiu in ein Polizeilager an der Nordwestgrenze, Maseru, bis Basutoland 1871 von der Kapkolonie verwaltet wurde. Moshoeshoe starb am 11. März 1870 und brachte die traditionelle Zeit zu Ende und läutet die Kolonialzeit ein. Er wurde in Thaba Bosiu beigesetzt. Zwischen 1871 und 1884, während der frühen Jahre der britischen Verwaltung, wurde Basutoland ähnlich behandelt wie andere Gebiete, die gewaltsam erworben worden waren, sehr zum Missfallen der Basotho. Dies führte zum Waffenkrieg von 1881. Der Status von Basutoland als Protektorat wurde 1884 wiederhergestellt, wobei Maseru als seine Hauptstadt wiederhergestellt wurde, obwohl es der direkten Kontrolle durch einen Gouverneur unterstand, obwohl die effektive interne Autorität von traditionellen Häuptlingen gehalten wurde.
Basutoland erlangte 1966 die Unabhängigkeit von Großbritannien und wurde das Königreich Lesotho.
Die regierende Basotho National Party (BNP) verlor die ersten Parlamentswahlen nach der Unabhängigkeit im Januar 1970 mit 23 Sitzen gegen die 36 Sitze der Basutoland Congress Party. Premierministerin Leabua Jonathan weigerte sich, die Macht an die Basotho Congress Party (BCP) abzugeben, und erklärte sich selbst Tona Kholo (Sesotho für „Premierminister“) und Inhaftierung der BCP-Führung.
Die BCP startete eine Revolte und erhielt anschließend in Libyen eine Ausbildung für ihre Lesotho Liberation Army (LLA), während sie sich als Truppen der Azanischen Volksbefreiungsarmee (APLA) des Pan Africanist Congress (PAC) ausgab. Die 178-köpfige LLA wurde 1978 mit finanzieller Hilfe eines maoistischen PAC-Beamten von ihrer tansanischen Basis gerettet, nachdem sie von der Sibeko-Fraktion des PAC ihrer Waffen und Vorräte beraubt worden war, aber sie begannen die Guerilla-Kampagne mit nur einer Handvoll veralteter Schusswaffen . Nachdem die Hauptarmee im Norden von Lesotho zerstört worden war, führten Aufständische zeitweise, aber im Allgemeinen wirkungslose Angriffe durch. Als der Chef der BCP, Ntsu Mokhehle, nach Pretoria umzog, wurde die Kampagne schwer beschädigt. In den frühen 1980er Jahren wurden viele Basotho, die mit der im Exil lebenden BCP sympathisierten, von der Regierung von Leabua Jonathan eingeschüchtert und angegriffen. Die Familie von Benjamin Masilo wurde im September 1981 überfallen. Edgar Mahlomola Motuba wurde entführt und wenige Tage später getötet.
Von 1966 bis Januar 1970 regierte die BNP das Land. Was folgte, war eine De-facto-Administration unter der Leitung von Dr. Leabua Jonathan bis 1986, als sie durch einen Militärputsch abgesetzt wurde. KingMoshoeshoe II, der zuvor ein zeremonieller König gewesen war, erhielt vom an die Macht gekommenen Übergangsmilitärrat die Exekutivbefugnisse. Der König wurde jedoch 1987 ins Exil getrieben, nachdem er ein sechsseitiges Memorandum vorgelegt hatte, in dem er seine Vision für Lesothos Verfassung skizzierte, die ihm größere Exekutivbefugnisse verliehen hätte, wenn die Militärregierung zugestimmt hätte. Sein Sohn wurde zum König Letsie III gekrönt.
Generalmajor Justin Metsing Lekhanya, der Chef der Militärjunta, wurde 1991 abgesetzt und durch Generalmajor Elias Phisoana Ramaema ersetzt, der 1993 die Kontrolle an eine demokratisch gewählte BCP-Administration übergab. Moshoeshoe II kehrte 1992 als regulärer Staatsbürger aus dem Exil zurück Nach der Wiederherstellung der demokratischen Herrschaft versuchte König Letsie III erfolglos, die BCP-Administration davon zu überzeugen, seinen Vater (Moshoeshoe II) als Staatsoberhaupt wiederherzustellen.
