Panama ligger i Mellemamerika og grænser op til både Det Caribiske Hav og Stillehavet, mellem Colombia og Costa Rica. Det ligger hovedsageligt mellem breddegrader 7° og 10°N og længdegrader 77° og 83°V (et lille område ligger vest for 83°).
Dens placering på landtangen i Panama er strategisk. I 2000 kontrollerede Panama Panamakanalen, som forbinder Atlanterhavet og Det Caribiske Hav med det nordlige Stillehav. Det samlede areal af Panama er 74,177.3 km2.
Det dominerende træk ved Panamas geografi er den centrale rygrad af bjerge og bakker, der danner den kontinentale kløft. Dette vandskel er ikke en af de store bjergkæder i Nordamerika, og kun nær den colombianske grænse er der plateauer relateret til Andes-systemet i Sydamerika. Rygraden, der danner vandskellet, er den stærkt eroderede bue af en havbundsløftning, hvor toppene blev dannet af vulkanske indtrængen.
Bjergkæden af den kontinentale kløft kaldes Cordillera de Talamanca og ligger tæt på grænsen til Costa Rica. Længere mod øst bliver det til Serranía de Tabasará, og den del, der er tættest på landtangens nederste sadel, hvor Panamakanalen ligger, kaldes ofte Sierra de Veraguas. Som helhed omtales bjergkæden mellem Costa Rica og kanalen af geografer som Cordillera Central.
Det højeste punkt i landet er Volcán Barú, som stiger til 3,475 meter. Næsten uigennemtrængelig jungle danner Darién-forkastningen mellem Panama og Colombia, hvor colombianske guerillaer og narkotikasmuglere opererer med gidseltagning. Dette fænomen og bevægelserne til at beskytte skoven skaber et hul i den panamerikanske motorvej, som også danner en komplet rute fra Alaska til Patagonien.
Faunaen i Panama er den mest forskelligartede af alle mellemamerikanske lande. Der er mange sydamerikanske arter såvel som nordamerikanske arter.
vandveje
Næsten 500 floder krydser Panamas barske landskab. De fleste er ikke sejlbare, rejser sig i højlandet, bugter sig gennem dale og danner kystdeltaer. Men Río Chagres (Chagres River) i det centrale Panama er en af de få brede floder og en stor kilde til vandkraft. Den centrale del af floden er opdæmmet af Gatun-dæmningen og danner Gatun-søen, en kunstig sø, der er en del af Panamakanalen. Søen blev skabt mellem 1907 og 1913 ved opførelsen af Gatun-dæmningen på Río Chagres. På tidspunktet for dens oprettelse var Gatun-søen den største kunstige sø i verden, og dæmningen var den største jorddæmning. Floden løber nordvest ud i Det Caribiske Hav. Søerne Kampia og Madden (også fyldt af Río Chagres) forsyner området i den tidligere kanalzone med vandkraft.
Río Chepo, en anden kilde til vandkraft, er en af mere end 300 floder, der løber ud i Stillehavet. Disse floder, der vender mod Stillehavet, er længere og langsommere end floderne på den caribiske side. Deres bassiner er også større. En af de længste er Río Tuira, som løber ud i Golfo de San Miguel og er den eneste flod i landet, der kan sejles med store skibe.
Havne
Den caribiske kyst er præget af flere gode naturhavne. Cristóbal, i den caribiske ende af kanalen, havde imidlertid de eneste betydelige havnefaciliteter i slutningen af 1980'erne. De talrige øer i Archipiélago de Bocas del Toro, tæt på Costa Ricas strande, danner en stor naturlig havn og beskytter bananhavnen i Almirante. De mere end 350 San Blas-øer nær Colombia strækker sig over mere end 160 kilometer (99 miles) langs den beskyttede caribiske kyst.
I øjeblikket ligger terminalhavnene i begge ender af Panamakanalen, havnen i Cristobal og havnen i Balboa, henholdsvis nummer to og tredje i Latinamerika med hensyn til antallet af håndterede containerenheder (TEU'er). Havnen i Balboa dækker 182 hektar og omfatter fire containerpladser og to multifunktionspladser. Samlet er sengepladserne over 2,400 meter lange og 15 meter dybe. Havnen i Balboa har 18 super post-Panamax- og Panamax-dokkraner og 44 portalkraner. Havnen i Balboa har også 2,100 kvadratmeter (23,000 kvadratfod) lagerplads.
Havnene i Cristobal (som omfatter containerterminalerne i Panama Ports Cristobal, Manzanillo International Terminal og Colon Container Terminal) håndterede 2,210,720 TEU i 2009, hvilket er nummer to i Latinamerika efter havnen i Santos i Brasilien.
Fremragende dybvandshavne, der kan håndtere store VLCC'er (Very Large Crude Oil Carriers) er placeret i Charco Azul, Chiriquí (Pacific) og Chiriquí Grande, Bocas del Toro (Atlanterhavet), nær Panamas vestlige grænse til Costa Rica. Trans-Panama Pipeline, som krydser landtangen over en længde på 131 kilometer (81 miles), har været i drift mellem Charco Azul og Chiriquí Grande siden 1979.