På højden af det bruneianske imperium kontrollerede sultan Bolkiah (der regerede fra 1485 til 1528) størstedelen af Borneo, inklusive de moderne stater Sarawak og Sabah, Sulu-øgruppen nordøst for Borneo, Seludong (moderne Manila) og øerne i Borneos nordvestlige hjørne. Den spanske Magellan-ekspedition besøgte kystriget i 1521, og den kæmpede mod Spanien i Castilla-krigen i 1578.
Det bruneianske imperium begyndte at forværres i det nittende århundrede. Sultanatet gav James Brooke Sarawak (Kuching) og etablerede ham som en hvid Raja, mens Sabah blev givet til det nordlige britiske chattekompagni på Borneo. Brunei blev et britisk protektorat i 1888, og i 1906 blev en britisk indbygger udnævnt til kolonialdirektør. I 1959, efter den japanske besættelse under Anden Verdenskrig, blev der udarbejdet en ny forfatning. I 1962 blev en lille oprørshær mod monarkiet nedlagt med briternes bistand.
Den 1. januar 1984 opnåede Brunei uafhængighed fra Storbritannien. Brunei blev en industrialiseret nation gennem 1990'erne og 2000'erne med en BNP-stigning på 56 procent mellem 1999 og 2008. Han har samlet enorme olie- og naturgasreserver. Brunei er nummer to på Sydøstasiens menneskelige udviklingsindeks, efter Singapore, og er klassificeret som et "udviklet land." Brunei ligger på en sjetteplads i verden med hensyn til bruttonationalprodukt per indbygger i købekraftsparitet, ifølge Den Internationale Valutafond (IMF). Brunei var en af to nationer (den anden er Libyen) i 2011 med en offentlig gæld svarende til 0 % af BNP. Brunei er også det sjette rigeste land i 182 af Forbes på grund af sine olie- og gasreserver.