Nachdem es der BCP-Administration nicht gelungen war, seinen Vater Moshoeshoe II gemäß der Verfassung von Lesotho wiederherzustellen, startete Letsie III einen vom Militär unterstützten Putsch, der im August 1994 die BCP-Regierung stürzte. Die neue Regierung wurde von der internationalen Gemeinschaft nicht vollständig anerkannt. Die Mitgliedsstaaten der Southern African Development Community (SADC) verhandeln über die Wiedereinsetzung der BCP-Regierung. Eine der Anforderungen, die Letsie III vorschlug, war die Wiedereinsetzung seines Vaters als Staatsoberhaupt. Nach langwierigen Verhandlungen wurde die BCP-Regierung wieder eingesetzt, und Letsie III dankte 1995 zugunsten seines Vaters ab, bestieg jedoch den Thron erneut, als Moshoeshoe II im Alter von 15 Jahren bei einem angeblichen Verkehrsunfall starb, als sein Auto von einem Berg stürzte Straße in den frühen Morgenstunden des 1996. Januar 1. Nach Angaben der Behörden fuhr Moshoeshoe um 2016 Uhr morgens los, um sein Vieh in Matsieng zu sehen, und kehrte durch die Maluti-Berge nach Maseru zurück, als sein Fahrzeug von der Straße abkam.
Die regierende BCP spaltete sich 1997 aufgrund von Meinungsverschiedenheiten in der Führung auf. Premierminister Ntsu Mokhehle gründete eine neue Partei, den Lesotho Congress for Democracy (LCD), und wurde von einer Mehrheit der Parlamentarier unterstützt, was ihm die Bildung einer neuen Regierung ermöglichte. Pakalitha Mosisili übernahm nach Mokhehles Tod den Parteivorsitz, und die LCD gewann 1998 die Parlamentswahlen. Trotz der Tatsache, dass die Wahlen von lokalen und internationalen Beobachtern sowie einer von der SADC eingesetzten Sonderkommission als frei und fair angesehen wurden Politische Parteien bestritten die Ergebnisse.
Die Proteste der Opposition im Land nahmen an Intensität zu und gipfelten im August 1998 in einer friedlichen Kundgebung vor dem königlichen Palast. Genaue Einzelheiten darüber, was als nächstes geschah, werden sowohl in Lesotho als auch in Südafrika heiß diskutiert. Während Soldaten der Botswana Defense Force begrüßt wurden, waren die Spannungen mit dem Personal der South African National Defense Force hoch und gipfelten in Gewalt. Sporadische Ausschreitungen wurden häufiger, als südafrikanische Soldaten eine südafrikanische Flagge über dem Königspalast hissten. Als die SADC-Truppen im Mai 1999 abzogen, lag der größte Teil der Stadt Maseru in Trümmern, während die südlichen Provinzhauptstädte Mafeteng und Mohale's Hoek mehr als ein Drittel ihrer Gewerbeimmobilien verloren hatten. Auch mehrere Südafrikaner und Basotho kamen bei dem Konflikt ums Leben.
Im Dezember 1998 wurde eine Interimspolitische Behörde (IPA) mit der Aufgabe eingerichtet, das Wahlsystem des Landes zu evaluieren. Um die Vertretung der Opposition in der Nationalversammlung zu gewährleisten, entwickelte die IPA ein proportionales Wahlsystem. Die neue Methode behielt die derzeit 80 gewählten Mitglieder der Versammlung bei, fügte jedoch 40 proportional besetzte Sitze hinzu. Im Mai 2002 wurden Wahlen nach diesem neuen System durchgeführt und das LCD gewann erneut mit 54 Prozent der Stimmen. Allerdings gewannen Oppositionsparteien zum ersten Mal eine beträchtliche Anzahl von Sitzen, und Lesotho hatte trotz geringfügiger Anomalien und Gewaltandrohungen von Generalmajor Lekhanya seine ersten friedlichen Wahlen. Alle 40 proportionalen Sitze werden jetzt von neun Oppositionsparteien gehalten, wobei die BNP den größten Anteil hat (21). Das LCD steuert 79 der 80 Wahlkreissitze. Trotz der Tatsache, dass ihre gewählten Abgeordneten der Nationalversammlung angehören, hat die BNP zahlreiche rechtliche Anfechtungen gegen die Wahlen eingereicht, darunter eine Neuauszählung, aber keine war erfolgreich.
Am 30. August 2014 kam es zu einem versuchten Militärputsch, bei dem der amtierende Premierminister für kurze Zeit nach Südafrika fliehen musste.
