I slutningen af 1880'erne havde Frankrig fået autoritet over Elfenbenskystens kystområder, og Storbritannien anerkendte fransk suverænitet i territoriet i 1889. Treich-Laplène blev udnævnt til titulær guvernør i provinsen af Frankrig samme år. Elfenbenskysten blev en fransk koloni i 1893, og kaptajn Binger blev udnævnt til guvernør. Koloniens østlige og vestlige grænser blev etableret ved aftaler med Liberia i 1892 og Storbritannien i 1893, men koloniens nordlige grænse blev først etableret i 1947 på grund af den franske regerings indsats for at annektere dele af Øvre Volta (nutidens Burkina Faso) og Fransk Sudan (nutidens Mali) til Elfenbenskysten af økonomiske og administrative årsager.
Frankrigs primære mål var at øge eksportproduktionen. Plantager med kaffe, kakao og palmeolie blev hurtigt etableret langs kysten. Elfenbenskysten var den eneste vestafrikanske nation med en betydelig nybyggerbefolkning; andre steder i Vest- og Centralafrika var franskmændene og briterne for det meste bureaukrater. Som en konsekvens kontrollerede franskmændene en tredjedel af kakao-, kaffe- og bananplantagerne, og et tvangsarbejdesystem blev implementeret.
Franske militære kontingenter blev indsat indendørs for at bygge nye stationer i de første år af fransk administration. Nogle af de oprindelige folk modsatte sig den franske invasion og kolonisering. Samori Ture, som etablerede Wassoulou-imperiet i 1880'erne og 1890'erne, som omfattede store dele af det moderne Guinea, Mali, Burkina Faso og Elfenbenskysten, var en af de mest standhaftige modstandere. Den enorme, veludstyrede hær af Samori Ture, som kunne fremstille og vedligeholde sine egne våben, trak bred opbakning over hele området. Militært pres blev brugt af franskmændene som svar på Samori Tures udvidelse af provinsmyndigheden. I midten af 1890'erne steg franske operationer mod Samori Ture, med stærk modstand, indtil han blev arresteret i 1898.
I 1900 indførte Frankrig en hovedskat for at finansiere et program for offentlige arbejder i provinsen, hvilket udløste en række opstande. Fordi de troede, at Frankrig søgte det, der svarer til en kostume fra de lokale monarker, snarere end omvendt, så mange ivoirianere afgiften som et brud på protektorattraktaterne. Mange mennesker, især i baglandet, så gebyret som et ydmygende tegn på overgivelse. Slaveriet blev formelt afskaffet i store dele af det franske Vestafrika i 1905.
Elfenbenskysten var medlem af Føderationen af Fransk Vestafrika fra 1904 til 1958. Under Den Tredje Republik var det både en koloni og et oversøisk territorium. Frankrig rekrutterede bataljoner fra Elfenbenskysten til at kæmpe i Frankrig under Første Verdenskrig, og koloniressourcer blev rationeret fra 1917 til 1919. Elfenbenskysten mistede 150,000 soldater under Første Verdenskrig. Regeringsaktiviteter i Fransk Vestafrika blev håndteret fra Paris indtil årene efter. Anden Verdenskrig. Frankrigs politik i Vestafrika var primært repræsenteret i dets "forenings"-ideologi, som sagde, at alle afrikanere i Elfenbenskysten var lovligt franske "undersåtter", men havde ingen rettigheder til repræsentation i hverken Afrika eller Frankrig.
Assimilation og tilknytning var vigtige ideer i fransk kolonistrategi. Assimilation blev defineret som spredningen af fransk sprog, institutioner, love og traditioner til kolonierne, baseret på troen på, at fransk kultur var alle andre overlegen. Foreningspolitikken fastholdt den franske overherredømme i kolonierne, mens den samtidig etablerede separate institutioner og retssystemer for kolonisatoren og de koloniserede. Denne tilgang gjorde det muligt for afrikanere i Elfenbenskysten at bevare deres traditioner, så længe de var i overensstemmelse med franske interesser.
Mellem franskmændene og afrikanerne etablerede en indfødt elite uddannet i franske administrative metoder en mellemgruppe. I Elfenbenskysten blev assimilation gennemført til det punkt, at et begrænset antal vestlige ivoirianere fik mulighed for at søge om fransk statsborgerskab efter 1930. Størstedelen af ivoirianerne blev derimod klassificeret som franske undersåtter og styret efter konceptet af forening. De havde ingen politiske rettigheder som franske undersåtter. Som en del af deres skatteforpligtelser var de indkaldt til at arbejde i miner, plantager, som portører og på offentlige projekter. De var forpligtet til at tjene i militæret og blev styret af indigénat, et særskilt retssystem.
Under Anden Verdenskrig holdt Vichy-regeringen magten indtil 1942, hvor britiske styrker invaderede landet med ringe modstand. Medlemmer af general Charles de Gaulles midlertidige administration fik autoritet af Winston Churchill. De allierede havde overdraget Fransk Vestafrika til franskmændene i 1943. I 1946 resulterede Brazzaville-konferencen i 1944, den fjerde grundlovgivende forsamling i 1946, og Frankrigs påskønnelse af afrikansk patriotisme under Anden Verdenskrig i omfattende institutionelle ændringer. Alle afrikanske "undersåtter" fik fransk statsborgerskab, muligheden for at tilslutte sig politiske organisationer blev anerkendt, og forskellige former for tvangsarbejde blev forbudt.
Indtil 1958 blev kolonien Elfenbenskysten styret af guvernører valgt i Paris, som brugte et direkte, centraliseret administrationssystem, der tillod ringe mulighed for ivoriansk involvering i politikudformningen. Mens den britiske koloniregering brugte opdel-og-hersk taktik i udlandet, idet de udelukkende anvendte assimilationsprincipper på den uddannede elite, var franskmændene mere optaget af at sikre, at den lille, men magtfulde elite var tilfreds nok med status quo til at undgå anti-fransk følelse. På trods af deres modstand mod forening, følte uddannede ivoirianere, at integration, snarere end total uafhængighed fra Frankrig, ville give dem ligestilling med deres franske kolleger. Men da assimilationsteorien blev fuldt implementeret via efterkrigsreformer, erkendte ivoirianerne, at selv integration betød fransk overherredømme over ivoirianerne, og at diskrimination og politisk ulighed først ville stoppe med uafhængighed.