Mostars økonomi er hovedsageligt afhængig af aluminium- og metalindustrien, bankvæsen og telekommunikation. Nogle af landets bedste virksomheder har deres hovedkvarter i byen.
Mostar er sammen med Sarajevo det store finansielle knudepunkt i Bosnien-Hercegovina, med to af landets tre største banker med hovedkontor der. Bosnien-Hercegovina har tre nationale el-, post- og telekommunikationsvirksomheder, med et af hver i Mostar (elektrisk serviceselskab 'Elektroprivreda HZHB', postservicevirksomheden Hrvatska Pota Mostar, og HT Mostar, landets tredjestørste telekommunikationsvirksomhed). Disse tre virksomheder (sammen med banker og et aluminiumsstøberi) tegner sig for en betydelig del af byens samlede økonomiske aktivitet. I løbet af de sidste mange år har den private sektor oplevet en markant ekspansion i små og mellemstore virksomheder, hvilket har bidraget til det gunstige erhvervsmiljø.
I betragtning af tilstedeværelsen af tre dæmninger på området af byen Mostar, har byen et solidt grundlag for fremtidig industriel ekspansion. Der er også et løbende initiativ for den potentielle anvendelse af vindkraft og konstruktion af vindmøller.
Mostar var afhængig af andre betydelige virksomheder, der var blevet lukket, ødelagt eller krympet før Bosnienkrigen 1992-1995. SOKO (militær flyfabrik), Fabrika duhana Mostar (tobaksvirksomhed) og Hepok var blandt dem (fødevareindustrien). Mostars BNP pr. indbygger i 1981 var 103 procent af det jugoslaviske gennemsnit.
Aluminij er den eneste virksomhed fra det tidligere Jugoslavien, der stadig er i drift. Aluminij er en af de stærkeste virksomheder i landet med en række udenlandske partnere. Virksomhedens årlige produktion er hastigt stigende, og det samarbejder med betydelige verdensomspændende firmaer som Daimler Chrysler og Fiat. Aluminij er en af de mest magtfulde virksomheder i byen, regionen og nationen. Med hensyn til den nuværende industrielle kapacitet producerer den mere over 150 millioner euro i årlig eksport. Aluminijs partnere omfatter velkendte globale virksomheder, hvoraf de vigtigste er: Venture Coke Company LLC (Venco-Conoco joint Venture) fra USA, Glencore International AG fra Schweiz, Debis International trading GmbH, Daimler-Chrysler og VAW Aluminium Technologie GmbH fra Tyskland, Hydro ASA fra Norge, Fiat fra Italien og TLM-ibenik fra Kroatien. Aluminij genererer 40 millioner euro i omsætning for Mostar-distriktet alene hvert år.
Mostar er også hjemsted for den toårige internationale økonomiske messe Mostar ("Meunarodni sajam gospodarstva Mostar"), som begyndte i 1997. Messen er opdelt i forskellige sektioner: "The Economy Fair", "Wine Fair", "Book Fair" og "Maddagen."
