Франсоа Божизе суспендира конституцията и назначи ново правителство, съставено от мнозинството опозиционни партии. Назначаването на Абел Гумба за вицепрезидент повиши имиджа на новата администрация на Божизе. Божизе сформира широко базиран Национален съвет за преход, за да напише нова конституция и декларира намерението си да подаде оставка и да се кандидатира за поста, след като новата конституция бъде приета.
Войната на Буш в Централноафриканската република започна през 2004 г., когато анти-Bozizé групи взеха оръжие срещу неговата администрация. През целия май 2005 г. Божизе печели президентски избори, които изключват Патасе, а битките между правителството и бунтовниците продължават през 2006 г. Администрацията на Божизе потърси френска военна помощ през ноември 2006 г., за да им помогне да се противопоставят на бунтовниците, завзели контрола над градовете в северните провинции на страната . Въпреки че първата публична специфика на споразумението се фокусира върху логистиката и разузнаването, френската подкрепа в крайна сметка включва атаки от самолети Mirage срещу позиции на бунтовниците.
Споразумението от Сирт, подписано през февруари, и Мирното споразумение в Бирао, подписано през април 2007 г., призоваха за прекратяване на военните действия, настаняването на бойци от FDPC и интеграцията им с FACA, освобождаване на политически затворници, интегриране на FDPC в правителството , амнистия за UFDR, признаване като политическа партия и интегрирането на нейните бойци в националната армия. Няколко организации се бориха, но други подписаха пакта или подобни споразумения с правителството (напр. UFR на 15 декември 2008 г.). CPJP, единствената значима организация, която не е подписала споразумение по това време, поддържа дейността си и подписа мирно споразумение с правителството на 25 август 2012 г.
Божизе беше преизбран през 2011 г. на избори, които до голяма степен се смятаха за фалшифицирани.
Séléka, съюз на бунтовнически организации, завзе контрола над градовете в северните и централните региони на страната през ноември 2012 г. Тези страни в крайна сметка договориха мирно споразумение с администрацията на Божизе през януари 2013 г., включително правителство за споделяне на властта, но споразумението пропадна, и бунтовниците поеха контрола над столицата през март 2013 г., принуждавайки Божизе да избяга от страната.
Мишел Джотодия беше избран за президент, а през май 2013 г. премиерът Николас Тиангайе поиска мироопазваща мисия на ООН от Съвета за сигурност на ООН, а на 31 май бившият президент Божизе беше обвинен за престъпления срещу човечеството и подбуждане към геноцид.
През юни – август 2013 г. ситуацията със сигурността не се подобри и имаше съобщения за над 200,000 XNUMX вътрешно разселени лица (ВРЛ), както и за нарушения на правата на човека и ново насилие между привържениците на Селека и Бозизе.
Френският президент Франсоа Оланд призова Съвета за сигурност на ООН и Африканския съюз да засилят усилията си за стабилизиране на нацията. Говори се, че правителството на Селека е разбито. Джотодия официално разпусна Seleka през септември 2013 г., но много бунтовници отказаха да се разоръжат и се отклониха по-далеч от правителствената власт.
Насилието се влоши към края на годината, предизвиквайки международни опасения за „геноцид“, а битките бяха най-вече резултат от ответни нападения срещу цивилни от предимно мюсюлмански войници на Селека и християнски милиции, известни като „анти-балака“.
Майкъл Джотодиа и неговият премиер Николас Тиенгайе подадоха оставки на 11 януари 2014 г. като част от споразумение, постигнато на регионална конференция в съседен Чад. Националният преходен съвет избра Катрин Самба-Панза за временен президент и тя встъпи в длъжност на 23 януари. Тя стана първата жена президент на Централна Африка. Мари-Нол Кояра стана първата жена министър на отбраната след независимостта през януари 2015 г.
На 18 февруари 2014 г. генералният секретар на ООН Бан Ки-мун поиска Съветът за сигурност на ООН бързо да изпрати 3,000 войници в нацията, за да се борят с това, което той определи като умишлено насочване и масово избиване на невинни хора. Генералният секретар представи стратегия от шест точки, която включва разполагането на 3,000 6,000 миротворци в допълнение към 2,000 XNUMX войници на Африканския съюз и XNUMX XNUMX френски сили, които в момента са в страната.
След посредническите усилия на Конго, представители на Селека и антибалака подписаха споразумение за прекратяване на огъня в Бразавил на 23 юли 2014 г.
На 14 декември 2015 г. командирът на бунтовниците Séléka обявява Република Логоне за независима.