De næste 30 år var præget af politiske omvæltninger. Ved et væbnet kup den 3. august 1975 blev præsident Ahmed Abdallah afsat og erstattet af United National Front of the Comoros (FNUK) medlem Prince Said Mohamed Jaffar. I januar 1976 blev Jaffar afsat til fordel for Ali Soilih, hans forsvarsminister.
I to folkeafstemninger, der blev afholdt dengang, besluttede befolkningen i Mayotte sig imod uafhængighed fra Frankrig. Den første, den 22. december 1974, modtog 63.8 procent støtte for at bevare forholdet til Frankrig, og den anden, i februar 1976, modtog forbløffende 99.4 procent. Præsident Soilih, som styrede de tre overlevende øer, implementerede en række socialistiske og isolationistiske foranstaltninger, der spændte bånd med Frankrig. Bob Denard vendte tilbage den 13. maj 1978 med opbakning fra de franske, rhodesiske og sydafrikanske regeringer for at afsætte præsident Soilih og genoprette Abdallah. Under Soilihs korte regeringstid blev han udsat for yderligere syv kupforsøg, før han blev afsat og myrdet.
Abdallahs præsidentskab var i modsætning til Soilihs præget af autoritær kontrol og større hengivenhed til traditionel islam, og nationen blev omdøbt til den føderale islamiske republik Comorerne (République Fédérale Islamique des Comores; ). Af frygt for et statskup forblev Abdallah præsident indtil 1989, hvor han udstedte en proklamation, der beordrede præsidentgarden, under kommando af Bob Denard, til at afvæbne de væbnede styrker. Abdallah blev angiveligt skudt og dræbt på sit kontor af en vred militærofficer kort efter, at dekretet blev underskrevet, men efterfølgende rapporter siger, at et antitankmissil blev affyret ind i hans soveværelse og dræbte ham. På trods af at Denard blev såret, menes det, at Abdallahs morder var en soldat under hans kommando.
Bob Denard blev et par dage senere hevet til Sydafrika af franske faldskærmstropper. Præsidenten var efterfølgende Said Mohamed Djohar, Soilihs ældre halvbror, som regerede indtil september 1995, hvor Bob Denard vendte tilbage og prøvede endnu et kup. Denard blev tvunget til at overgive sig, da Frankrig greb ind med faldskærmstropper. Djohar blev deporteret til Réunion af franskmændene, og Mohamed Taki Abdoulkarim, som blev støttet af Paris, blev valgt til præsident. Han var landets leder fra 1996 til sin død i november 1998, i en periode præget af arbejdsuroligheder, regeringsundertrykkelse og separatistiske krige. Den midlertidige præsident Tadjidine Ben Said Massounde overtog som hans efterfølger.
I et forsøg på at generobre fransk suverænitet proklamerede øerne Anjouan og Mohéli uafhængighed fra Comorerne i 1997. Frankrig vendte sig dog imod deres anmodning, hvilket resulterede i voldelige sammenstød mellem føderale styrker og oprørere. Oberst Azali Assoumani, hærens stabschef, væltede den midlertidige præsident Massounde i et blodløst kup i april 1999 og hævdede dårlig ledelse i lyset af krisen. Siden uafhængigheden i 1975 har Comorerne set 18 kup eller forsøg på kup.
Azalis manglende evne til at konsolidere autoriteten og genoprette kontrollen over øerne vakte verdensomspændende fordømmelse. Den Afrikanske Union, ledet af den sydafrikanske præsident Thabo Mbeki, satte sanktioner mod Anjouan for at hjælpe med mægling og forsoningsprocessen. Landets formelle navn blev ændret til Unionen af Comorerne, og et nyt system med politisk autonomi for hver ø blev etableret, samt en unionsadministration for de tre øer.
Azali stod til side i 2002 for at konkurrere om præsidenten for Comorerne ved et demokratisk valg, som han vandt. Som en militærdiktator, der først var kommet til magten med magt og ikke altid var demokratisk, mens han var i regering, førte Azali Comorerne gennem forfatningsrevisioner, der tillod nye valg på trods af fortsat international kritik. En Loi des Compétences-lovgivning, som specificerer hver statslig enheds pligter, blev vedtaget i begyndelsen af 2005 og er nu ved at blive implementeret. Ahmed Abdallah Mohamed Sambi, en sunnimuslimsk gejstlig døbt "Ayatollah" for sine år med at studere islam i Iran, vandt valget i 2006. Azali accepterede valgresultatet, hvilket muliggjorde øgruppens første fredelige og demokratiske magtoverførsel.
Oberst Mohammed Bacar, en tidligere gendarme uddannet i Frankrig, overtog kontrollen i Anjouan i 2001. I juni 2007 afholdt han en folkeafstemning for at bekræfte sit lederskab, som Comorernes føderale regering og Den Afrikanske Union begge fordømte som forfatningsstridig. Hundredvis af tropper fra Den Afrikanske Union og Comorerne invaderede den oprørskontrollerede Anjouan den 25. marts 2008 til glæde for den lokale befolkning: hundredvis, hvis ikke tusinder, af mennesker blev tortureret under Bacars regeringstid. Nogle oprørere blev dræbt eller såret, men ingen officielle tal er tilgængelige. Mindst 11 mennesker blev såret i angrebet. En række embedsmænd er blevet fængslet. Bacar flygtede til Mayotte, en enklave i det franske Indiske Ocean, på en speedbåd for at søge tilflugt. På Comorerne udbrød anti-franske demonstrationer.
Mere end 20 kup eller forsøg på kup har fundet sted på Comorerne siden uafhængigheden fra Frankrig.
Den 26. maj 2011 blev tidligere vicepræsident Ikililou Dhoinine taget i ed som præsident efter valget i slutningen af 2010. Dhoinine, et medlem af det regerende parti, blev støttet i valget af præsident Ahmed Abdallah Mohamed Sambi. Dhoinine, en farmaceut af profession, er Comorernes første præsident, der kommer fra øen Mohéli.
