På grund af politisk ustabilitet og mangler i håndteringen af dets kolonier, især Indokina og Algeriet, faldt den franske fjerde republik i 1958. Det franske folk støttede oprettelsen af en femte republik, og den franske præsident Charles de Gaulle gjorde det klart den 8. august 1958 , at Frankrigs kolonier skulle vælge mellem større autonomi i et nyt fransk fællesskab eller øjeblikkelig uafhængighed ved en afstemning den 28. september 1958. De øvrige kolonier valgte førstnævnte, men Guinea stemte afgørende for selvstændighed under ledelse af Ahmed Sékou Touré, hvis demokratiske Partiet Guinea (PDG) havde vundet 56 af 60 pladser ved territorialvalg i 1957. Franskmændene rejste hurtigt, og Guinea erklærede sig selv som en suveræn og uafhængig republik den 2. oktober 1958 med Sékou Touré som præsident.
Guinea allierede sig hurtigt med Sovjetunionen efter Frankrigs afgang og omfavnede kommunistisk politik. Guinea lænede sig derimod til en kinesisk form for socialisme, og partnerskabet var kortvarigt. På trods af dette fortsatte kapitalistiske nationer som USA med at yde bistand og investeringer til landet. Selv forholdet til Frankrig blev bedre; handel voksede efter valget af Valéry Giscard d'Estaing som fransk præsident, og de to nationer udvekslede officielle besøg.
Touré udråbte PDG til at være det eneste legitime parti i 1960. Regeringen og PDG fusionerede i de følgende 24 år. Touré var ubestridt i fire syvårige perioder som præsident, og vælgerne fik en enkelt liste over PDG-kandidater til nationalforsamlingen hvert femte år. Touré blev hurtigt en polariserende leder, der gik ind for en hybrid afrikansk socialisme herhjemme og panafrikanisme i udlandet, og hans administration blev intolerant over for kritik, fængslede hundredvis og kvælede pressen.
I denne periode nationaliserede den guineanske regering territorium, afsatte franskudnævnte og traditionelle ledere og afbrød forbindelserne med den franske regering og virksomheder. Guineas økonomiske tilstand blev lige så usikker som dets diplomatiske holdning, og vaklede mellem støtte til Sovjetunionen og (i slutningen af 1970'erne) støtte til USA. Tourés regering angreb faktiske og indbildte modstandere og tvang tusindvis af politiske modstandere i eksil, idet de påstod skemaer og sammensværgelser mod ham i ind- og udland.
I 1970 hjalp udsendte guineanske oppositionstropper portugisiske soldater fra nabolandet Portugisisk Guinea i Operation Green Sea, en indtrængen i Guinea. Det portugisiske militær forsøgte at myrde eller arrestere Sekou Toure for hans støtte til PAIGC, en guerillagruppe, der blandt andet opererer i Portugisisk Guinea. De portugisiske tropper trak sig tilbage efter at have nået størstedelen af deres mål efter mange dages intens kamp. Hyppigheden af interne arrestationer og henrettelser steg under Sékou Tourés regeringstid.
Et monument til minde om den militære triumf mod det portugisiske angreb i 1970. Det eneste mål, som det portugisiske angreb ikke nåede, var tilfangetagelsen af Ahmed Sékou Touré.
Sékou Touré døde den 26. marts 1984 i USA efter en hjerteoperation, og blev efterfulgt af premierminister Louis Lansana Beavogui, der skulle fungere som midlertidig præsident, indtil der kunne afholdes nye valg.
Den 3. april 1984 skulle PDG vælge en ny leder. Denne person ville have været den eneste kandidat til præsident under forfatningen. Oberster Lansana Conté og Diarra Traoré tog imidlertid kontrol i et blodløst kup kun få timer før konferencen. Traoré fungerede som premierminister indtil december, hvor Conté overtog som præsident.
Conté fordømte hurtigt det tidligere regimes menneskerettighedsrekord, befriede 250 politiske fanger og opfordrede yderligere 200,000 mennesker til at vende tilbage fra eksil. Han gjorde det også klart, at han opgav socialismen, selvom dette ikke gjorde noget for at lindre fattigdom, og nationen viste ingen tegn på fremskridt mod demokrati.
Conté erklærede en genoprettelse af den civile regering i 1992 med et præsidentvalg i 1993 og parlamentsvalg i 1995. (hvor hans parti – Partiet for Enhed og Fremskridt – vandt 71 ud af 114 sæder.) Contés greb om magten forblev stærkt på trods af hans erklærede hengivenhed til demokrati. Alpha Condé, oppositionslederen, blev fængslet i september 2001 for at true den nationale sikkerhed, men han blev løsladt otte måneder senere. Herefter gik han i eksil i Frankrig.
Conté planlagde og vandt en folkeafstemning om at forlænge præsidentperioden i 2001, og han begyndte sin tredje periode i 2003, da oppositionen boykottede meningsmålingerne. Conté undslap et formodet mordforsøg i januar 2005, mens han gjorde en sjælden offentlig optræden i Conakry, Guineas hovedstad. Hans modstandere kaldte ham en "træt tyran", hvis død var uundgåelig, mens hans tilhængere troede, at han vandt krigen mod dissidenter. Guinea står fortsat over for betydelige udfordringer og er ifølge Foreign Policy på randen af at blive en mislykket stat.
Da oprørere krydsede grænserne til Liberia og Sierra Leone i 2000, blev Guinea involveret i den ustabilitet, der længe havde plaget resten af Vestafrika, og det så i et stykke tid ud til, at nationen var på randen af borgerkrig. Conté hævdede, at naboledere var misundelige på Guineas naturlige rigdomme, men disse påstande blev kraftigt afvist. Guinea gik med til aftaler med sine naboer om at bekæmpe oprørerne i 2003. Protester mod administrationen brød ud i 2007, som kulminerede med udnævnelsen af en ny premierminister.
