Før bølger af bantufolk begyndte at immigrere fra nord i løbet af det 10. århundrede, havde regionen i Afrika i dag kendt som Malawi en relativt lille befolkning af jæger-samlere. Selvom størstedelen af bantufolkene flyttede sydpå, blev nogle og dannede etniske grupper baseret på fælles forfædre. Stammerne dannede Kongeriget Maravi omkring år 1500 e.Kr., som strakte sig fra nord for det nuværende Nkhotakota til Zambezi-floden og fra Malawisøen til Luangwa-floden i Zambia.
Lokale stammefolk begyndte at mødes, håndtere og danne alliancer med portugisiske købmænd og militært personel kort efter 1600, da regionen stort set var forenet under én indfødt monark. I 1700 var imperiet imidlertid gået i opløsning i regioner styret af en række etniske grupper. I midten af 1800-tallet toppede den swahili-arabiske slavetrafik, med anslået 20,000 individer slaveret og transporteret årligt fra Nkhotakota til Kilwa, hvor de blev solgt.
I 1859 ankom missionær og opdagelsesrejsende David Livingstone til Malawisøen (dengang Nyasa-søen) og opdagede Shire-højlandet syd for søen som et levedygtigt sted for europæisk kolonisering. Adskillige anglikanske og presbyterianske missioner blev etableret i området som et resultat af Livingstones besøg i 1860'erne og 1870'erne, African Lakes Company Limited blev grundlagt i 1878 for at etablere en handels- og transportvirksomhed, der arbejder tæt sammen med missionerne, og en lille mission og handel. bosættelsen blev etableret i Blantyre i 1876, hvor en britisk konsul tog ophold der i 1883. Fordi den portugisiske regering også var interesseret i regionen, sendte den britiske regering Harry Johnston som britisk konsul med ordre om at forhandle traktater med lokale myndigheder uden for portugisisk myndighed for at undgå portugisisk annektering.
Det britiske centralafrikanske protektorat blev etableret i 1889 over Shire-højlandet, og det blev udvidet i 1891 til at dække hele det nuværende Malawi. Protektoratet blev omdøbt til Nyasaland i 1907, og det forblev det navn for resten af dets britiske administration. Den koloniale administration af Nyasaland blev etableret i 1891, og det er et klassisk eksempel på, hvad der ofte omtales som "den tynde hvide linje" af kolonimagten i Afrika. Administratorerne fik tildelt et årligt budget på £10,000 (nominel værdi i 1891), nok til at ansætte ti europæiske borgere, to militærkommandører, halvfjerds Punjab-sikher og 85 Zanzibar-portører. Disse få personale forventedes derefter at styre og politie et 94,000 kvadratkilometer stort område med en befolkning på en til to millioner mennesker.
Nyasaland African Congress (NAC) blev grundlagt i 1944 af Nyasalands afrikanere for at repræsentere lokale bekymringer over for den britiske administration. Af rent politiske årsager sluttede Storbritannien sig til Nyasaland med det nordlige og sydlige Rhodesia i Føderationen Rhodesia og Nyasaland, ofte kendt som Den Centralafrikanske Føderation (CAF), i 1953. På trods af Føderationens semi-uafhængighed udløste forbindelsen afrikansk nationalistisk modstand, og NAC opnåede offentlig støtte. Dr. Hastings Banda, en europæisk uddannet læge, der praktiserer i Ghana, og som blev overtalt til at vende tilbage til Nyasaland i 1958 for at hjælpe den nationalistiske bevægelse, var en stærk modstander af CAF. Før han blev fængslet af koloniale myndigheder i 1959, blev Banda valgt til præsident for NAC og søgte at mobilisere nationalistisk entusiasme. I 1960 blev han befriet og inviteret til at hjælpe med udarbejdelsen af en ny forfatning for Nyasaland, som indeholdt en bestemmelse, der gav afrikanere flertal i koloniens lovgivende råd.
Ved valget til det lovgivende råd i 1961 vandt Bandas Malawi Congress Party (MCP) flertal, og han blev premierminister i 1963. Føderationen blev opløst i 1963, og Nyasaland erklærede uafhængighed fra britisk kontrol den 6. juli 1964 og omdøbte sig selv til Malawi . Malawi blev en republik under en ny forfatning, med Banda som dens første præsident. Malawi er nu officielt en etpartistat, med MCP som det eneste legitime politiske parti. Banda blev valgt til præsident på livstid i 1971. I næsten 30 år herskede Banda over et strengt autoritært system, der holdt Malawi fri for voldelige stridigheder. I eksil blev oppositionsgrupper som Orton Chirwas Malawi Freedom Movement og Socialist League of Malawi dannet.
Malawis økonomi under Bandas præsidentskab blev ofte udråbt som et eksempel på, hvordan en fattig, indlandsstat, tæt befolket, mineralfattig nation kunne skabe landbrugs- og industriel vækst.
Banda byggede et kommercielt imperium, mens han var ved magten, og udnyttede sin kontrol over nationen til at generere en tredjedel af landets BNP og beskæftige 10% af landets lønmodtagere. Banda investerede hele sin indtjening i Malawis udvikling, hvilket blev symboliseret ved opførelsen af Kamuzu Academy, en prestigefyldt kostskole (Eton of Africa). Motivationen for at give denne skole til Malawi var, med Bandas egne ord, ”Jeg ønsker ikke, at mine sønner og døtre skal gøre det, jeg skulle – at forlade deres hjem og familier og rejse væk fra Malawi for at få en uddannelse. ”
I 1993, efter krav om mere politisk frihed, accepterede Banda en folkeafstemning, hvor folket stemte for et flerpartidemokrati. Et præsidentråd blev oprettet i slutningen af 1993, livspræsidentskabet blev afskaffet, og en ny forfatning blev vedtaget, og dermed afsluttede MCP's regeringstid. I 1994 havde Malawi sit første flerpartivalg, og Banda blev besejret af Bakili Muluzi (en tidligere generalsekretær for MCP og tidligere Banda-kabinetsminister). Muluzi blev genvalgt til præsident i 1999 og fungerede indtil 2004, hvor Dr. Bingu wa Mutharika blev valgt. Selvom det politiske klima karakteriseres som "vanskeligt", er Malawis flerpartisystem stadig på plads i 2009. I maj 2009 gennemførte Malawi sit fjerde lovgivende og præsidentvalg med flere partier, hvor præsident Mutharika blev genvalgt på grund af beskyldninger om valgsvindel fra hans modstander.
Nogle så præsident Mutharika som mere diktatorisk og foragtende over for menneskerettighederne, og demonstrationer brød ud i juli 2011 over stigende leveomkostninger, decentraliserede internationale forbindelser, dårlig administration og mangel på udenlandsk valutareserver. Demonstrationerne resulterede i 18 menneskers død og mindst 44 sårede. Mutharika døde efter et hjerteanfald i april 2012, og tidligere vicepræsident Joyce Banda blev præsidentposten.
Joyce Banda sluttede på tredjepladsen ved valget i 2014 og blev efterfulgt af Arthur Peter Mutharika, bror til Malawis tredjevalgte præsident.