Малтийската конституция провъзгласява католицизма за официална религия, независимо от установените защити на религиозната свобода.
Римокатолицизмът е най-широко практикуваната религия в Малта. Малтийската конституция определя католицизма като официална религия, която също е представена в много аспекти на малтийската култура.
В Малта, Гозо и Комино има около 360 църкви или по една на всеки 1,000 жители. Енорийската църква (на малтийски: „il-parroa“ или „il-knisja parrokkjali“) е архитектурният и географски център на всеки малтийски град и махала, както и източник на гражданска гордост. Тази общинска гордост е изложена на местните селски празници, които честват покровителя на всяка енория с маршируващи оркестри, религиозни шествия, специални литургии, пиротехника (особено петарди) и други празненства.
Малта е апостолски престол; В Деянията на апостолите се говори за св. Павел, претърпял корабокрушение на остров „Мелит“, който много изследователи на Библията идентифицират като Малта, по време на пътуването си от Йерусалим до Рим, за да бъде съден, събитие, което се случило около 60 г. сл. Хр. прекарал три месеца на острова по време на пътуването си до Рим, както се разказва в Деянията на апостолите, изцелявайки болните, включително бащата на Публий, „главният човек на острова“. Тази история е свързана с редица различни традиции. Предполага се, че корабокрушението е станало в това, което сега е известно като залива Сейнт Пол. Твърди се, че Свети Публий, малтийски светец, е бил направен първият епископ на Малта и пещера в Рабат, сега известна като „Грозата на Свети Павел“ (и в околностите на която има доказателства за християнски погребения и ритуали от 3-ти век сл. Хр. е открит), е едно от най-ранните известни места за християнско поклонение на острова.
Катакомбите на различни места в Малта, по-специално катакомбите на Свети Павел и катакомбите на Света Агата близо до Рабат, точно отвъд стените на Мдина, предоставят допълнителни доказателства за християнски дейности и вярвания по време на римското преследване. Последните са особено добре изрисувани между 1200 и 1480 г., но нахлуващите турци повреждат няколко от тях през 1550-те. Има и редица пещерни църкви, като пещерата в Мелия, която е храм на Рождество на Дева Мария и традицията гласи, че св. Лука е нарисувал там портрет на Мадоната. Той е бил място за поклонение още от Средновековието.
Според Деянията на Халкидонския събор, някакъв Акакий е бил епископ на Малта през 451 г. сл. Хр. (Melitenus Episcopus). Известно е също, че някакъв Константин, Episcopus Melitenensis, присъства на Петия вселенски събор през 501 г. сл. Хр. Папа Григорий I отхвърли Tucillus, Miletinae civitatis episcopus през 588 г. сл. Хр., а духовенството и народът на Малта избраха Траян за негов наследник през 599 г. сл. Хр. Преди завладяването на островите, последният документиран епископ на Малта е грък на име Манас, който след това е затворен в Палермо.
Според малтийския историк Джовани Франческо Абела малтийците запазили християнската си вяра въпреки нашествието на Фатимидите след обръщането им в християнството от ръцете на св. Павел. Малта е описана в произведенията на Абела като божествено назначен „крепост на християнската, европейска култура срещу експанзията на средиземноморския ислям“. През 12-ти и 13-ти век имиграцията в Малта от Италия укрепва местното християнско население, което приветства Роджър I от Сицилия.
В продължение на векове църквата в Малта е била подчинена на епархията на Палермо, освен когато е била под управлението на Чарлз Анжуйски, който избира епископи за Малта, както и испанските, а впоследствие и рицарите в редки случаи. От 1808 г. са служили всички малтийски епископи. Малта се превърна в преданата католическа страна, каквато е днес, като следствие от епохата на Норман и Испания, както и от авторитета на рицарите. Струва си да се спомене, че Службата на инквизитора на Малта има дълъг престой на острова след основаването му през 1530 г.: последният инквизитор напусна островите през 1798 г., когато рицарите се предадоха на войските на Наполеон Бонапарт. Няколко малтийски семейства се преместват в Корфу под Република Венеция. Техните потомци съставляват около две трети от 4,000-те католици, които в момента живеят на острова.
Светиите покровители на Малта са Свети Павел, Свети Публий и Света Агата. Въпреки че не е покровител, Свети Георги Прека (Сан или Прека) е високо ценен като вторият малтийски светец, който е канонизиран след Свети Публий Малта, първият признат светец в Малта (канонизиран през 1634 г.). На 3 юни 2007 г. папа Бенедикт XVI го канонизира. Освен това редица малтийски хора са обявени за блаженни, по-специално Мария Адеотата Пизани и Назю Фалзон, които бяха обявени за блаженни от папа Йоан Павел II през 2001 г.
Малта е дом на редица римокатолически религиозни ордени, включително йезуитите, францисканците, доминиканците и малките сестри на бедните.
По-голямата част от конгрегациите на местните протестантски църкви не са малтийски; техните конгрегации са съставени от многобройните британски пенсионери, пребиваващи на острова, както и от туристи от много други страни. В района има около 600 Свидетели на Йехова. Всяка от църквите на Исус Христос на светиите от последните дни (Църква LDS), Библейската баптистка църква и Братството на евангелските църкви има около 60 филиала. Други деноминационни църкви включват шотландската църква Св. Андрей във Валета (смесена презвитерианска и методистка конгрегация) и англиканската катедрала Свети Павел, както и църквата на адвентистите от седмия ден в Биркиркара. През 1983 г. в Гвардамангия е създадена конгрегация на Новоапостолската църква.
Еврейското население на Малта достига своя връх под норманския контрол през Средновековието. Малта и Сицилия са анексирани от арагонците през 1479 г., а указът от Алхамбра от 1492 г. принуждава всички евреи да избягат от нацията, позволявайки им да вземат само няколко неща със себе си. Няколкостотин малтийски евреи може да са се обърнали към християнството, за да останат в нацията през това време. Сега има само една еврейска конгрегация.
Дзен будизмът и вярата Баха имат около 40 привърженици.
Джамията Мариам Ал-Батул е единствената мюсюлманска джамия в града. Току-що е създадено мюсюлманско основно училище. От приблизително 3,000 мюсюлмани в Малта, приблизително 2,250 са имигранти, 600 са натурализирани граждани, а 150 са малтийци по рождение.