Den maltesiske forfatning proklamerer katolicismen for at være den officielle religion, på trods af etablerede beskyttelser for religionsfrihed.
Romersk katolicisme er den mest udbredte religion på Malta. Den maltesiske forfatning definerer katolicisme som den officielle religion, som også er repræsenteret i mange aspekter af den maltesiske kultur.
På Malta, Gozo og Comino er der omkring 360 kirker, eller én for hver 1,000 indbyggere. Sognekirken (maltesisk: "il-parroa" eller "il-knisja parrokkjali") er det arkitektoniske og geografiske centrum for enhver maltesisk by og landsby, såvel som kilden til borgerlig stolthed. Denne kommunale stolthed er udstillet på de lokale landsbyfester, som fejrer hvert sogns skytshelgen med marchorkestre, religiøse processioner, særlige messer, pyroteknik (især petards) og andre festligheder.
Malta er en apostolisk stol; Apostlenes Gerninger taler om, at St. Paul blev forlist på øen "Melite", som mange bibelforskere identificerer som Malta, på sin rejse fra Jerusalem til Rom for at blive dømt, en begivenhed, der fandt sted omkring år 60. St. Paul tilbragte tre måneder på øen på sin rejse til Rom, som beskrevet i Apostlenes Gerninger, og helbredte syge, inklusive faderen til Publius, "øens hovedmand". Denne historie er knyttet til en række forskellige traditioner. Forliset menes at være sket ved det, der nu er kendt som St Paul's Bay. Saint Publius, en maltesisk helgen, siges at være blevet gjort til Maltas første biskop og en grotte i Rabat, nu kendt som "St Paul's Grotto" (og i nærheden af hvilken beviser for kristne begravelser og ritualer fra det 3. århundrede e.Kr. blevet opdaget), er et af øens tidligst kendte steder for kristen tilbedelse.
Katakomber under forskellige steder i hele Malta, især St. Pauls katakomber og St. Agathas katakomber nær Rabat, lige bag Mdinas mure, giver yderligere bevis på kristne aktiviteter og tro under romersk forfølgelse. Sidstnævnte var især velmalet mellem 1200 og 1480, men invaderende tyrkere beskadigede flere af dem i 1550'erne. Der er også en række hulekirker, såsom grotten ved Melliea, som er en helligdom for Vor Frue fødsel, og traditionen siger, at St. Luke malede et portræt af Madonnaen der. Det har været et pilgrimssted siden middelalderen.
Ifølge loven fra Chalcedons råd var en vis Acacius biskop af Malta i 451 e.Kr. (Melitenus Episcopus). Det er også kendt, at en vis Constantinus, Episcopus Melitenensis, deltog i det femte økumeniske råd i 501 e.Kr. Pave Gregor I afskedigede Tucillus, Miletinae civitatis episcopus, i 588 e.Kr., og gejstligheden og folket på Malta valgte Trajan som hans efterfølger i 599 e.Kr. Før erobringen af øerne var den sidste dokumenterede biskop af Malta en græker ved navn Manas, som bagefter blev fængslet i Palermo.
Ifølge den maltesiske historiker Giovanni Francesco Abela bevarede malteserne deres kristne tro på trods af Fatimid-invasionen efter deres konvertering til kristendommen i hænderne på St. Paul. Malta beskrives i Abelas værker som et guddommeligt udpeget "bolværk for kristen, europæisk kultur mod udvidelsen af middelhavsislam." I det 12. og 13. århundrede styrkede immigrationen til Malta fra Italien den lokale kristne befolkning, der tog imod Roger I af Sicilien.
I århundreder var kirken på Malta underlagt bispedømmet Palermo, undtagen når den var under Charles af Anjou, som valgte biskopper til Malta, ligesom spanierne og efterfølgende ridderne ved sjældne lejligheder. Siden 1808 har alle maltesiske biskopper tjent. Malta blev det hengivne katolske land, som det er i dag, som en konsekvens af den normanniske og spanske epoke, såvel som riddernes autoritet. Det er værd at nævne, at inkvisitorens kontor på Malta havde et længere ophold på øen efter grundlæggelsen i 1530: den sidste inkvisitor forlod øerne i 1798, da ridderne overgav sig til Napoleon Bonapartes tropper. Flere maltesiske familier flyttede til Korfu under Republikken Venedig. Deres efterkommere udgør omkring to tredjedele af de 4,000 katolikker, der i øjeblikket bor på øen.
Maltas skytshelgener er Saint Paul, Saint Publius og Saint Agatha. Skønt det ikke er en skytshelgen, er St. George Preca (San eller Preca) højt anset som den anden maltesiske helgen, der blev kanoniseret efter St. Publius Malta, Maltas første anerkendte helgen (kanoniseret i år 1634). Den 3. juni 2007 kanoniserede pave Benedikt XVI ham. Derudover er en række maltesere blevet erklæret salige, især Maria Adeodata Pisani og Nazju Falzon, som blev saligkåret af pave Johannes Paul II i 2001.
Malta er hjemsted for en række romersk-katolske religiøse ordener, herunder jesuitterne, franciskanerne, dominikanerne og de fattiges småsøstre.
Størstedelen af menighederne i de lokale protestantiske kirker er ikke maltesiske; deres menigheder er trukket fra de talrige britiske pensionister, der bor på øen, samt turister fra mange andre lande. Der er omkring 600 Jehovas Vidner i området. Hver af Jesu Kristi Kirker af Sidste Dages Hellige (LDS Church), Bible Baptist Church og Fellowship of Evangelical Churches har omkring 60 tilknyttede selskaber. Andre trossamfundskirker omfatter St. Andrew's Scots Church i Valletta (en blandet presbyteriansk og metodistmenighed) og St. Paul's Anglican Cathedral, samt en syvendedags adventistkirke i Birkirkara. I 1983 blev en menighed af Den Nyapostolske Kirke oprettet i Gwardamangia.
Den jødiske befolkning på Malta toppede under normannisk kontrol i middelalderen. Malta og Sicilien blev annekteret af aragoneserne i 1479, og Alhambra-dekretet fra 1492 tvang alle jøder til at flygte fra nationen, hvilket tillod dem at tage nogle få ting med sig. Flere hundrede maltesiske jøder kan have konverteret til kristendommen for at blive i nationen i løbet af tiden. Der er nu kun én jødisk menighed.
Zen-buddhismen og Bahá'-troen har begge omkring 40 tilhængere.
Mariam Al-Batool-moskeen er den eneste muslimske moske i byen. En muslimsk folkeskole er netop oprettet. Af de anslåede 3,000 muslimer på Malta er omkring 2,250 immigranter, 600 er naturaliserede statsborgere, og 150 er maltesere af fødsel.