Pygmæfolk var de første til at bosætte sig i regionen. Da de flyttede, fortrængte og assimilerede bantustammerne dem hovedsageligt.
De første europæere kom i det 15. århundrede. I Gabon opstod et Myeni-talende monarki kendt som Orungu i det 18. århundrede.
Bartholomew Roberts, en walisisk pirat kendt som Black Bart, omkom på havet ud for Cape Lopez' kyst den 10. februar 1722. Fra 1719 til 1722 angreb han skibe langs Amerikas og Vestafrikas kyster.
I 1875 blev den første ekspedition til Gabon-Congo-regionen udført af den franske eventyrer Pierre Savorgnan de Brazza. Han etablerede Franceville og tjente efterfølgende som kolonialguvernør. Da Frankrig formelt erobrede Gabon i 1885, boede mange bantu-stammer i den region, der i dag er Gabon.
Gabon sluttede sig til de fire regioner i fransk Ækvatorialafrika i 1910 og dannede en føderation, der varede indtil 1959. Den 17. august 1960 opnåede disse regioner uafhængighed. Léon M'ba var Gabons første præsident, valgt i 1961 sammen med Omar Bongo Ondimba som hans vicepræsident.
Efter M'bas magtovertagelse blev pressen undertrykt, politiske stævner blev forbudt, ytringsfriheden blev begrænset, andre politiske partier blev gradvist skubbet ud af magten, og forfatningen blev ændret efter franske linjer for at overdrage magten til præsidentskabet, hvilket M'ba tog. Da M'ba opløste nationalforsamlingen for at etablere et-parti styre i januar 1964, forsøgte et hærkup at afsætte ham og genoprette det parlamentariske demokrati. Inden for 24 timer ankom franske faldskærmstropper for at genoprette M'ba til magten.
Trods massive demonstrationer og optøjer sluttede kuppet efter et par dages kamp, og oppositionen blev fængslet. Den dag i dag er franske tropper stationeret ved Camp de Gaulle i udkanten af Gabons by. Bongo overtog som præsident, da M'Ba døde i 1967.
Bongo udråbte Gabon til en etpartistat i marts 1968, opløste BDG og grundlagde Parti Democratique Gabonais (PDG). Han bød alle gabonesere velkommen til at deltage, uanset deres tidligere politiske troskab. Bongo brugte PDG som et redskab til at drukne de regionale og stammekonflikter, der tidligere havde splittet Gabons politik for at skabe en samlet national bevægelse til fordel for regeringens udviklingsmål. I februar 1975 blev Bongo valgt til præsident; i april 1975 blev vicepræsidentskabet afskaffet og erstattet med premierministerposten, som ikke havde nogen automatisk successionsret. Bongo blev genvalgt til 7-årige valgperioder som præsident i december 1979 og november 1986.
Studerende og arbejdere iscenesatte voldelige protester og strejker i begyndelsen af 1990'erne, drevet af økonomisk utilfredshed og et ønske om politiske reformer. Bongo arbejdede med medarbejdere på en sektor-for-sektor-basis som svar på deres klager og lavede betydelige lønreduktioner. Han sagde også, at han ville åbne PDG og holde en national politisk konference i marts-april 1990 for at diskutere Gabons fremtidige politiske struktur. Mødet blev overværet af PDG og 74 politiske grupper. Det regerende PDG og dets tilhængere blev splittet i to løse koalitioner, United Front of Opposition Associations and Parties, som omfattede udbryderen Morena Fundamental og Gabons Fremskridtsparti.
Konferencen i april 1990 godkendte væsentlige politiske ændringer, herunder etableringen af et nationalt senat, decentralisering af budgetteringsprocessen, forsamlings- og pressefrihed og fjernelse af behovet for et afrejsevisum. Bongo trak sig som PDG-formand i et forsøg på at lede det politiske systems overgang til flerpartidemokrati, og en overgangsadministration ledet af en ny premierminister, Casimir Oye-Mba, blev dannet. Den resulterende administration, kendt som den gabonesiske socialdemokratiske gruppering (RSDG), var mindre end den tidligere og indeholdt medlemmer af forskellige oppositionsgrupper i sit kabinet. I maj 1990 producerede RSDG en midlertidig forfatning, der omfattede en grundlæggende lov om rettigheder og et uafhængigt retsvæsen, men gav præsidenten brede administrative beføjelser. Dette dokument trådte i kraft i marts 1991 efter yderligere undersøgelse af en forfatningskomité og nationalforsamlingen.
Imidlertid fortsatte modstanden mod PDG efter mødet i april 1990, og to kupforsøg blev opdaget og afværget i september 1990. På trods af anti-regeringsprotester efter en oppositionsleders uventede død, vandt PDG et stærkt flertal i det første multiparti National Forsamlingsvalg om næsten 30 år i september-oktober 1990.
Efter præsident Omar Bongos genvalg med 51 % af stemmerne i december 1993, nægtede oppositionskandidater at acceptere resultaterne. Efter alvorlige borgerlige uroligheder blev regeringen og oppositionsgrupper enige om at arbejde hen imod en politisk løsning. Disse diskussioner resulterede i Paris-aftalen, som blev underskrevet i november 1994 og omfattede mange oppositionsledere i en regering af national enhed. Denne ordning faldt dog hurtigt fra hinanden, og parlaments- og kommunalvalgene i 1996 og 1997 satte scenen for en tilbagevenden til partipolitik. PDG opnåede en bragende sejr i parlamentsvalget, men oppositionens borgmestre blev valgt i mange store byer, herunder Libreville, ved kommunalvalget i 1997.
I december 1998 krydsede præsident Omar Bongo til genvalg med et stort flertal af stemmerne på trods af en splittet opposition. På trods af talrige påståede uregelmæssigheder beskrev flere udenlandske observatører resultaterne som repræsentative, og der var ingen af de voldsomme uroligheder, der gik forud for valget i 1993. PDG og tilknyttede uafhængige kontrollerede nationalforsamlingen næsten udelukkende efter fredelige, men fejlbehæftede parlamentsvalg i 2001-2002, som blev boykottet af en række mindre oppositionspartier og alvorligt fordømt for administrative mangler. Præsident Omar Bongo blev genvalgt i november 2005 for en sjette periode. Han blev komfortabelt genvalgt, selvom modstandere hævder, at valget var plaget af uregelmæssigheder. Efter meddelelsen om hans sejr var der nogle få tilfælde af vold, men Gabon forblev generelt rolig.
I december 2006 blev der gennemført nyvalg til Nationalforsamlingen. Forfatningsdomstolen vendte mange pladser, der var blevet udfordret på grund af stemmeuregelmæssigheder, men PDG beholdt kontrollen over nationalforsamlingen ved omvalgsvalget i begyndelsen af 2007.
Præsident Omar Bongo døde af hjertestop den 8. juni 2009 på et spansk hospital i Barcelona, hvilket signalerede starten på en ny æra i Gabons politik. Rose Francine Rogombé, præsident for Senatet, blev udnævnt til midlertidig præsident den 10. juni 2009 i overensstemmelse med den reviderede forfatning. Den 30. august 2009 blev det første konkurrenceprægede valg i Gabons historie uden Omar Bongo som kandidat gennemført med 18 kandidater til præsidentvalget. Der var et par mindre demonstrationer op til valget, men ingen større forstyrrelser. Efter en tre-ugers gennemgang af forfatningsdomstolen blev Omar Bongos søn, regeringspartileder Ali Bongo Ondimba, officielt udråbt til vinderen; hans indvielse fandt sted den 16. oktober 2009.
Mange oppositionskandidater hævdede valgsvindel, og den første offentliggørelse af valgresultater udløste usædvanligt voldelige demonstrationer i Port-Gentil, landets næststørste by og en langvarig højborg for modstand mod PDG-administrationen. Port-Gentil-beboere skyndte sig ud på gaderne og brændte en række virksomheder og hjem, herunder det franske konsulat og et lokalt fængsel. Kun fire mennesker blev dræbt i urolighederne ifølge officielle tal, men oppositionen og lokale ledere siger, at der var mange flere. For at hjælpe det kæmpende politi blev gendarmer og militæret sendt til Port-Gentil, og der blev indført udgangsforbud i mere end tre måneder.
I juni 2010 blev der gennemført et delvist lovgivningsmæssigt suppleringsvalg. For første gang deltog en nydannet koalition af partier, Union Nationale (FN). PDG-afhoppere, der forlod partiet efter Omar Bongos død, udgør flertallet af FN. PDG vandt tre af de fem hårdt tilkæmpede pladser, mens FN fik to; begge parter hævdede sejren.
